198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0614 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  100 
 
 		 381 aa  778    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  52.99 
 
 		 383 aa  373  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  51.05 
 
 		 381 aa  327  2.0000000000000001e-88  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  46.17 
 
 		 383 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  46.54 
 
 		 381 aa  311  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  40.6 
 
 		 376 aa  277  2e-73  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  40.05 
 
 		 376 aa  277  2e-73  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  40.72 
 
 		 372 aa  274  2.0000000000000002e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  38.42 
 
 		 387 aa  254  2.0000000000000002e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  43.85 
 
 		 371 aa  254  2.0000000000000002e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  40.72 
 
 		 373 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  38.15 
 
 		 388 aa  239  4e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  39.39 
 
 		 387 aa  238  1e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  37.81 
 
 		 387 aa  237  2e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  37.24 
 
 		 383 aa  237  3e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  38.08 
 
 		 384 aa  237  3e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  38.29 
 
 		 382 aa  234  2.0000000000000002e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  37.26 
 
 		 387 aa  231  1e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  38.46 
 
 		 387 aa  229  6e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  37.93 
 
 		 396 aa  217  2.9999999999999998e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  39.34 
 
 		 382 aa  215  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  37.47 
 
 		 392 aa  211  1e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  38.63 
 
 		 372 aa  208  2e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  38.02 
 
 		 400 aa  206  4e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  37.89 
 
 		 392 aa  202  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  36.11 
 
 		 380 aa  191  2.9999999999999997e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  39.66 
 
 		 393 aa  187  4e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  39.55 
 
 		 393 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  34.16 
 
 		 354 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  32.87 
 
 		 362 aa  181  2e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  32.34 
 
 		 371 aa  173  5e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  32.61 
 
 		 355 aa  171  2e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  32.61 
 
 		 355 aa  171  2e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  33.52 
 
 		 359 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  32.97 
 
 		 372 aa  162  1e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  34.12 
 
 		 366 aa  158  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  34.54 
 
 		 349 aa  156  5.0000000000000005e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  33.52 
 
 		 349 aa  154  4e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  33.6 
 
 		 366 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  34.44 
 
 		 360 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  31.15 
 
 		 351 aa  142  9.999999999999999e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  31.44 
 
 		 352 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  33.5 
 
 		 386 aa  138  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  30.71 
 
 		 368 aa  136  8e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  32.7 
 
 		 356 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  32.78 
 
 		 360 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  33.15 
 
 		 359 aa  134  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  33.42 
 
 		 359 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  30.87 
 
 		 366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  29.92 
 
 		 376 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  29.74 
 
 		 376 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  29.5 
 
 		 374 aa  128  1.0000000000000001e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  29.36 
 
 		 386 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  32.63 
 
 		 360 aa  127  4.0000000000000003e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  32.51 
 
 		 360 aa  127  5e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  30.61 
 
 		 376 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  29.35 
 
 		 376 aa  125  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  29.6 
 
 		 379 aa  124  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  29.48 
 
 		 368 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  32.65 
 
 		 375 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  28.11 
 
 		 371 aa  116  6.9999999999999995e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  31.48 
 
 		 371 aa  112  1.0000000000000001e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  29.02 
 
 		 384 aa  111  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  28.57 
 
 		 371 aa  109  7.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  27.79 
 
 		 370 aa  109  7.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  30.7 
 
 		 355 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  25.65 
 
 		 378 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  28.26 
 
 		 379 aa  107  3e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  28.57 
 
 		 396 aa  105  1e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  26.12 
 
 		 378 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  29.03 
 
 		 375 aa  104  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  28.04 
 
 		 393 aa  105  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  27.93 
 
 		 393 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  27.32 
 
 		 393 aa  103  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  31.44 
 
 		 380 aa  102  9e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  27.63 
 
 		 380 aa  101  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  27.32 
 
 		 359 aa  99.8  7e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  28.42 
 
 		 380 aa  99.4  8e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  27.93 
 
 		 393 aa  97.1  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  25.53 
 
 		 382 aa  94.7  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  26.53 
 
 		 394 aa  92.4  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  26.72 
 
 		 364 aa  92  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  27.97 
 
 		 417 aa  85.5  0.000000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  27.27 
 
 		 383 aa  82  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  31.95 
 
 		 379 aa  80.9  0.00000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1609  alanine racemase domain-containing protein  24.08 
 
 		 388 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00354322  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  23.69 
 
 		 380 aa  78.2  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  26.79 
 
 		 427 aa  78.2  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  27.46 
 
 		 401 aa  76.6  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  27.48 
 
 		 447 aa  76.3  0.0000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  26.32 
 
 		 406 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2558  alanine racemase domain protein  24.59 
 
 		 380 aa  74.3  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.442007  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  26.14 
 
 		 399 aa  74.7  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  27.14 
 
 		 444 aa  74.3  0.000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  28.98 
 
 		 411 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  29.07 
 
 		 406 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  27.49 
 
 		 419 aa  70.5  0.00000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2485  alanine racemase domain protein  27.58 
 
 		 418 aa  70.1  0.00000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  23.63 
 
 		 425 aa  70.1  0.00000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2432  hypothetical protein  27.27 
 
 		 405 aa  68.9  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000194149  hitchhiker  0.00860577 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>