137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1219 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  90.35 
 
 		 444 aa  795    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1219  alanine racemase domain protein  100 
 
 		 437 aa  892    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  63.04 
 
 		 432 aa  540  9.999999999999999e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0929  D-serine deaminase  62.59 
 
 		 432 aa  521  1e-147  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.560521  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  59.45 
 
 		 427 aa  496  1e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0964  D-serine deaminase  57.65 
 
 		 423 aa  486  1e-136  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000714853  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  41.13 
 
 		 422 aa  281  1e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1185  D-serine deaminase  42.51 
 
 		 425 aa  278  1e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.867935 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4770  hypothetical protein  40.27 
 
 		 423 aa  278  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4307  alanine racemase domain protein  41.13 
 
 		 425 aa  278  1e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.438666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4197  putative D-serine deaminase (D-serine dehydratase) protein  41.13 
 
 		 425 aa  278  1e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  42 
 
 		 406 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0544  D-serine deaminase  40.04 
 
 		 426 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0845  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  41.53 
 
 		 424 aa  272  8.000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0176  D-serine deaminase, putative  39.24 
 
 		 421 aa  271  2e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.783943  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2772  hypothetical protein  39.24 
 
 		 421 aa  271  2e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2307  hypothetical protein  39.24 
 
 		 421 aa  271  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0656  hypothetical protein  39.6 
 
 		 426 aa  271  2e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17386  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0672  hypothetical protein  39.37 
 
 		 426 aa  271  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2387  hypothetical protein  39.24 
 
 		 421 aa  271  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0834  D-serine deaminase  39.37 
 
 		 426 aa  269  8e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  40.94 
 
 		 425 aa  266  4e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  41.19 
 
 		 425 aa  265  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  41.88 
 
 		 411 aa  264  2e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  40.59 
 
 		 426 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  40.59 
 
 		 426 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  40.34 
 
 		 426 aa  263  3e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  40.59 
 
 		 426 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  38.62 
 
 		 426 aa  262  1e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  42.69 
 
 		 421 aa  258  2e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1425  amino acid aldolase or racemase-like protein  38.46 
 
 		 425 aa  258  2e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.776677  normal  0.0200749 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0364  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  39.26 
 
 		 425 aa  258  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  40.85 
 
 		 401 aa  256  4e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2792  amino acid aldolase or racemase-like protein  40.39 
 
 		 426 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2659  amino acid aldolase or racemase-like protein  40.39 
 
 		 426 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0093  hypothetical protein  39.86 
 
 		 404 aa  251  2e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5480  alanine racemase domain protein  41.88 
 
 		 429 aa  249  6e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  40.5 
 
 		 416 aa  243  3.9999999999999997e-63  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  40.05 
 
 		 417 aa  241  2e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  42.56 
 
 		 416 aa  239  5.999999999999999e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  42.56 
 
 		 416 aa  239  5.999999999999999e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08300  predicted amino acid aldolase or racemase  39.51 
 
 		 457 aa  236  7e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.711035  normal  0.0558619 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  39.86 
 
 		 425 aa  235  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  39.25 
 
 		 409 aa  233  4.0000000000000004e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  35.5 
 
 		 413 aa  233  4.0000000000000004e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2485  alanine racemase domain protein  37.12 
 
 		 418 aa  233  4.0000000000000004e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0092  alanine racemase domain protein  40.91 
 
 		 436 aa  232  9e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3106  alanine racemase domain protein  37.03 
 
 		 423 aa  228  2e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  39.7 
 
 		 419 aa  224  3e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  39.2 
 
 		 447 aa  213  7e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  39.54 
 
 		 399 aa  212  1e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1553  hypothetical protein  37.6 
 
 		 369 aa  209  9e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0577  alanine racemase domain protein  36.26 
 
 		 417 aa  208  2e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.757715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  38.84 
 
 		 444 aa  205  1e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2432  hypothetical protein  38.21 
 
 		 405 aa  202  9.999999999999999e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000194149  hitchhiker  0.00860577 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  33.67 
 
 		 406 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  38.16 
 
 		 379 aa  193  6e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6379  hypothetical protein  35.55 
 
 		 436 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.619709  normal  0.462883 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06355  D-serine deaminase  34.56 
 
 		 259 aa  151  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2983  D-amino acid deaminase  34.35 
 
 		 414 aa  149  1.0000000000000001e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.644238  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  29.06 
 
 		 372 aa  92.4  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  26.18 
 
 		 366 aa  92  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06354  D-serine deaminase  41.24 
 
 		 148 aa  90.1  7e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  23.76 
 
 		 362 aa  89.7  8e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  28.48 
 
 		 388 aa  88.6  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  26.86 
 
 		 359 aa  87.8  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  26.33 
 
 		 366 aa  85.5  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  26.12 
 
 		 366 aa  83.6  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  26.2 
 
 		 380 aa  80.9  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  27.37 
 
 		 396 aa  78.2  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  27.13 
 
 		 360 aa  76.6  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  27.04 
 
 		 371 aa  75.9  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  24.84 
 
 		 373 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  27.91 
 
 		 396 aa  73.6  0.000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  28.14 
 
 		 383 aa  73.2  0.000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  27.75 
 
 		 376 aa  71.6  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  24.93 
 
 		 349 aa  72  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  28.14 
 
 		 376 aa  70.9  0.00000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  25.8 
 
 		 360 aa  70.5  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.8 
 
 		 387 aa  70.5  0.00000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  25.85 
 
 		 379 aa  70.1  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.48 
 
 		 387 aa  69.7  0.00000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  26.67 
 
 		 352 aa  69.3  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  24.73 
 
 		 354 aa  69.3  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  28.51 
 
 		 381 aa  68.2  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  26.43 
 
 		 387 aa  67.4  0.0000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  26.67 
 
 		 392 aa  67  0.0000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  32.17 
 
 		 376 aa  66.6  0.0000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  28.01 
 
 		 351 aa  66.2  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  23.48 
 
 		 368 aa  66.2  0.000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  28.12 
 
 		 359 aa  66.2  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  32.17 
 
 		 376 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  25.39 
 
 		 355 aa  65.1  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  25.39 
 
 		 355 aa  65.1  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  29.08 
 
 		 359 aa  63.2  0.000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  26.9 
 
 		 378 aa  62  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  26.14 
 
 		 384 aa  62.4  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  27.27 
 
 		 372 aa  62  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.53 
 
 		 383 aa  60.8  0.00000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  40.74 
 
 		 381 aa  60.5  0.00000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.534304 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>