139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_0639 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_006348  BMA0176  D-serine deaminase, putative  79.11 
 
 
421 aa  702    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.783943  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0834  D-serine deaminase  79.81 
 
 
426 aa  712    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  79.81 
 
 
426 aa  721    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0544  D-serine deaminase  81.46 
 
 
426 aa  725    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  100 
 
 
425 aa  875    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  97.18 
 
 
425 aa  852    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  79.81 
 
 
426 aa  721    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2792  amino acid aldolase or racemase-like protein  80.05 
 
 
426 aa  724    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  79.81 
 
 
426 aa  721    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2772  hypothetical protein  79.11 
 
 
421 aa  702    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2307  hypothetical protein  79.11 
 
 
421 aa  702    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0656  hypothetical protein  80.05 
 
 
426 aa  713    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17386  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0672  hypothetical protein  79.81 
 
 
426 aa  713    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2387  hypothetical protein  79.11 
 
 
421 aa  702    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  78.17 
 
 
426 aa  714    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  80.05 
 
 
426 aa  723    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2659  amino acid aldolase or racemase-like protein  79.58 
 
 
426 aa  723    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0364  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  87.06 
 
 
425 aa  783    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  66.12 
 
 
422 aa  580  1e-164  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4307  alanine racemase domain protein  64.25 
 
 
425 aa  563  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.438666  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4197  putative D-serine deaminase (D-serine dehydratase) protein  64.25 
 
 
425 aa  563  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1185  D-serine deaminase  64.1 
 
 
425 aa  554  1e-156  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.867935 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4770  hypothetical protein  64.55 
 
 
423 aa  550  1e-155  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0845  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  60.34 
 
 
424 aa  509  1e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  48.98 
 
 
401 aa  380  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  47.84 
 
 
413 aa  376  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  48.59 
 
 
411 aa  374  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  49.11 
 
 
406 aa  372  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0093  hypothetical protein  49.49 
 
 
404 aa  348  9e-95  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  44.3 
 
 
406 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  41.04 
 
 
427 aa  268  1e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1219  alanine racemase domain protein  41.19 
 
 
437 aa  265  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0929  D-serine deaminase  38.63 
 
 
432 aa  265  2e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.560521  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  38.05 
 
 
432 aa  264  2e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  39.95 
 
 
444 aa  261  1e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0964  D-serine deaminase  38.27 
 
 
423 aa  256  4e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000714853  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1425  amino acid aldolase or racemase-like protein  37.53 
 
 
425 aa  254  3e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.776677  normal  0.0200749 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  40.78 
 
 
421 aa  249  6e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0577  alanine racemase domain protein  41.92 
 
 
417 aa  247  4e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.757715  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5480  alanine racemase domain protein  42.39 
 
 
429 aa  246  6e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2485  alanine racemase domain protein  38.08 
 
 
418 aa  240  4e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1553  hypothetical protein  40.77 
 
 
369 aa  240  4e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  38.66 
 
 
409 aa  233  4.0000000000000004e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  37.94 
 
 
416 aa  232  8.000000000000001e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  37.94 
 
 
416 aa  232  8.000000000000001e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  37.88 
 
 
416 aa  232  9e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3106  alanine racemase domain protein  37.19 
 
 
423 aa  231  2e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  38.62 
 
 
425 aa  224  3e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06355  D-serine deaminase  43.07 
 
 
259 aa  216  9e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  37.82 
 
 
419 aa  215  9.999999999999999e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  37.25 
 
 
444 aa  208  1e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  35.47 
 
 
417 aa  199  1.0000000000000001e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08300  predicted amino acid aldolase or racemase  35.57 
 
 
457 aa  196  8.000000000000001e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.711035  normal  0.0558619 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  36.95 
 
 
399 aa  192  9e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  36.62 
 
 
379 aa  191  2e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0092  alanine racemase domain protein  37.71 
 
 
436 aa  189  7e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2432  hypothetical protein  36.8 
 
 
405 aa  187  3e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000194149  hitchhiker  0.00860577 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  35.96 
 
 
447 aa  181  2.9999999999999997e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2983  D-amino acid deaminase  34.94 
 
 
414 aa  150  5e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.644238  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6379  hypothetical protein  31.6 
 
 
436 aa  136  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.619709  normal  0.462883 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06354  D-serine deaminase  53.64 
 
 
148 aa  132  7.999999999999999e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  27.66 
 
 
396 aa  98.6  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  28.29 
 
 
376 aa  89.7  9e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  27.6 
 
 
376 aa  87.4  4e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  25.86 
 
 
380 aa  86.3  9e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  25.9 
 
 
372 aa  85.1  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  28.28 
 
 
352 aa  85.1  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  26.32 
 
 
372 aa  81.6  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  22.58 
 
 
362 aa  78.2  0.0000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  26.73 
 
 
349 aa  77.4  0.0000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  24.17 
 
 
396 aa  76.6  0.0000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  24.8 
 
 
359 aa  75.9  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  25.07 
 
 
368 aa  75.1  0.000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  24.27 
 
 
371 aa  73.9  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  24.76 
 
 
387 aa  73.9  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  25.73 
 
 
354 aa  73.2  0.000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  24.44 
 
 
373 aa  73.2  0.000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  24.6 
 
 
387 aa  73.2  0.000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  23.27 
 
 
392 aa  73.2  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  21.77 
 
 
388 aa  71.6  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  25.61 
 
 
355 aa  71.2  0.00000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  25.61 
 
 
355 aa  71.2  0.00000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  27.51 
 
 
383 aa  71.2  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  23.03 
 
 
387 aa  71.2  0.00000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  25.85 
 
 
366 aa  70.5  0.00000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  27.97 
 
 
376 aa  70.1  0.00000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  23 
 
 
387 aa  69.3  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  23.04 
 
 
371 aa  68.6  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  30 
 
 
376 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  24.44 
 
 
400 aa  67.8  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  25.48 
 
 
351 aa  67.8  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  25.99 
 
 
349 aa  68.2  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  25.27 
 
 
372 aa  67  0.0000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  26.81 
 
 
356 aa  67  0.0000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  22.61 
 
 
382 aa  66.6  0.0000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  25.65 
 
 
381 aa  66.6  0.0000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  23.73 
 
 
375 aa  65.9  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  28.16 
 
 
392 aa  66.2  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  25.57 
 
 
386 aa  64.7  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  27.93 
 
 
366 aa  64.3  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>