160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4545 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  100 
 
 
352 aa  712    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  65.24 
 
 
351 aa  459  9.999999999999999e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  63.2 
 
 
356 aa  422  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  51.01 
 
 
354 aa  352  7e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  50.57 
 
 
349 aa  336  3.9999999999999995e-91  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  48.99 
 
 
355 aa  335  5.999999999999999e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  48.99 
 
 
355 aa  335  5.999999999999999e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  49.71 
 
 
349 aa  333  3e-90  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  50.29 
 
 
366 aa  333  4e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  50.29 
 
 
366 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  49.43 
 
 
366 aa  326  4.0000000000000003e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  49.71 
 
 
359 aa  325  9e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  51.58 
 
 
360 aa  299  4e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  51.86 
 
 
360 aa  299  5e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  48.41 
 
 
359 aa  263  2e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  48.7 
 
 
359 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  42.25 
 
 
372 aa  222  9.999999999999999e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  34.15 
 
 
373 aa  186  6e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  33.79 
 
 
372 aa  183  4.0000000000000006e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  35.79 
 
 
371 aa  183  5.0000000000000004e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  33.7 
 
 
371 aa  182  5.0000000000000004e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  35.73 
 
 
386 aa  181  1e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  33.61 
 
 
368 aa  176  4e-43  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  32.88 
 
 
380 aa  175  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  33.06 
 
 
384 aa  171  1e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  33.33 
 
 
383 aa  171  2e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  33.79 
 
 
387 aa  171  2e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  33.79 
 
 
388 aa  168  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  34.24 
 
 
387 aa  167  2.9999999999999998e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  34.06 
 
 
387 aa  167  2.9999999999999998e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  34.91 
 
 
396 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  32.25 
 
 
387 aa  162  7e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  35.12 
 
 
371 aa  161  2e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  36.66 
 
 
360 aa  159  7e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  33.7 
 
 
387 aa  159  8e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  32.07 
 
 
382 aa  155  7e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  35.07 
 
 
360 aa  155  9e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  33.79 
 
 
392 aa  155  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  31.74 
 
 
362 aa  154  2e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  33.07 
 
 
386 aa  150  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  31.35 
 
 
372 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  32.33 
 
 
381 aa  143  5e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  29.52 
 
 
383 aa  138  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  29.44 
 
 
375 aa  135  8e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  31.23 
 
 
382 aa  133  5e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  33.14 
 
 
380 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  28.57 
 
 
376 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  31.17 
 
 
396 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  30.81 
 
 
379 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  31.44 
 
 
381 aa  127  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  29.03 
 
 
376 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  32.33 
 
 
400 aa  126  6e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  28.53 
 
 
375 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  27.15 
 
 
376 aa  123  5e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  26.88 
 
 
376 aa  122  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  30.68 
 
 
392 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  28.69 
 
 
376 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  29.19 
 
 
376 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  29.1 
 
 
383 aa  120  3e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  28.95 
 
 
380 aa  120  4.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  30.03 
 
 
380 aa  117  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  30.27 
 
 
384 aa  117  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  29.21 
 
 
359 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  30.25 
 
 
355 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  31.18 
 
 
374 aa  110  3e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  27.67 
 
 
393 aa  106  5e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  29.41 
 
 
393 aa  106  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  26.56 
 
 
378 aa  106  7e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  29.97 
 
 
381 aa  106  7e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  29.26 
 
 
378 aa  105  9e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  28.74 
 
 
379 aa  105  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  32.69 
 
 
393 aa  105  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  28.22 
 
 
371 aa  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  28.46 
 
 
382 aa  101  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  30.85 
 
 
393 aa  100  3e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  25.97 
 
 
371 aa  100  3e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  27.59 
 
 
370 aa  100  4e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  26.42 
 
 
413 aa  99.4  8e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  29.63 
 
 
426 aa  97.8  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  28.91 
 
 
426 aa  94  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  28.91 
 
 
426 aa  94  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  28.91 
 
 
426 aa  94  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  27.42 
 
 
393 aa  93.2  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  28.88 
 
 
394 aa  93.2  6e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  30.05 
 
 
368 aa  93.2  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00380  expressed protein  25.06 
 
 
419 aa  92  1e-17  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2659  amino acid aldolase or racemase-like protein  29.29 
 
 
426 aa  92.4  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2792  amino acid aldolase or racemase-like protein  29.25 
 
 
426 aa  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  28.84 
 
 
383 aa  90.9  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  27.88 
 
 
393 aa  90.5  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  28.92 
 
 
364 aa  90.5  4e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  26.29 
 
 
380 aa  90.1  6e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0544  D-serine deaminase  27.24 
 
 
426 aa  87.8  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0672  hypothetical protein  27.18 
 
 
426 aa  86.7  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  27.95 
 
 
426 aa  86.3  8e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  28.28 
 
 
425 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0656  hypothetical protein  27.18 
 
 
426 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17386  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0093  hypothetical protein  28.61 
 
 
404 aa  84  0.000000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0834  D-serine deaminase  26.85 
 
 
426 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0364  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  25.27 
 
 
425 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>