179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3590 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  100 
 
 
359 aa  733    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  83.89 
 
 
360 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  82.22 
 
 
360 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  63.59 
 
 
359 aa  409  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  62.61 
 
 
359 aa  394  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  51.01 
 
 
349 aa  348  7e-95  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  49.57 
 
 
349 aa  340  2e-92  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  48.31 
 
 
355 aa  337  1.9999999999999998e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  48.31 
 
 
355 aa  337  1.9999999999999998e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  48.75 
 
 
354 aa  335  7.999999999999999e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  49.71 
 
 
352 aa  325  9e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  49.13 
 
 
366 aa  321  1.9999999999999998e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  48.86 
 
 
366 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  48.3 
 
 
366 aa  318  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  46.96 
 
 
351 aa  313  1.9999999999999998e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  50 
 
 
356 aa  310  2e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  39.34 
 
 
372 aa  207  2e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  35.8 
 
 
386 aa  206  5e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  38.78 
 
 
360 aa  200  3.9999999999999996e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  35.23 
 
 
368 aa  198  9e-50  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  35.47 
 
 
396 aa  196  6e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  38.02 
 
 
371 aa  190  2.9999999999999997e-47  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  32.8 
 
 
371 aa  187  2e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  35.99 
 
 
360 aa  186  6e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  36.21 
 
 
371 aa  180  4e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  34.65 
 
 
386 aa  171  2e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  33.24 
 
 
387 aa  169  7e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  33.96 
 
 
383 aa  166  5e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  32.97 
 
 
373 aa  166  5e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  32.42 
 
 
388 aa  166  8e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  31.87 
 
 
380 aa  165  9e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  33.33 
 
 
381 aa  159  5e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  31.59 
 
 
387 aa  157  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  31.53 
 
 
362 aa  157  3e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  32.51 
 
 
387 aa  157  4e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  34.16 
 
 
372 aa  154  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  30.19 
 
 
372 aa  153  5e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  32.69 
 
 
387 aa  152  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  33.52 
 
 
381 aa  150  4e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  31.61 
 
 
387 aa  149  5e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  32.7 
 
 
392 aa  150  5e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  29.92 
 
 
384 aa  148  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  29.38 
 
 
383 aa  146  5e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  34.33 
 
 
382 aa  146  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  30.39 
 
 
382 aa  140  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  30.41 
 
 
383 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  30.86 
 
 
379 aa  137  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  31.4 
 
 
380 aa  136  5e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  29.78 
 
 
376 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  33.42 
 
 
381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  29.24 
 
 
393 aa  131  2.0000000000000002e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  29.97 
 
 
376 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  30.89 
 
 
396 aa  126  6e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  28.19 
 
 
374 aa  125  1e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  29.23 
 
 
375 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  29.24 
 
 
376 aa  124  3e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  29.22 
 
 
376 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  28.41 
 
 
393 aa  120  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  31.21 
 
 
380 aa  120  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  28.78 
 
 
355 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  28.78 
 
 
393 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  24.8 
 
 
376 aa  117  3e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  29.35 
 
 
382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  28.41 
 
 
378 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  24.8 
 
 
376 aa  113  4.0000000000000004e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  27.2 
 
 
370 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  26.9 
 
 
394 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  28.78 
 
 
380 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  28.25 
 
 
379 aa  110  5e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  28.24 
 
 
378 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  25.83 
 
 
375 aa  109  8.000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  39.2 
 
 
400 aa  109  9.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  29.29 
 
 
359 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  27.25 
 
 
371 aa  108  2e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  28.94 
 
 
384 aa  107  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  29.74 
 
 
383 aa  106  7e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  29.06 
 
 
392 aa  105  9e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  27.45 
 
 
380 aa  103  6e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  27.64 
 
 
393 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  27.2 
 
 
364 aa  102  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2558  alanine racemase domain protein  29.23 
 
 
380 aa  100  3e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.442007  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  28.53 
 
 
393 aa  97.1  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  28.96 
 
 
371 aa  96.7  5e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  30.11 
 
 
399 aa  93.2  6e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  28.25 
 
 
393 aa  92  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  27.45 
 
 
417 aa  91.3  2e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1609  alanine racemase domain-containing protein  26.17 
 
 
388 aa  91.3  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00354322  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07140  conserved hypothetical protein  25.58 
 
 
414 aa  89.7  6e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.20152 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  26.74 
 
 
413 aa  88.6  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00380  expressed protein  25 
 
 
419 aa  88.2  2e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  27.9 
 
 
447 aa  88.2  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1219  alanine racemase domain protein  26.86 
 
 
437 aa  87.8  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  27.25 
 
 
427 aa  83.6  0.000000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63574  predicted protein  25.13 
 
 
424 aa  83.2  0.000000000000007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  24.29 
 
 
444 aa  82.8  0.000000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  25.49 
 
 
368 aa  81.3  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  26.91 
 
 
409 aa  80.9  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  25.79 
 
 
426 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  26.27 
 
 
444 aa  79  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0964  D-serine deaminase  23.65 
 
 
423 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000714853  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>