116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2109 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  100 
 
 
383 aa  768    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  60.74 
 
 
393 aa  449  1e-125  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  57.48 
 
 
379 aa  421  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  57.45 
 
 
393 aa  403  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  57.94 
 
 
393 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  59.73 
 
 
382 aa  397  1e-109  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  55.17 
 
 
376 aa  389  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  54.33 
 
 
380 aa  391  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  54.79 
 
 
376 aa  385  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  57.89 
 
 
393 aa  385  1e-106  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  55.8 
 
 
364 aa  382  1e-105  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  55.05 
 
 
378 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  55.32 
 
 
376 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  53.87 
 
 
380 aa  383  1e-105  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1609  alanine racemase domain-containing protein  51.6 
 
 
388 aa  380  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00354322  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  53.46 
 
 
376 aa  379  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  54.52 
 
 
384 aa  381  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  54.79 
 
 
375 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  55.35 
 
 
380 aa  376  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  53.46 
 
 
378 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  55.96 
 
 
359 aa  369  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  52.89 
 
 
379 aa  371  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2558  alanine racemase domain protein  53.33 
 
 
380 aa  364  1e-99  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.442007  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  53.14 
 
 
355 aa  347  1e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  36.05 
 
 
396 aa  171  2e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00380  expressed protein  31.59 
 
 
419 aa  157  3e-37  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  36.51 
 
 
372 aa  157  3e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_35359  predicted protein  30.66 
 
 
424 aa  156  7e-37  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  36.46 
 
 
371 aa  149  1.0000000000000001e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  35.5 
 
 
360 aa  147  3e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63574  predicted protein  30.46 
 
 
424 aa  139  7e-32  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07140  conserved hypothetical protein  28.23 
 
 
414 aa  137  3.0000000000000003e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.20152 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  31.62 
 
 
366 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  30.99 
 
 
354 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  30.14 
 
 
368 aa  134  3e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  31.65 
 
 
355 aa  131  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  31.65 
 
 
355 aa  131  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  33.71 
 
 
360 aa  130  3e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  32.39 
 
 
386 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  30.4 
 
 
366 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  29.56 
 
 
387 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  30.26 
 
 
366 aa  127  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  30.88 
 
 
349 aa  123  6e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  29.74 
 
 
359 aa  123  7e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  29.97 
 
 
387 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  28.02 
 
 
387 aa  117  3.9999999999999997e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  29.82 
 
 
387 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  28.94 
 
 
388 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  31.23 
 
 
380 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  26.8 
 
 
382 aa  113  5e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  28.77 
 
 
349 aa  112  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  29.38 
 
 
392 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  31.68 
 
 
356 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  30.03 
 
 
360 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  27.58 
 
 
387 aa  108  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  28.95 
 
 
381 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  28.61 
 
 
373 aa  107  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  29.74 
 
 
360 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  29.11 
 
 
352 aa  106  9e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  29.06 
 
 
351 aa  104  3e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  27.32 
 
 
372 aa  103  6e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  25.96 
 
 
362 aa  103  6e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  29.86 
 
 
371 aa  102  2e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  26.22 
 
 
383 aa  99.4  1e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  26.22 
 
 
384 aa  99.4  1e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  27.3 
 
 
383 aa  98.6  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  31.08 
 
 
386 aa  92.4  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  27.39 
 
 
381 aa  90.9  3e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  32.2 
 
 
381 aa  89.4  1e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  25.51 
 
 
376 aa  88.2  2e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  31.65 
 
 
359 aa  86.3  8e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  28.57 
 
 
359 aa  86.3  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  26.61 
 
 
380 aa  85.9  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  24.83 
 
 
376 aa  83.2  0.000000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  31.21 
 
 
392 aa  82.8  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  27.32 
 
 
368 aa  81.3  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  28.38 
 
 
396 aa  75.5  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  27.97 
 
 
371 aa  74.3  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  24.6 
 
 
375 aa  74.3  0.000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  24.11 
 
 
371 aa  73.6  0.000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  28.69 
 
 
393 aa  73.6  0.000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  29.22 
 
 
393 aa  72.4  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  27.78 
 
 
382 aa  70.9  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  25.82 
 
 
371 aa  70.9  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  28.75 
 
 
383 aa  66.6  0.0000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  27.25 
 
 
400 aa  64.3  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11442  hypothetical protein  36.88 
 
 
171 aa  63.9  0.000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.491 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  25.28 
 
 
372 aa  62  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  24.01 
 
 
374 aa  60.8  0.00000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  27.72 
 
 
432 aa  57  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  24.04 
 
 
370 aa  55.8  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  23.06 
 
 
444 aa  55.1  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  29.03 
 
 
419 aa  53.9  0.000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1219  alanine racemase domain protein  25.7 
 
 
437 aa  53.1  0.000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0929  D-serine deaminase  27.03 
 
 
432 aa  51.2  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.560521  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0964  D-serine deaminase  24.14 
 
 
423 aa  49.7  0.00009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000714853  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0569  hypothetical protein  19.62 
 
 
390 aa  49.3  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.913627  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5224  hypothetical protein  22.78 
 
 
388 aa  49.3  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  38.46 
 
 
417 aa  48.9  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0845  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  25.9 
 
 
424 aa  47.4  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>