112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_3106 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012880  Dd703_3106  alanine racemase domain protein  100 
 
 
423 aa  867    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5480  alanine racemase domain protein  43.17 
 
 
429 aa  306  6e-82  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  44.47 
 
 
416 aa  293  4e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  44.47 
 
 
416 aa  293  4e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  44.22 
 
 
416 aa  291  2e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0577  alanine racemase domain protein  42.16 
 
 
417 aa  286  5e-76  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.757715  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  44.44 
 
 
421 aa  278  2e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1553  hypothetical protein  43.85 
 
 
369 aa  275  1.0000000000000001e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  42.82 
 
 
425 aa  275  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2485  alanine racemase domain protein  43.04 
 
 
418 aa  261  1e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  40 
 
 
409 aa  260  3e-68  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  39.59 
 
 
432 aa  259  7e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0929  D-serine deaminase  39.8 
 
 
432 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.560521  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2432  hypothetical protein  39.48 
 
 
405 aa  252  1e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000194149  hitchhiker  0.00860577 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0964  D-serine deaminase  36.19 
 
 
423 aa  246  4e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000714853  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1425  amino acid aldolase or racemase-like protein  36.8 
 
 
425 aa  246  4e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.776677  normal  0.0200749 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  35.94 
 
 
406 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08300  predicted amino acid aldolase or racemase  37.53 
 
 
457 aa  243  3.9999999999999997e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.711035  normal  0.0558619 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  38.73 
 
 
444 aa  242  9e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  37.69 
 
 
425 aa  241  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  39.06 
 
 
427 aa  241  2e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  37.43 
 
 
417 aa  240  2.9999999999999997e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  37.28 
 
 
411 aa  239  6.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  37.19 
 
 
425 aa  237  3e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0364  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  36.9 
 
 
425 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1219  alanine racemase domain protein  37.03 
 
 
437 aa  236  8e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  36.5 
 
 
401 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  37.92 
 
 
419 aa  234  2.0000000000000002e-60  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  36.83 
 
 
444 aa  233  6e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  35.53 
 
 
413 aa  233  6e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0092  alanine racemase domain protein  40.4 
 
 
436 aa  231  2e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0544  D-serine deaminase  36.96 
 
 
426 aa  228  2e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4197  putative D-serine deaminase (D-serine dehydratase) protein  35.84 
 
 
425 aa  226  7e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4307  alanine racemase domain protein  35.84 
 
 
425 aa  226  7e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.438666  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0093  hypothetical protein  35.77 
 
 
404 aa  225  9e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0176  D-serine deaminase, putative  37.37 
 
 
421 aa  224  2e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.783943  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2772  hypothetical protein  37.37 
 
 
421 aa  224  2e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2307  hypothetical protein  37.37 
 
 
421 aa  224  2e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0672  hypothetical protein  36.71 
 
 
426 aa  224  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2387  hypothetical protein  37.37 
 
 
421 aa  224  2e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  35.61 
 
 
426 aa  223  4e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0656  hypothetical protein  36.46 
 
 
426 aa  222  9e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17386  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  37.93 
 
 
447 aa  221  1.9999999999999999e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0834  D-serine deaminase  36.46 
 
 
426 aa  221  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  35.1 
 
 
426 aa  218  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  35.1 
 
 
426 aa  218  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  35.1 
 
 
426 aa  218  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  34.48 
 
 
422 aa  216  4e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2792  amino acid aldolase or racemase-like protein  34.71 
 
 
426 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1185  D-serine deaminase  35.01 
 
 
425 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.867935 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2659  amino acid aldolase or racemase-like protein  34.47 
 
 
426 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  35.82 
 
 
406 aa  212  1e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  34.94 
 
 
426 aa  211  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  34.03 
 
 
399 aa  209  7e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0845  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  35.15 
 
 
424 aa  209  8e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  37 
 
 
379 aa  204  3e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4770  hypothetical protein  33.25 
 
 
423 aa  202  7e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06355  D-serine deaminase  34.69 
 
 
259 aa  154  4e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2983  D-amino acid deaminase  33.33 
 
 
414 aa  149  1.0000000000000001e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.644238  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6379  hypothetical protein  32.57 
 
 
436 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.619709  normal  0.462883 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  25.27 
 
 
362 aa  103  7e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  27.3 
 
 
373 aa  93.2  8e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  26.11 
 
 
387 aa  92.4  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  25.07 
 
 
382 aa  88.2  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  24.93 
 
 
387 aa  84.3  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  26.26 
 
 
387 aa  81.3  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  28.49 
 
 
387 aa  80.9  0.00000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  24.38 
 
 
388 aa  77.8  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  24.43 
 
 
372 aa  77.4  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06354  D-serine deaminase  36.7 
 
 
148 aa  77.8  0.0000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  26.02 
 
 
392 aa  77.4  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  28.21 
 
 
381 aa  77.8  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  25.98 
 
 
372 aa  75.9  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  22.87 
 
 
383 aa  75.1  0.000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  23.74 
 
 
387 aa  75.5  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  22.87 
 
 
384 aa  74.7  0.000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  27.86 
 
 
372 aa  74.7  0.000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  28.49 
 
 
400 aa  72.8  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  26.87 
 
 
371 aa  72  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  24.47 
 
 
376 aa  71.2  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  23.12 
 
 
380 aa  67.8  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  27.37 
 
 
396 aa  67  0.0000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  29.34 
 
 
383 aa  67  0.0000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  24.34 
 
 
376 aa  65.1  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  22.81 
 
 
371 aa  64.7  0.000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  22.4 
 
 
351 aa  63.5  0.000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  27.27 
 
 
392 aa  63.2  0.000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  24.48 
 
 
383 aa  62.4  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  22.71 
 
 
366 aa  62.4  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  21.11 
 
 
375 aa  61.2  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  23.91 
 
 
366 aa  60.8  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  25.23 
 
 
374 aa  58.5  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  23.72 
 
 
396 aa  57.8  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  27.54 
 
 
359 aa  57.4  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  22.86 
 
 
371 aa  56.2  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  25.93 
 
 
359 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  25.78 
 
 
381 aa  54.7  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  22.81 
 
 
370 aa  54.7  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  20.48 
 
 
368 aa  53.9  0.000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  23.16 
 
 
381 aa  50.8  0.00004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>