149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4092 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  100 
 
 
400 aa  813    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  76.26 
 
 
396 aa  615  1e-175  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  65.74 
 
 
392 aa  499  1e-140  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  65.54 
 
 
393 aa  463  1e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  66.15 
 
 
393 aa  460  9.999999999999999e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  56.43 
 
 
372 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  45.43 
 
 
373 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  45.43 
 
 
372 aa  309  6.999999999999999e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  48.43 
 
 
371 aa  306  3e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  43.12 
 
 
382 aa  304  2.0000000000000002e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  43.26 
 
 
387 aa  291  1e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  41.6 
 
 
387 aa  285  1.0000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  40.52 
 
 
387 aa  279  8e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  39.9 
 
 
388 aa  278  1e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  40.93 
 
 
387 aa  278  2e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  40 
 
 
383 aa  275  7e-73  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  39.74 
 
 
384 aa  275  8e-73  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  40.87 
 
 
392 aa  268  1e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  41.95 
 
 
380 aa  265  1e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  43.19 
 
 
382 aa  261  1e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  39.12 
 
 
387 aa  258  9e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  40.8 
 
 
381 aa  229  7e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  38.24 
 
 
381 aa  215  9.999999999999999e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  36.59 
 
 
383 aa  206  6e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  35.25 
 
 
383 aa  190  4e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  31.77 
 
 
376 aa  179  8e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  31.51 
 
 
376 aa  178  1e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  32.12 
 
 
362 aa  178  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  34.74 
 
 
349 aa  173  3.9999999999999995e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  37.28 
 
 
381 aa  173  5.999999999999999e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  32.64 
 
 
371 aa  167  2.9999999999999998e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  32.81 
 
 
349 aa  155  8e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  29.55 
 
 
366 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  32.33 
 
 
352 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  30.03 
 
 
366 aa  138  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  30.21 
 
 
354 aa  138  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  31.56 
 
 
368 aa  134  1.9999999999999998e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  31.68 
 
 
355 aa  133  5e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  31.68 
 
 
355 aa  133  5e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  30.47 
 
 
366 aa  132  6.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  31.85 
 
 
372 aa  131  2.0000000000000002e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  31.13 
 
 
386 aa  127  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  29.38 
 
 
386 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  33.1 
 
 
351 aa  125  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  29.48 
 
 
374 aa  124  4e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  33.33 
 
 
356 aa  123  5e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  29.89 
 
 
359 aa  123  7e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  30.34 
 
 
360 aa  113  6e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  27.56 
 
 
375 aa  111  3e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  28.98 
 
 
360 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  30.34 
 
 
368 aa  102  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  28.04 
 
 
371 aa  101  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  27.55 
 
 
370 aa  99.4  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  32.41 
 
 
359 aa  99  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  29.67 
 
 
360 aa  98.2  2e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  28.34 
 
 
360 aa  97.4  3e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  30.58 
 
 
359 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  30.21 
 
 
371 aa  96.7  6e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  29.62 
 
 
380 aa  95.5  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  28.06 
 
 
394 aa  95.1  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  29.26 
 
 
396 aa  94.7  2e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  25.62 
 
 
371 aa  90.9  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  27.73 
 
 
376 aa  89  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  28.23 
 
 
382 aa  86.3  9e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  27.22 
 
 
379 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  29.43 
 
 
384 aa  84  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  27.12 
 
 
419 aa  84  0.000000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  28.02 
 
 
376 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0092  alanine racemase domain protein  32.45 
 
 
436 aa  82  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  25.24 
 
 
426 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  25.24 
 
 
426 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  25.24 
 
 
426 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  25.54 
 
 
425 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  28.02 
 
 
421 aa  80.1  0.00000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5480  alanine racemase domain protein  27.46 
 
 
429 aa  79.7  0.00000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  27.67 
 
 
376 aa  78.6  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  28.05 
 
 
409 aa  78.6  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  26.54 
 
 
378 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  28.21 
 
 
379 aa  78.2  0.0000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  28.18 
 
 
375 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  28.74 
 
 
444 aa  78.2  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  25.77 
 
 
425 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2792  amino acid aldolase or racemase-like protein  24.92 
 
 
426 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  27.54 
 
 
393 aa  77  0.0000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  27.42 
 
 
425 aa  76.6  0.0000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  26.18 
 
 
378 aa  76.3  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  23.97 
 
 
426 aa  76.3  0.0000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  27.13 
 
 
376 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  23.64 
 
 
417 aa  75.5  0.000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  27.6 
 
 
416 aa  74.7  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  27.6 
 
 
416 aa  74.7  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2659  amino acid aldolase or racemase-like protein  24.92 
 
 
426 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  28.25 
 
 
380 aa  74.3  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2485  alanine racemase domain protein  28.44 
 
 
418 aa  74.3  0.000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  27.49 
 
 
416 aa  73.6  0.000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  26.15 
 
 
432 aa  73.6  0.000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  26.93 
 
 
406 aa  73.2  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  27.82 
 
 
393 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0364  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  25.44 
 
 
425 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  26.09 
 
 
399 aa  71.6  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>