130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4770 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  84.87 
 
 
422 aa  738    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4770  hypothetical protein  100 
 
 
423 aa  860    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4307  alanine racemase domain protein  66.9 
 
 
425 aa  596  1e-169  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.438666  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4197  putative D-serine deaminase (D-serine dehydratase) protein  66.9 
 
 
425 aa  596  1e-169  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1185  D-serine deaminase  67.84 
 
 
425 aa  592  1e-168  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.867935 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  65.34 
 
 
426 aa  568  1e-161  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  64.55 
 
 
425 aa  565  1e-160  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  64.55 
 
 
425 aa  565  1e-160  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  64.64 
 
 
426 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2792  amino acid aldolase or racemase-like protein  65.11 
 
 
426 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2659  amino acid aldolase or racemase-like protein  65.34 
 
 
426 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  64.17 
 
 
426 aa  560  1e-158  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  64.17 
 
 
426 aa  560  1e-158  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  64.17 
 
 
426 aa  559  1e-158  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0544  D-serine deaminase  63.23 
 
 
426 aa  551  1e-155  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0656  hypothetical protein  63.47 
 
 
426 aa  548  1e-155  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17386  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0672  hypothetical protein  63.23 
 
 
426 aa  548  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0834  D-serine deaminase  63.23 
 
 
426 aa  547  1e-154  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0364  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  61.97 
 
 
425 aa  547  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0176  D-serine deaminase, putative  63 
 
 
421 aa  543  1e-153  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.783943  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2772  hypothetical protein  63 
 
 
421 aa  543  1e-153  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2307  hypothetical protein  63 
 
 
421 aa  543  1e-153  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2387  hypothetical protein  63 
 
 
421 aa  543  1e-153  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0845  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  62.8 
 
 
424 aa  539  9.999999999999999e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  48.46 
 
 
406 aa  366  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  47.98 
 
 
401 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  48.24 
 
 
411 aa  351  1e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  43.84 
 
 
413 aa  348  1e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0093  hypothetical protein  46.41 
 
 
404 aa  347  2e-94  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  42.75 
 
 
406 aa  311  9e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  41.28 
 
 
444 aa  290  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1219  alanine racemase domain protein  40.27 
 
 
437 aa  287  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  41.81 
 
 
427 aa  288  2e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0929  D-serine deaminase  37.59 
 
 
432 aa  281  1e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.560521  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  38.23 
 
 
432 aa  277  2e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0964  D-serine deaminase  37.32 
 
 
423 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000714853  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  41.51 
 
 
421 aa  251  2e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1425  amino acid aldolase or racemase-like protein  38.58 
 
 
425 aa  251  2e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.776677  normal  0.0200749 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0577  alanine racemase domain protein  38.95 
 
 
417 aa  243  6e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.757715  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5480  alanine racemase domain protein  41.69 
 
 
429 aa  239  5e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  39.59 
 
 
425 aa  239  6.999999999999999e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  38.12 
 
 
416 aa  231  3e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  38.12 
 
 
416 aa  231  3e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  38.37 
 
 
416 aa  230  4e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1553  hypothetical protein  38.97 
 
 
369 aa  227  4e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06355  D-serine deaminase  44.91 
 
 
259 aa  225  9e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  36.45 
 
 
419 aa  214  1.9999999999999998e-54  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2485  alanine racemase domain protein  36.14 
 
 
418 aa  213  3.9999999999999995e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  36.99 
 
 
409 aa  213  3.9999999999999995e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08300  predicted amino acid aldolase or racemase  36.87 
 
 
457 aa  210  3e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.711035  normal  0.0558619 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3106  alanine racemase domain protein  32.82 
 
 
423 aa  206  7e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  37.59 
 
 
444 aa  200  3e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  38 
 
 
399 aa  192  7e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  36.53 
 
 
379 aa  189  1e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  36 
 
 
447 aa  188  2e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2432  hypothetical protein  36.14 
 
 
405 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000194149  hitchhiker  0.00860577 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  33.25 
 
 
417 aa  183  5.0000000000000004e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0092  alanine racemase domain protein  35.45 
 
 
436 aa  171  2e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2983  D-amino acid deaminase  34.99 
 
 
414 aa  167  4e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.644238  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6379  hypothetical protein  32.62 
 
 
436 aa  138  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.619709  normal  0.462883 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06354  D-serine deaminase  50.45 
 
 
148 aa  117  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  28.78 
 
 
396 aa  88.2  2e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  27.16 
 
 
371 aa  84.7  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  25 
 
 
368 aa  82.8  0.00000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  26.34 
 
 
380 aa  80.1  0.00000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  24.46 
 
 
373 aa  77.4  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  26.84 
 
 
381 aa  76.3  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  24.5 
 
 
366 aa  75.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  24.04 
 
 
388 aa  74.7  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  26.07 
 
 
372 aa  74.7  0.000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  25.3 
 
 
376 aa  74.3  0.000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  25.85 
 
 
366 aa  73.9  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  25.9 
 
 
349 aa  73.2  0.000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  22.73 
 
 
362 aa  72.4  0.00000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  24.9 
 
 
376 aa  72  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  28.14 
 
 
352 aa  71.2  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  28.38 
 
 
392 aa  71.6  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.16 
 
 
387 aa  70.9  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  26.08 
 
 
370 aa  70.9  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  29.23 
 
 
376 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  24.74 
 
 
355 aa  68.2  0.0000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  24.74 
 
 
355 aa  68.2  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  29.72 
 
 
383 aa  68.2  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  21.71 
 
 
371 aa  67.8  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  26.06 
 
 
349 aa  67.4  0.0000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  26.32 
 
 
382 aa  67  0.0000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  24.34 
 
 
366 aa  66.6  0.0000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  28.74 
 
 
383 aa  66.2  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  26.27 
 
 
387 aa  65.5  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  28.08 
 
 
376 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  28.74 
 
 
379 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  22.83 
 
 
384 aa  64.7  0.000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  30.41 
 
 
375 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  23.72 
 
 
387 aa  64.7  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  25.9 
 
 
372 aa  64.3  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  22.83 
 
 
383 aa  64.3  0.000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  23.29 
 
 
359 aa  63.9  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  23.08 
 
 
382 aa  62.8  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  24.44 
 
 
387 aa  61.6  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  24.76 
 
 
387 aa  62.4  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>