187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_1390 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  100 
 
 
383 aa  792    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  98.17 
 
 
384 aa  781    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  79.74 
 
 
387 aa  643    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  78.74 
 
 
387 aa  648    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  80.64 
 
 
387 aa  638    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  78.68 
 
 
387 aa  631  1e-180  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  78.84 
 
 
388 aa  632  1e-180  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  77.84 
 
 
387 aa  631  1e-180  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  74.02 
 
 
392 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  74.14 
 
 
382 aa  587  1e-166  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  62.16 
 
 
373 aa  478  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  48.11 
 
 
372 aa  351  1e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  44.66 
 
 
371 aa  310  2e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  40.9 
 
 
396 aa  287  2e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  40.85 
 
 
372 aa  278  8e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  40.85 
 
 
380 aa  272  8.000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  40.93 
 
 
382 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  38.96 
 
 
392 aa  264  2e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  40 
 
 
400 aa  258  9e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  39.73 
 
 
383 aa  254  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  40.52 
 
 
393 aa  251  1e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  40.78 
 
 
393 aa  251  1e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  36.09 
 
 
381 aa  226  4e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  38.08 
 
 
381 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  37.24 
 
 
381 aa  213  5.999999999999999e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  34.25 
 
 
383 aa  204  2e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  33.33 
 
 
362 aa  199  6e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  32.53 
 
 
376 aa  195  1e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  32.53 
 
 
376 aa  193  5e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  30.77 
 
 
371 aa  186  5e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  33.24 
 
 
349 aa  184  3e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  33.33 
 
 
349 aa  182  6e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  33.33 
 
 
352 aa  171  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  31.42 
 
 
354 aa  163  6e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  31.94 
 
 
366 aa  159  7e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  31.54 
 
 
366 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  31.72 
 
 
351 aa  157  3e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  30.91 
 
 
366 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  32 
 
 
356 aa  151  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  29.38 
 
 
359 aa  146  6e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  29.86 
 
 
355 aa  141  1.9999999999999998e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  29.86 
 
 
355 aa  141  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  30.05 
 
 
372 aa  139  7.999999999999999e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  30.3 
 
 
386 aa  139  8.999999999999999e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  28.86 
 
 
386 aa  131  2.0000000000000002e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  28.27 
 
 
368 aa  129  7.000000000000001e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  27.37 
 
 
370 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  30.89 
 
 
360 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  29.33 
 
 
360 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  29.26 
 
 
360 aa  113  6e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  29.17 
 
 
380 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  30.22 
 
 
359 aa  110  5e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  26.49 
 
 
374 aa  108  2e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  27.08 
 
 
394 aa  105  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  25.97 
 
 
417 aa  105  1e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  30.25 
 
 
359 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  27.59 
 
 
360 aa  102  1e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  25.73 
 
 
378 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  26.32 
 
 
399 aa  100  3e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  25.68 
 
 
375 aa  101  3e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  27.72 
 
 
393 aa  100  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  25.8 
 
 
396 aa  98.6  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  26.7 
 
 
393 aa  96.7  7e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  25.39 
 
 
375 aa  96.3  7e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  26.26 
 
 
376 aa  96.3  8e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  23.43 
 
 
371 aa  95.5  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  26.53 
 
 
371 aa  95.1  2e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  25.94 
 
 
393 aa  94.4  3e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  26.18 
 
 
380 aa  93.6  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  26.39 
 
 
382 aa  93.6  5e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  25.13 
 
 
376 aa  93.6  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  26.26 
 
 
376 aa  93.2  7e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  24.8 
 
 
378 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  26.68 
 
 
371 aa  91.3  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  26.03 
 
 
406 aa  89  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  24.27 
 
 
447 aa  89.4  1e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  25.83 
 
 
413 aa  88.6  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  28.8 
 
 
406 aa  86.7  6e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  25.8 
 
 
426 aa  86.3  9e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  26.91 
 
 
364 aa  85.5  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  25 
 
 
379 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  25.57 
 
 
419 aa  85.5  0.000000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  25.76 
 
 
379 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  24.35 
 
 
376 aa  84.3  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  26.15 
 
 
421 aa  84.7  0.000000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  26.44 
 
 
384 aa  82.8  0.000000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  26.34 
 
 
368 aa  82.8  0.000000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  27.01 
 
 
380 aa  82.4  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  26.22 
 
 
383 aa  81.3  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  23.1 
 
 
380 aa  80.9  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13130  predicted amino acid aldolase or racemase  28.3 
 
 
403 aa  80.1  0.00000000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.709051  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  26.61 
 
 
427 aa  78.2  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  26.27 
 
 
426 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  26.27 
 
 
426 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  26.27 
 
 
426 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  24.73 
 
 
359 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2659  amino acid aldolase or racemase-like protein  24.58 
 
 
426 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  25.87 
 
 
393 aa  76.3  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2792  amino acid aldolase or racemase-like protein  24.58 
 
 
426 aa  76.3  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  26.15 
 
 
416 aa  76.3  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>