174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_3175 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  100 
 
 
381 aa  755    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  60.73 
 
 
383 aa  442  1e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  49.61 
 
 
381 aa  328  8e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  50.4 
 
 
381 aa  327  3e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  45.68 
 
 
383 aa  278  1e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  38.08 
 
 
383 aa  242  7.999999999999999e-63  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  37.81 
 
 
384 aa  241  1e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  38.04 
 
 
388 aa  239  6.999999999999999e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  36.99 
 
 
387 aa  238  9e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  41 
 
 
373 aa  239  9e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  41.62 
 
 
371 aa  238  1e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  35.05 
 
 
376 aa  237  3e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  37.6 
 
 
387 aa  236  7e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  35.05 
 
 
376 aa  235  1.0000000000000001e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  37.6 
 
 
387 aa  234  3e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  37.53 
 
 
387 aa  229  4e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  39.56 
 
 
372 aa  230  4e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  37.06 
 
 
387 aa  229  5e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  38.15 
 
 
382 aa  229  6e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  38.32 
 
 
392 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  39.78 
 
 
372 aa  210  3e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  39.58 
 
 
396 aa  209  7e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  40.27 
 
 
392 aa  199  7.999999999999999e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  38.15 
 
 
380 aa  198  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  39.47 
 
 
382 aa  189  7e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  43.18 
 
 
393 aa  184  3e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  42.9 
 
 
393 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  38.64 
 
 
400 aa  182  9.000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  33.24 
 
 
362 aa  181  2e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  38.17 
 
 
372 aa  180  4e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  33.42 
 
 
359 aa  153  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  33.88 
 
 
349 aa  152  7e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  31.89 
 
 
371 aa  150  3e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  33.79 
 
 
355 aa  145  1e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  33.79 
 
 
355 aa  145  1e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  30.67 
 
 
354 aa  143  6e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  35.31 
 
 
356 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  35.77 
 
 
360 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  34.79 
 
 
359 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  33.88 
 
 
360 aa  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  31.97 
 
 
349 aa  137  4e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  34.6 
 
 
386 aa  135  9.999999999999999e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  34.93 
 
 
360 aa  135  9.999999999999999e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  31.68 
 
 
366 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  34.79 
 
 
359 aa  132  9e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  32.98 
 
 
366 aa  130  5.0000000000000004e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  32.03 
 
 
396 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  31.19 
 
 
366 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  34.58 
 
 
371 aa  127  3e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  29.97 
 
 
352 aa  127  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  32.99 
 
 
386 aa  125  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  28.33 
 
 
370 aa  122  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  27.1 
 
 
368 aa  122  9.999999999999999e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  30.14 
 
 
351 aa  119  6e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  33.67 
 
 
380 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  34.67 
 
 
360 aa  114  3e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  32.64 
 
 
393 aa  112  1.0000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  31.93 
 
 
393 aa  105  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  30.14 
 
 
374 aa  104  2e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  29.82 
 
 
380 aa  103  3e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2485  alanine racemase domain protein  33.33 
 
 
418 aa  101  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  31.76 
 
 
379 aa  100  4e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  29.62 
 
 
406 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  28.65 
 
 
375 aa  97.8  3e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  27.39 
 
 
379 aa  97.4  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  28.45 
 
 
371 aa  96.7  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  27.34 
 
 
413 aa  96.7  6e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  30.71 
 
 
409 aa  96.3  7e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  27.17 
 
 
394 aa  95.9  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0092  alanine racemase domain protein  31.56 
 
 
436 aa  93.6  5e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  29.57 
 
 
393 aa  92.8  8e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  27.57 
 
 
419 aa  92  1e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  33.33 
 
 
380 aa  90.5  5e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  31.29 
 
 
378 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  27.55 
 
 
378 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  28.5 
 
 
427 aa  89  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  27.39 
 
 
417 aa  89.4  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  29.26 
 
 
376 aa  87.8  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  29.95 
 
 
447 aa  87.4  4e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  29.49 
 
 
401 aa  86.7  7e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  27.34 
 
 
382 aa  86.3  8e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  29.64 
 
 
411 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  25.75 
 
 
371 aa  84.7  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  26.6 
 
 
376 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  31.71 
 
 
364 aa  83.6  0.000000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  27.75 
 
 
368 aa  83.6  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  32.2 
 
 
383 aa  82.8  0.000000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  29.55 
 
 
444 aa  82.4  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  28.27 
 
 
393 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  29.89 
 
 
355 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  29.65 
 
 
379 aa  81.6  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  30.82 
 
 
375 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  29.62 
 
 
376 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  29.79 
 
 
376 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  27.91 
 
 
380 aa  80.5  0.00000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  30 
 
 
384 aa  80.5  0.00000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08300  predicted amino acid aldolase or racemase  28.06 
 
 
457 aa  77.4  0.0000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.711035  normal  0.0558619 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  29.46 
 
 
416 aa  75.1  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  29.46 
 
 
416 aa  75.1  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1553  hypothetical protein  30.6 
 
 
369 aa  74.3  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>