116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5480 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_5480  alanine racemase domain protein  100 
 
 		 429 aa  842    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  54.06 
 
 		 416 aa  407  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  54.06 
 
 		 416 aa  407  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  54.06 
 
 		 416 aa  408  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  51.72 
 
 		 425 aa  389  1e-107  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  53.18 
 
 		 444 aa  375  1e-102  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  52.47 
 
 		 421 aa  370  1e-101  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  48.99 
 
 		 417 aa  326  4.0000000000000003e-88  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0092  alanine racemase domain protein  52.41 
 
 		 436 aa  326  5e-88  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2432  hypothetical protein  50.5 
 
 		 405 aa  318  1e-85  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000194149  hitchhiker  0.00860577 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2485  alanine racemase domain protein  47.76 
 
 		 418 aa  317  2e-85  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0577  alanine racemase domain protein  47.17 
 
 		 417 aa  316  4e-85  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.757715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  47.1 
 
 		 419 aa  314  1.9999999999999998e-84  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3106  alanine racemase domain protein  43.17 
 
 		 423 aa  310  2e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  46.56 
 
 		 399 aa  303  3.0000000000000004e-81  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  48.24 
 
 		 447 aa  292  8e-78  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1553  hypothetical protein  47.57 
 
 		 369 aa  287  2.9999999999999996e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  43.02 
 
 		 427 aa  278  1e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  40.69 
 
 		 432 aa  270  2.9999999999999997e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08300  predicted amino acid aldolase or racemase  42.95 
 
 		 457 aa  270  2.9999999999999997e-71  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.711035  normal  0.0558619 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1185  D-serine deaminase  41.84 
 
 		 425 aa  267  4e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.867935 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0544  D-serine deaminase  44.84 
 
 		 426 aa  266  5e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0929  D-serine deaminase  39.49 
 
 		 432 aa  261  2e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.560521  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  41.51 
 
 		 444 aa  260  3e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0672  hypothetical protein  44.33 
 
 		 426 aa  260  3e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4197  putative D-serine deaminase (D-serine dehydratase) protein  41.08 
 
 		 425 aa  260  3e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4307  alanine racemase domain protein  41.08 
 
 		 425 aa  260  3e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.438666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0656  hypothetical protein  44.33 
 
 		 426 aa  259  6e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17386  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1425  amino acid aldolase or racemase-like protein  40.77 
 
 		 425 aa  259  6e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.776677  normal  0.0200749 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  42.64 
 
 		 425 aa  259  6e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  41.55 
 
 		 411 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0834  D-serine deaminase  44.08 
 
 		 426 aa  258  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  43 
 
 		 425 aa  257  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1219  alanine racemase domain protein  41.88 
 
 		 437 aa  257  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0176  D-serine deaminase, putative  43.94 
 
 		 421 aa  257  4e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.783943  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2772  hypothetical protein  43.94 
 
 		 421 aa  257  4e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2307  hypothetical protein  43.94 
 
 		 421 aa  257  4e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2387  hypothetical protein  43.94 
 
 		 421 aa  257  4e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  40.66 
 
 		 401 aa  256  5e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  43.55 
 
 		 379 aa  256  5e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  41 
 
 		 406 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0364  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  41.01 
 
 		 425 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  43.35 
 
 		 409 aa  249  5e-65  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  42.36 
 
 		 426 aa  248  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0845  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  42.78 
 
 		 424 aa  244  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  41.94 
 
 		 422 aa  243  5e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  42.11 
 
 		 426 aa  243  6e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  42.11 
 
 		 426 aa  243  6e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  41.77 
 
 		 426 aa  243  6e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4770  hypothetical protein  41.94 
 
 		 423 aa  243  7e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  42.11 
 
 		 426 aa  242  7e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2792  amino acid aldolase or racemase-like protein  41.77 
 
 		 426 aa  242  9e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0964  D-serine deaminase  38.77 
 
 		 423 aa  242  1e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000714853  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2659  amino acid aldolase or racemase-like protein  41.52 
 
 		 426 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0093  hypothetical protein  40.66 
 
 		 404 aa  228  1e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  34.75 
 
 		 413 aa  215  9.999999999999999e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2983  D-amino acid deaminase  39.15 
 
 		 414 aa  199  9e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.644238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  36.34 
 
 		 406 aa  191  2e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6379  hypothetical protein  38.85 
 
 		 436 aa  171  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.619709  normal  0.462883 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06355  D-serine deaminase  33.71 
 
 		 259 aa  139  7e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  31.33 
 
 		 372 aa  100  6e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  26.56 
 
 		 387 aa  94.7  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  30.62 
 
 		 372 aa  94  5e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  22.86 
 
 		 362 aa  94  5e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  28.57 
 
 		 396 aa  93.2  8e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  27.06 
 
 		 371 aa  88.2  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  24.66 
 
 		 387 aa  87.8  4e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  28.52 
 
 		 380 aa  84.7  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  24.53 
 
 		 387 aa  84.3  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  25.07 
 
 		 388 aa  84.3  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  25.78 
 
 		 373 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  24.26 
 
 		 387 aa  79.3  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06354  D-serine deaminase  38.83 
 
 		 148 aa  78.6  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  23.16 
 
 		 382 aa  77.8  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  30 
 
 		 400 aa  77.4  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  29.33 
 
 		 376 aa  77  0.0000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  24.75 
 
 		 366 aa  76.6  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  25.2 
 
 		 387 aa  76.3  0.0000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  24.56 
 
 		 366 aa  75.5  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  31.46 
 
 		 376 aa  74.7  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  22.73 
 
 		 384 aa  74.7  0.000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  25.73 
 
 		 359 aa  74.7  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  26.77 
 
 		 352 aa  74.3  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  27.68 
 
 		 383 aa  74.3  0.000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  22.46 
 
 		 383 aa  73.6  0.000000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  24.27 
 
 		 351 aa  73.2  0.000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  32.39 
 
 		 392 aa  73.2  0.000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  25.82 
 
 		 392 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  29.63 
 
 		 381 aa  72  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  26.4 
 
 		 396 aa  70.9  0.00000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  27.66 
 
 		 383 aa  70.5  0.00000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  24.58 
 
 		 372 aa  68.6  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  32.17 
 
 		 360 aa  66.6  0.0000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  28.45 
 
 		 359 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  23.71 
 
 		 366 aa  66.2  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  26.23 
 
 		 382 aa  61.2  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  27.2 
 
 		 381 aa  61.6  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  33.78 
 
 		 371 aa  61.6  0.00000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  26.74 
 
 		 360 aa  60.8  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  25.85 
 
 		 381 aa  60.5  0.00000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>