187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_6208 on replicon NC_010510
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  80.69 
 
 
387 aa  646    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  80.73 
 
 
387 aa  661    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  82.22 
 
 
388 aa  668    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  100 
 
 
392 aa  803    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  75.97 
 
 
387 aa  631  1e-180  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  77.26 
 
 
387 aa  629  1e-179  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  74.02 
 
 
383 aa  619  1e-176  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  74.28 
 
 
384 aa  620  1e-176  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  76.25 
 
 
387 aa  617  1e-175  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  71.02 
 
 
382 aa  579  1e-164  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  62.97 
 
 
373 aa  479  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  47.3 
 
 
372 aa  325  7e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  48.37 
 
 
371 aa  315  9.999999999999999e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  45.34 
 
 
382 aa  286  4e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  44.17 
 
 
380 aa  280  3e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  41.39 
 
 
396 aa  271  1e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  44.62 
 
 
392 aa  270  2e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  43.73 
 
 
372 aa  269  8e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  44.74 
 
 
393 aa  260  3e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  44.21 
 
 
393 aa  260  3e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  40.93 
 
 
400 aa  252  9.000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  39.34 
 
 
383 aa  243  3e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  36.81 
 
 
381 aa  224  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  34.24 
 
 
362 aa  205  1e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  37.47 
 
 
381 aa  203  3e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  38.38 
 
 
381 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  33.15 
 
 
371 aa  199  6e-50  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  35.03 
 
 
383 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  35.95 
 
 
349 aa  191  2.9999999999999997e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  34.32 
 
 
349 aa  183  5.0000000000000004e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  30.29 
 
 
376 aa  180  2.9999999999999997e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  30.56 
 
 
376 aa  180  4e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  33.7 
 
 
354 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  32.55 
 
 
366 aa  161  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  33.79 
 
 
352 aa  161  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  31.25 
 
 
366 aa  159  8e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  32.7 
 
 
359 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  31.77 
 
 
366 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  31.72 
 
 
351 aa  151  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  32.14 
 
 
355 aa  150  3e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  33.78 
 
 
356 aa  150  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  32.14 
 
 
355 aa  150  3e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  33.86 
 
 
372 aa  144  3e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  33.24 
 
 
360 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  30.46 
 
 
386 aa  134  3e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  32.31 
 
 
386 aa  130  5.0000000000000004e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  29.4 
 
 
368 aa  129  8.000000000000001e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  32.07 
 
 
360 aa  126  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  33.33 
 
 
359 aa  125  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  26.81 
 
 
370 aa  121  3e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  30.1 
 
 
374 aa  120  6e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  33.25 
 
 
359 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  31.23 
 
 
380 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  30.52 
 
 
396 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  26.4 
 
 
378 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  29.14 
 
 
399 aa  109  1e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  29.97 
 
 
360 aa  107  4e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  27.84 
 
 
393 aa  105  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  23.04 
 
 
371 aa  105  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  29.21 
 
 
360 aa  104  3e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  29.71 
 
 
421 aa  103  5e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  29.33 
 
 
447 aa  102  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  27.56 
 
 
378 aa  100  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  28.79 
 
 
394 aa  99.4  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  25.53 
 
 
413 aa  98.2  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  23.91 
 
 
375 aa  97.8  3e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  28.8 
 
 
393 aa  96.7  6e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  31.36 
 
 
371 aa  95.9  1e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  27.32 
 
 
380 aa  94.7  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  26.54 
 
 
368 aa  94.7  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  25.94 
 
 
382 aa  93.6  5e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  29.82 
 
 
383 aa  92.4  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  27.6 
 
 
376 aa  92  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  28.57 
 
 
416 aa  92  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  28.57 
 
 
416 aa  92  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  26.58 
 
 
376 aa  91.3  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  26.06 
 
 
376 aa  91.3  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  24.8 
 
 
375 aa  90.5  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  27.84 
 
 
425 aa  90.9  4e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  28.31 
 
 
416 aa  89.7  7e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  26.79 
 
 
379 aa  89.4  9e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  25 
 
 
379 aa  89.4  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  29.52 
 
 
380 aa  88.6  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  25.73 
 
 
406 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  26.17 
 
 
393 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  26.21 
 
 
417 aa  87  5e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  26.05 
 
 
411 aa  87  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1553  hypothetical protein  28 
 
 
369 aa  87  6e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2485  alanine racemase domain protein  27.69 
 
 
418 aa  85.9  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  25.98 
 
 
376 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  26.9 
 
 
419 aa  84.3  0.000000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  26.63 
 
 
384 aa  84  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  25.21 
 
 
371 aa  82.8  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  26.77 
 
 
406 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  27.7 
 
 
364 aa  81.6  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  23.5 
 
 
426 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0092  alanine racemase domain protein  27.25 
 
 
436 aa  78.6  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2432  hypothetical protein  27.68 
 
 
405 aa  78.2  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000194149  hitchhiker  0.00860577 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  24.13 
 
 
426 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  24.13 
 
 
426 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>