180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2701 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  79.74 
 
 
383 aa  643    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  83.46 
 
 
387 aa  668    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  80.42 
 
 
384 aa  643    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  100 
 
 
387 aa  795    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  84.24 
 
 
387 aa  687    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  84.24 
 
 
388 aa  681    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  79.59 
 
 
387 aa  645    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  81.65 
 
 
387 aa  659    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  80.69 
 
 
392 aa  628  1e-179  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  77.37 
 
 
382 aa  618  1e-176  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  61.62 
 
 
373 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  47.98 
 
 
372 aa  338  9.999999999999999e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  46.76 
 
 
371 aa  315  8e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  43.44 
 
 
396 aa  294  2e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  44.82 
 
 
382 aa  282  9e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  41.65 
 
 
380 aa  277  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  42.9 
 
 
372 aa  268  1e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  42.93 
 
 
392 aa  266  5e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  40.93 
 
 
400 aa  257  2e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  43.58 
 
 
393 aa  255  1.0000000000000001e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  43.85 
 
 
393 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  39.07 
 
 
383 aa  249  7e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  36.68 
 
 
381 aa  228  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  37.6 
 
 
381 aa  214  2.9999999999999995e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  37.6 
 
 
381 aa  210  4e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  33.61 
 
 
383 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  34.41 
 
 
362 aa  196  6e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  33.24 
 
 
371 aa  193  4e-48  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  32.53 
 
 
376 aa  193  4e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  32.26 
 
 
376 aa  190  4e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  33.97 
 
 
349 aa  186  6e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  33.88 
 
 
349 aa  180  4.999999999999999e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  32.97 
 
 
354 aa  171  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  32.52 
 
 
351 aa  161  2e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  33.7 
 
 
352 aa  159  9e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  31.68 
 
 
366 aa  159  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  33.33 
 
 
366 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  31.51 
 
 
366 aa  154  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  32.69 
 
 
359 aa  152  8e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  32.44 
 
 
356 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  30.77 
 
 
355 aa  146  6e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  30.77 
 
 
355 aa  146  6e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  32.9 
 
 
386 aa  138  2e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  31.79 
 
 
360 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  31.05 
 
 
372 aa  132  9e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  30.33 
 
 
386 aa  131  3e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  29.95 
 
 
368 aa  125  1e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  31.25 
 
 
360 aa  123  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  32.97 
 
 
359 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  30.96 
 
 
380 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  32.42 
 
 
359 aa  116  7.999999999999999e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  28.12 
 
 
378 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  31.45 
 
 
360 aa  113  6e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  28.05 
 
 
374 aa  110  3e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  25.88 
 
 
370 aa  110  5e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  28.3 
 
 
360 aa  107  5e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  27.97 
 
 
382 aa  103  6e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  28.13 
 
 
394 aa  103  6e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  28.49 
 
 
396 aa  103  8e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  28.49 
 
 
379 aa  101  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  27.9 
 
 
447 aa  101  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  30.81 
 
 
371 aa  100  6e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  26.91 
 
 
378 aa  99.8  8e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  25.07 
 
 
375 aa  99.4  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  27.46 
 
 
399 aa  98.6  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  26.99 
 
 
393 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  27.03 
 
 
393 aa  97.4  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  26.26 
 
 
379 aa  97.1  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  28.12 
 
 
380 aa  95.5  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  25.72 
 
 
375 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  29.82 
 
 
383 aa  95.5  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  27.13 
 
 
376 aa  94.4  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  26.67 
 
 
406 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  26.06 
 
 
417 aa  94.7  3e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  24.93 
 
 
376 aa  94  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  26.15 
 
 
368 aa  93.2  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  26.26 
 
 
376 aa  92.4  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  26.98 
 
 
416 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  27.42 
 
 
376 aa  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  26.98 
 
 
416 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  24.8 
 
 
371 aa  90.9  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  28.41 
 
 
421 aa  90.1  6e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  27.15 
 
 
384 aa  88.6  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  26.25 
 
 
393 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  25.8 
 
 
425 aa  87.4  4e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  22.49 
 
 
371 aa  87.4  4e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  25.96 
 
 
416 aa  87  5e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  25.27 
 
 
419 aa  86.7  7e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  25.53 
 
 
413 aa  85.9  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  25.93 
 
 
355 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  28.12 
 
 
380 aa  84.3  0.000000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  27.13 
 
 
444 aa  83.6  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  28.68 
 
 
364 aa  83.2  0.000000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2432  hypothetical protein  27.42 
 
 
405 aa  82.8  0.000000000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000194149  hitchhiker  0.00860577 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  24.39 
 
 
380 aa  82  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  25 
 
 
359 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1553  hypothetical protein  26.15 
 
 
369 aa  79  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  26.8 
 
 
427 aa  77.4  0.0000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  26.84 
 
 
406 aa  77  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  25.2 
 
 
411 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>