183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3919 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  80.64 
 
 		 383 aa  648    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  80.9 
 
 		 384 aa  649    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  79.59 
 
 		 387 aa  652    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  82.69 
 
 		 387 aa  674    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  82.43 
 
 		 388 aa  670    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  100 
 
 		 387 aa  799    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  76.74 
 
 		 387 aa  630  1e-180  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  77.26 
 
 		 392 aa  623  1e-177  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  75.71 
 
 		 387 aa  617  1e-175  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  72.58 
 
 		 382 aa  594  1e-169  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  60.81 
 
 		 373 aa  464  9.999999999999999e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  46.76 
 
 		 372 aa  347  3e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  47.01 
 
 		 371 aa  320  3.9999999999999996e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  41.87 
 
 		 380 aa  285  1.0000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  43.12 
 
 		 382 aa  276  6e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  40.2 
 
 		 396 aa  275  8e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  42.4 
 
 		 372 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  42.13 
 
 		 392 aa  268  8.999999999999999e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  41.6 
 
 		 400 aa  265  1e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  40 
 
 		 383 aa  258  9e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  43.16 
 
 		 393 aa  258  1e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  42.89 
 
 		 393 aa  256  6e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  37.64 
 
 		 381 aa  229  5e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  38.67 
 
 		 381 aa  219  6e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  33.51 
 
 		 362 aa  206  6e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  34.7 
 
 		 383 aa  205  1e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  37.53 
 
 		 381 aa  204  2e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  32.15 
 
 		 371 aa  187  3e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  32.35 
 
 		 376 aa  187  4e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  34.15 
 
 		 349 aa  186  5e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  31.82 
 
 		 376 aa  184  3e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  32.79 
 
 		 349 aa  179  9e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  34.06 
 
 		 352 aa  173  5.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  32.42 
 
 		 354 aa  164  3e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  32.14 
 
 		 355 aa  160  5e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  32.14 
 
 		 355 aa  160  5e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  31.79 
 
 		 366 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  31.41 
 
 		 366 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  31.61 
 
 		 359 aa  152  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  32.53 
 
 		 356 aa  150  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  30.29 
 
 		 351 aa  150  4e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  30.91 
 
 		 366 aa  149  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  31.71 
 
 		 386 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  30.15 
 
 		 386 aa  135  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  32.02 
 
 		 372 aa  133  5e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  31.25 
 
 		 360 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  31 
 
 		 360 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  28.07 
 
 		 370 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  27.78 
 
 		 368 aa  120  4.9999999999999996e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  30.64 
 
 		 380 aa  117  5e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  26.63 
 
 		 378 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  30 
 
 		 360 aa  114  3e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  31.13 
 
 		 359 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  31.12 
 
 		 359 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  27.27 
 
 		 374 aa  112  2.0000000000000002e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  28.87 
 
 		 360 aa  107  3e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  28.27 
 
 		 382 aa  107  4e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  27.11 
 
 		 393 aa  106  9e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  25.46 
 
 		 378 aa  104  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  27.51 
 
 		 399 aa  103  5e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  27.78 
 
 		 379 aa  103  5e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  28.39 
 
 		 371 aa  103  6e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  25.61 
 
 		 393 aa  102  8e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  25.98 
 
 		 376 aa  102  9e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  25.46 
 
 		 375 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  26.56 
 
 		 393 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  26.81 
 
 		 406 aa  101  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  25.72 
 
 		 376 aa  102  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  25.72 
 
 		 376 aa  100  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  22.28 
 
 		 371 aa  99.4  9e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  24.8 
 
 		 375 aa  99  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  28.1 
 
 		 396 aa  98.2  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  26.4 
 
 		 380 aa  98.2  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  28.86 
 
 		 421 aa  94.4  3e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  25.28 
 
 		 379 aa  93.6  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  28.43 
 
 		 419 aa  92.8  1e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  27.48 
 
 		 394 aa  91.7  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  25.88 
 
 		 371 aa  91.3  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  25.39 
 
 		 376 aa  90.9  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  25.94 
 
 		 447 aa  90.5  5e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  28.02 
 
 		 383 aa  89  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  25 
 
 		 417 aa  87.8  3e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  26.96 
 
 		 364 aa  87  5e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  25.6 
 
 		 368 aa  87  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  26.05 
 
 		 413 aa  86.7  6e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  26.2 
 
 		 401 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  26.69 
 
 		 406 aa  83.2  0.000000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  26.56 
 
 		 384 aa  83.2  0.000000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  24.45 
 
 		 359 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  26.04 
 
 		 411 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  24.24 
 
 		 380 aa  81.3  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1609  alanine racemase domain-containing protein  25.14 
 
 		 388 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00354322  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  24.18 
 
 		 416 aa  80.1  0.00000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  24.18 
 
 		 416 aa  80.1  0.00000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2485  alanine racemase domain protein  27.57 
 
 		 418 aa  79.3  0.00000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  25.92 
 
 		 393 aa  79  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  24.21 
 
 		 355 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  23.69 
 
 		 416 aa  77.4  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  25.47 
 
 		 380 aa  77  0.0000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  24.2 
 
 		 427 aa  76.3  0.0000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>