124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_3698 on replicon NC_009427
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  100 
 
 
393 aa  789    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  61.66 
 
 
393 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  64.08 
 
 
393 aa  438  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  60.25 
 
 
393 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  57.98 
 
 
379 aa  418  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  61.89 
 
 
382 aa  420  1e-116  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  60.74 
 
 
383 aa  419  1e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  57.22 
 
 
380 aa  410  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  57.41 
 
 
364 aa  389  1e-107  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  57.14 
 
 
380 aa  375  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  53.11 
 
 
384 aa  377  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  53.74 
 
 
376 aa  375  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  52.77 
 
 
376 aa  373  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  54.01 
 
 
376 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  51.86 
 
 
380 aa  374  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  53.7 
 
 
375 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  52.62 
 
 
379 aa  367  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  53.44 
 
 
376 aa  364  2e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2558  alanine racemase domain protein  51.33 
 
 
380 aa  359  4e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.442007  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  51.84 
 
 
378 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1609  alanine racemase domain-containing protein  48.01 
 
 
388 aa  355  7.999999999999999e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00354322  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  52.62 
 
 
359 aa  350  3e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  50.4 
 
 
378 aa  348  8e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  51.12 
 
 
355 aa  335  7e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  36.08 
 
 
396 aa  187  2e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  37.39 
 
 
372 aa  160  4e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  37.82 
 
 
371 aa  157  4e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  35.61 
 
 
360 aa  148  2.0000000000000003e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  35.65 
 
 
360 aa  146  6e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  32.56 
 
 
386 aa  144  3e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  32.09 
 
 
366 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  31.73 
 
 
349 aa  138  2e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  31.32 
 
 
366 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07140  conserved hypothetical protein  30.09 
 
 
414 aa  130  3e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.20152 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  29.24 
 
 
359 aa  131  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  28.57 
 
 
368 aa  127  4.0000000000000003e-28  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00380  expressed protein  30.27 
 
 
419 aa  124  2e-27  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  28.73 
 
 
349 aa  125  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  29.23 
 
 
354 aa  124  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  30.66 
 
 
366 aa  124  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_35359  predicted protein  27.67 
 
 
424 aa  122  9e-27  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  26.93 
 
 
362 aa  117  3e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  29.81 
 
 
355 aa  117  3.9999999999999997e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  29.81 
 
 
355 aa  117  3.9999999999999997e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  30.87 
 
 
380 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  31.14 
 
 
360 aa  112  9e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  30.57 
 
 
360 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  28.15 
 
 
387 aa  109  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63574  predicted protein  27.44 
 
 
424 aa  108  2e-22  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  28.24 
 
 
351 aa  107  3e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  27.67 
 
 
352 aa  106  6e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  26.74 
 
 
387 aa  102  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  31.16 
 
 
356 aa  100  3e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  25.54 
 
 
382 aa  100  5e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  25.61 
 
 
387 aa  100  6e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  27.35 
 
 
387 aa  99  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  27.03 
 
 
387 aa  97.4  4e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  27.67 
 
 
388 aa  97.4  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  26.63 
 
 
392 aa  97.1  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  30.61 
 
 
383 aa  96.3  8e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  26.2 
 
 
384 aa  94.7  2e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  31.25 
 
 
381 aa  95.5  2e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  28.34 
 
 
381 aa  94.7  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.94 
 
 
383 aa  94.4  3e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  27.66 
 
 
381 aa  92.4  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  27.17 
 
 
371 aa  91.7  2e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  26.22 
 
 
372 aa  91.7  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  29.83 
 
 
359 aa  91.3  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  32.93 
 
 
392 aa  89  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  29.1 
 
 
371 aa  87.4  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  30.41 
 
 
386 aa  86.3  8e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  29.93 
 
 
359 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  28.5 
 
 
372 aa  81.3  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  26.3 
 
 
380 aa  80.5  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  31.36 
 
 
383 aa  80.1  0.00000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  26.35 
 
 
373 aa  79.7  0.00000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  23.27 
 
 
376 aa  79.3  0.00000000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  22.77 
 
 
376 aa  78.2  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  25.27 
 
 
368 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  22.59 
 
 
371 aa  77.4  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  23.6 
 
 
375 aa  77.4  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  28.82 
 
 
382 aa  74.7  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  26.26 
 
 
393 aa  73.9  0.000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  24.94 
 
 
393 aa  71.6  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  30.16 
 
 
396 aa  70.1  0.00000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  34.34 
 
 
400 aa  67  0.0000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  23.06 
 
 
371 aa  65.1  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11442  hypothetical protein  37.5 
 
 
171 aa  62.8  0.00000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.491 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  27.75 
 
 
374 aa  61.2  0.00000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  24.47 
 
 
370 aa  58.9  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  26.26 
 
 
417 aa  55.1  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  26.43 
 
 
422 aa  52.8  0.000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  27.03 
 
 
419 aa  52.4  0.00001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0176  D-serine deaminase, putative  26.63 
 
 
421 aa  52  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.783943  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2772  hypothetical protein  26.63 
 
 
421 aa  52  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2307  hypothetical protein  26.63 
 
 
421 aa  52  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2387  hypothetical protein  26.63 
 
 
421 aa  52  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2485  alanine racemase domain protein  22.95 
 
 
418 aa  51.6  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0092  alanine racemase domain protein  26.28 
 
 
436 aa  52  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0656  hypothetical protein  26.42 
 
 
426 aa  51.2  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17386  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>