134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1026 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  100 
 
 
370 aa  763    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  43.75 
 
 
371 aa  314  1.9999999999999998e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  43.36 
 
 
375 aa  312  6.999999999999999e-84  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  42.16 
 
 
368 aa  288  7e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  38.27 
 
 
371 aa  280  4e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  39.34 
 
 
374 aa  257  2e-67  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  32.99 
 
 
394 aa  182  7e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  33.06 
 
 
372 aa  155  8e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  30.33 
 
 
383 aa  140  3e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  30.42 
 
 
371 aa  135  9e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  28.57 
 
 
362 aa  133  5e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  27.2 
 
 
372 aa  130  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  27.37 
 
 
383 aa  128  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  28.93 
 
 
380 aa  129  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  28.07 
 
 
387 aa  127  4.0000000000000003e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  27.1 
 
 
384 aa  126  6e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  27.03 
 
 
387 aa  117  3e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  28.99 
 
 
373 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  28.61 
 
 
371 aa  116  6.9999999999999995e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  28.3 
 
 
366 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  26.81 
 
 
388 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  26.81 
 
 
392 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  28.37 
 
 
381 aa  114  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  27.37 
 
 
368 aa  113  6e-24  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  27.76 
 
 
366 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  28.57 
 
 
372 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  27.2 
 
 
359 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  27.55 
 
 
366 aa  110  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.88 
 
 
387 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.4 
 
 
387 aa  110  5e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  29.41 
 
 
386 aa  109  8.000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.34 
 
 
387 aa  109  9.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  31.65 
 
 
360 aa  108  1e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  28.57 
 
 
349 aa  108  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  27.78 
 
 
381 aa  107  4e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  26.15 
 
 
382 aa  105  9e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  25.34 
 
 
354 aa  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  27.81 
 
 
349 aa  105  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  29.23 
 
 
383 aa  105  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  27.32 
 
 
376 aa  103  4e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  27.44 
 
 
355 aa  102  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  27.44 
 
 
355 aa  102  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  27.09 
 
 
351 aa  101  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  26.26 
 
 
396 aa  100  3e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  27.59 
 
 
352 aa  100  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  25.61 
 
 
376 aa  99  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  27.11 
 
 
360 aa  97.1  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  27.18 
 
 
396 aa  96.7  6e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  27.34 
 
 
371 aa  95.5  1e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  27.76 
 
 
360 aa  93.6  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  27.12 
 
 
376 aa  93.6  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  28.14 
 
 
392 aa  92.4  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  27.79 
 
 
381 aa  90.1  6e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  27.55 
 
 
400 aa  88.2  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  26.54 
 
 
376 aa  87  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  28.88 
 
 
393 aa  87  5e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  28.84 
 
 
359 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  27.3 
 
 
382 aa  82.4  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  27.99 
 
 
393 aa  79.3  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  25.43 
 
 
375 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  26.72 
 
 
360 aa  76.3  0.0000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  25.15 
 
 
359 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  26.65 
 
 
379 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  26.3 
 
 
359 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  25.14 
 
 
376 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  24.53 
 
 
376 aa  74.3  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  22.43 
 
 
413 aa  73.9  0.000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  23.92 
 
 
379 aa  72.4  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  26.24 
 
 
355 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  26.02 
 
 
380 aa  70.5  0.00000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  24.66 
 
 
356 aa  68.9  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  23.84 
 
 
411 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  28.4 
 
 
422 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  25.51 
 
 
386 aa  68.6  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  25.63 
 
 
380 aa  66.6  0.0000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4770  hypothetical protein  26.08 
 
 
423 aa  65.5  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  24.38 
 
 
401 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  24.86 
 
 
384 aa  63.2  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1553  hypothetical protein  24.34 
 
 
369 aa  63.2  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2485  alanine racemase domain protein  25.9 
 
 
418 aa  62.8  0.000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0176  D-serine deaminase, putative  28.42 
 
 
421 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.783943  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2772  hypothetical protein  28.42 
 
 
421 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2307  hypothetical protein  28.42 
 
 
421 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2387  hypothetical protein  28.42 
 
 
421 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  28.49 
 
 
406 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  25.26 
 
 
393 aa  62  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  22.51 
 
 
417 aa  61.6  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  23.71 
 
 
378 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0656  hypothetical protein  27.81 
 
 
426 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17386  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0672  hypothetical protein  27.81 
 
 
426 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0834  D-serine deaminase  27.81 
 
 
426 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  24.1 
 
 
427 aa  60.1  0.00000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0544  D-serine deaminase  27.17 
 
 
426 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  25.39 
 
 
393 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  24.47 
 
 
393 aa  58.9  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  26.79 
 
 
406 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  27.27 
 
 
426 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  26.2 
 
 
425 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0964  D-serine deaminase  24.07 
 
 
423 aa  57  0.0000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000714853  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0364  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  25.81 
 
 
425 aa  57  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>