175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0554 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  100 
 
 
349 aa  707    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  83.95 
 
 
349 aa  616  1e-175  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  55.56 
 
 
355 aa  369  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  55.56 
 
 
355 aa  369  1e-101  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  54.29 
 
 
354 aa  371  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  54.55 
 
 
366 aa  363  3e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  53.98 
 
 
366 aa  358  5e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  52.87 
 
 
366 aa  345  8e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  49.57 
 
 
359 aa  340  2e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  51.3 
 
 
351 aa  338  9e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  50.57 
 
 
352 aa  336  3.9999999999999995e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  52.44 
 
 
360 aa  317  3e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  52.44 
 
 
360 aa  315  6e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  49.86 
 
 
356 aa  296  4e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  51.02 
 
 
359 aa  280  2e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  51.02 
 
 
359 aa  270  4e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  42.51 
 
 
372 aa  228  8e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  37.13 
 
 
371 aa  223  3e-57  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  36.83 
 
 
386 aa  204  3e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  37.47 
 
 
371 aa  202  5e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  36.81 
 
 
380 aa  202  5e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  39.16 
 
 
386 aa  202  9e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  34.88 
 
 
362 aa  201  1.9999999999999998e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  34.51 
 
 
388 aa  190  4e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  33.88 
 
 
372 aa  188  9e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  33.51 
 
 
384 aa  185  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  33.24 
 
 
383 aa  184  3e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  33.51 
 
 
373 aa  181  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  37.46 
 
 
360 aa  181  1e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  33.88 
 
 
387 aa  180  4e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  34.23 
 
 
392 aa  180  4e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  37.95 
 
 
360 aa  179  8e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  33.62 
 
 
368 aa  179  9e-44  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  37.91 
 
 
371 aa  178  1e-43  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  32.79 
 
 
387 aa  176  6e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  32.43 
 
 
387 aa  175  9.999999999999999e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  31.59 
 
 
387 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  31.23 
 
 
387 aa  172  9e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  36.29 
 
 
382 aa  171  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  31.87 
 
 
382 aa  170  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  32.63 
 
 
396 aa  167  2e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  32.17 
 
 
372 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  35.25 
 
 
381 aa  160  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  34.65 
 
 
392 aa  159  6e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  32.3 
 
 
396 aa  159  6e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  32.88 
 
 
383 aa  157  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  31.71 
 
 
383 aa  147  3e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  33.62 
 
 
376 aa  146  5e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  32.51 
 
 
379 aa  146  5e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  34.54 
 
 
381 aa  145  1e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  34.9 
 
 
393 aa  142  6e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  34.46 
 
 
376 aa  142  8e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  34.17 
 
 
376 aa  142  9e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  30.96 
 
 
400 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  33.78 
 
 
393 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  34.46 
 
 
393 aa  139  6e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  32.4 
 
 
378 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  32.5 
 
 
380 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  31.73 
 
 
393 aa  138  2e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  33.9 
 
 
375 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  32.49 
 
 
378 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  29.54 
 
 
376 aa  133  3.9999999999999996e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  34.27 
 
 
376 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  28.92 
 
 
376 aa  129  6e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  30.91 
 
 
393 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  29.28 
 
 
375 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  33.99 
 
 
380 aa  128  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  31.46 
 
 
380 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  32.41 
 
 
384 aa  119  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  30.21 
 
 
379 aa  119  9e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  30.39 
 
 
374 aa  119  9.999999999999999e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  31.97 
 
 
381 aa  117  3e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  29.66 
 
 
355 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  30.05 
 
 
382 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  26.92 
 
 
371 aa  115  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  32.34 
 
 
359 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  30.48 
 
 
393 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  30.88 
 
 
383 aa  107  3e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  27.81 
 
 
370 aa  105  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  30.71 
 
 
364 aa  101  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  26.56 
 
 
394 aa  95.1  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  29.97 
 
 
371 aa  93.2  6e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  26.27 
 
 
380 aa  92.4  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  28.48 
 
 
413 aa  89  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  26.1 
 
 
368 aa  85.9  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  30.08 
 
 
447 aa  85.5  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1609  alanine racemase domain-containing protein  25.27 
 
 
388 aa  84  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00354322  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11443  hypothetical protein  38.46 
 
 
133 aa  83.2  0.000000000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.483884 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  30.03 
 
 
417 aa  83.2  0.000000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2558  alanine racemase domain protein  26.01 
 
 
380 aa  82  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.442007  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  27.24 
 
 
426 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0964  D-serine deaminase  24.73 
 
 
423 aa  73.6  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000714853  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2659  amino acid aldolase or racemase-like protein  30.21 
 
 
426 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0656  hypothetical protein  30.21 
 
 
426 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17386  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0672  hypothetical protein  30.21 
 
 
426 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  29.17 
 
 
426 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  29.17 
 
 
426 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2792  amino acid aldolase or racemase-like protein  30.21 
 
 
426 aa  72  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  29.17 
 
 
426 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  29.17 
 
 
426 aa  72  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>