148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5303 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  86.91 
 
 
359 aa  642    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  96.28 
 
 
376 aa  741    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  100 
 
 
376 aa  766    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  86.44 
 
 
375 aa  659    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  87.77 
 
 
376 aa  669    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  79.79 
 
 
376 aa  610  1e-173  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  68.44 
 
 
384 aa  509  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  67.28 
 
 
379 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  64.71 
 
 
378 aa  501  1e-141  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  69.71 
 
 
380 aa  503  1e-141  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  64.44 
 
 
378 aa  495  1e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  68.17 
 
 
355 aa  488  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  57.91 
 
 
380 aa  419  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  54.84 
 
 
379 aa  390  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  54.01 
 
 
393 aa  372  1e-102  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  54.79 
 
 
383 aa  365  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  53.89 
 
 
393 aa  358  8e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  54.35 
 
 
393 aa  353  2e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  50.67 
 
 
364 aa  345  6e-94  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  54.57 
 
 
382 aa  343  2e-93  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  53.99 
 
 
393 aa  337  9.999999999999999e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1609  alanine racemase domain-containing protein  47.04 
 
 
388 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00354322  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  47.85 
 
 
380 aa  329  4e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2558  alanine racemase domain protein  47.86 
 
 
380 aa  317  3e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.442007  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  34.72 
 
 
396 aa  171  3e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  33.71 
 
 
366 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  36.69 
 
 
372 aa  159  6e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  33.71 
 
 
366 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  35.09 
 
 
371 aa  155  1e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  33.05 
 
 
366 aa  150  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  31.62 
 
 
354 aa  147  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  35.26 
 
 
360 aa  145  9e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  34.17 
 
 
349 aa  142  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  29.41 
 
 
368 aa  142  9.999999999999999e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  31.34 
 
 
386 aa  139  6e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  34.66 
 
 
360 aa  139  7e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  31.87 
 
 
355 aa  135  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  31.87 
 
 
355 aa  135  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  29.78 
 
 
359 aa  134  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_35359  predicted protein  26.7 
 
 
424 aa  132  1.0000000000000001e-29  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63574  predicted protein  27.32 
 
 
424 aa  132  1.0000000000000001e-29  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  28.57 
 
 
352 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  27.84 
 
 
362 aa  131  2.0000000000000002e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00380  expressed protein  26.75 
 
 
419 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  28.41 
 
 
351 aa  124  4e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  31.94 
 
 
349 aa  122  7e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  28.61 
 
 
381 aa  121  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  30.89 
 
 
380 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  30.16 
 
 
360 aa  119  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  29.89 
 
 
360 aa  119  9e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07140  conserved hypothetical protein  26.75 
 
 
414 aa  113  4.0000000000000004e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.20152 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  30.83 
 
 
356 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  29.02 
 
 
381 aa  110  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  25.2 
 
 
372 aa  108  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  26.97 
 
 
376 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  27.18 
 
 
376 aa  104  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  29.33 
 
 
359 aa  105  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  26.39 
 
 
387 aa  104  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  25.93 
 
 
382 aa  103  7e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  24.93 
 
 
373 aa  103  7e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  29.46 
 
 
382 aa  101  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  28.65 
 
 
371 aa  100  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  25.72 
 
 
387 aa  100  6e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  26.53 
 
 
387 aa  99.4  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  32.75 
 
 
359 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  25.46 
 
 
371 aa  97.4  4e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  26.26 
 
 
383 aa  96.3  7e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  26.26 
 
 
384 aa  95.9  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  28.2 
 
 
383 aa  94.7  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  27.12 
 
 
370 aa  93.6  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  26.98 
 
 
388 aa  92.4  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  27.42 
 
 
387 aa  91.7  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  26.58 
 
 
392 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  26.96 
 
 
387 aa  90.5  4e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  29.17 
 
 
392 aa  90.1  5e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  27.3 
 
 
380 aa  89  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  27.39 
 
 
383 aa  84.3  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  25.66 
 
 
368 aa  83.6  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  27.7 
 
 
396 aa  82  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  25.46 
 
 
372 aa  82.4  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  23.22 
 
 
375 aa  82  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  27.79 
 
 
400 aa  81.3  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  26.6 
 
 
374 aa  80.1  0.00000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  31.61 
 
 
422 aa  79.7  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4307  alanine racemase domain protein  33.33 
 
 
425 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.438666  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4197  putative D-serine deaminase (D-serine dehydratase) protein  33.33 
 
 
425 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  28.29 
 
 
426 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  28.29 
 
 
426 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  28.29 
 
 
426 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0845  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  34.09 
 
 
424 aa  77  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  25.86 
 
 
381 aa  75.5  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0176  D-serine deaminase, putative  29.69 
 
 
421 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.783943  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2772  hypothetical protein  29.69 
 
 
421 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2307  hypothetical protein  29.69 
 
 
421 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2387  hypothetical protein  29.69 
 
 
421 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  27.48 
 
 
426 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  27.93 
 
 
393 aa  73.9  0.000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0656  hypothetical protein  29.34 
 
 
426 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17386  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0672  hypothetical protein  29.34 
 
 
426 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  26.25 
 
 
371 aa  72.8  0.000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>