48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5224 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5224  hypothetical protein  100 
 
 
388 aa  791    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0093  alanine racemase domain-containing protein  38.38 
 
 
434 aa  237  2e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3936  alanine racemase domain-containing protein  38.87 
 
 
420 aa  231  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2495  alanine racemase-like  36.87 
 
 
427 aa  228  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.453866  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70310  hypothetical protein  39.39 
 
 
402 aa  224  3e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6102  hypothetical protein  38.36 
 
 
425 aa  223  4e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.723216  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0956  alanine racemase domain-containing protein  26.45 
 
 
391 aa  92  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0670  alanine racemase domain protein  25.81 
 
 
411 aa  86.7  7e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000868268 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5489  alanine racemase domain protein  26.02 
 
 
407 aa  86.3  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.525884  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2357  hypothetical protein  25.37 
 
 
401 aa  82.4  0.00000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13130  predicted amino acid aldolase or racemase  26.93 
 
 
403 aa  81.6  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.709051  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00520  predicted amino acid aldolase or racemase  26.57 
 
 
393 aa  80.9  0.00000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0845  alanine racemase domain-containing protein  25.74 
 
 
403 aa  79.7  0.00000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11797  hypothetical protein  24.57 
 
 
411 aa  78.6  0.0000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000169265  hitchhiker  0.000017581 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0590  hypothetical protein  23.56 
 
 
390 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0645  hypothetical protein  23.56 
 
 
390 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0679  hypothetical protein  23.56 
 
 
390 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.155622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0589  hypothetical protein  23.56 
 
 
390 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0190436  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0806  hypothetical protein  23.81 
 
 
390 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0948809  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3855  alanine racemase domain protein  25.94 
 
 
397 aa  73.9  0.000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.842068  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2456  hypothetical protein  25.97 
 
 
411 aa  73.6  0.000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.146397  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0734  hypothetical protein  23.56 
 
 
390 aa  73.9  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.02207e-31 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0746  hypothetical protein  24.31 
 
 
402 aa  73.2  0.000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111021  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1751  amino acid aldolase or racemase-like protein  25.71 
 
 
397 aa  71.6  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.606556  normal  0.292148 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0569  hypothetical protein  21.66 
 
 
390 aa  69.7  0.00000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.913627  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3007  amino acid aldolase or racemase-like  23.04 
 
 
408 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.176851 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0709  hypothetical protein  23.06 
 
 
390 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0415456  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4627  hypothetical protein  23.59 
 
 
390 aa  66.2  0.0000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.155569  hitchhiker  0.000000000168185 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0031  alanine racemase domain protein  24.62 
 
 
395 aa  64.7  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2954  alanine racemase domain protein  25.74 
 
 
400 aa  63.9  0.000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0593  hypothetical protein  21.5 
 
 
390 aa  63.5  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0743387  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31760  predicted amino acid aldolase or racemase  24.25 
 
 
402 aa  62.8  0.000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.316259  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4702  alanine racemase domain protein  25.84 
 
 
444 aa  62.4  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.76254  normal  0.570586 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1282  alanine racemase domain protein  20.63 
 
 
419 aa  60.8  0.00000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0410  alanine racemase domain protein  23.72 
 
 
415 aa  59.3  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.844153 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4405  hypothetical protein  25 
 
 
402 aa  57.8  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.443829  normal  0.0267897 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4024  hypothetical protein  23.48 
 
 
427 aa  56.6  0.0000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1520  alanine racemase domain protein  22.89 
 
 
438 aa  53.5  0.000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.231504  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  27.73 
 
 
383 aa  51.6  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  22.78 
 
 
387 aa  48.5  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1083  amino acid aldolase or racemase-like protein  21.8 
 
 
345 aa  48.5  0.0002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.225982 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  22.39 
 
 
388 aa  47  0.0006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  27.47 
 
 
393 aa  46.2  0.0009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  22.9 
 
 
387 aa  45.8  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2011  alanine racemase  30.43 
 
 
368 aa  45.4  0.002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.146422  normal  0.0449726 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29250  alanine racemase  39.34 
 
 
412 aa  44.7  0.003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  29.44 
 
 
349 aa  43.9  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  31.43 
 
 
359 aa  42.7  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>