192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2752 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  100 
 
 
351 aa  717    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  65.24 
 
 
352 aa  459  9.999999999999999e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  63.2 
 
 
356 aa  427  1e-118  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  50.87 
 
 
354 aa  356  2.9999999999999997e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  52.29 
 
 
366 aa  354  1e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  51.99 
 
 
366 aa  352  8e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  51.71 
 
 
366 aa  349  4e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  50 
 
 
355 aa  342  8e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  50 
 
 
355 aa  342  8e-93  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  51.3 
 
 
349 aa  338  9e-92  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  48.86 
 
 
349 aa  329  5.0000000000000004e-89  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  46.96 
 
 
359 aa  313  1.9999999999999998e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  49 
 
 
360 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  49.29 
 
 
360 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  46.51 
 
 
359 aa  258  8e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  46.51 
 
 
359 aa  246  3e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  39.79 
 
 
372 aa  203  4e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  37.27 
 
 
386 aa  184  3e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  34.6 
 
 
368 aa  180  4e-44  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  34.22 
 
 
396 aa  177  3e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  33.06 
 
 
371 aa  171  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  33.79 
 
 
372 aa  169  6e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  32.68 
 
 
362 aa  166  5.9999999999999996e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  32.7 
 
 
380 aa  164  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  36.05 
 
 
386 aa  162  7e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  32.52 
 
 
387 aa  161  2e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  32.88 
 
 
373 aa  159  9e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  31.72 
 
 
383 aa  157  3e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  31.45 
 
 
384 aa  155  8e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  30.4 
 
 
387 aa  153  5e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  31.99 
 
 
387 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  31.42 
 
 
371 aa  151  1e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  33.73 
 
 
360 aa  150  3e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  34.95 
 
 
360 aa  150  3e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  31 
 
 
388 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  30.03 
 
 
387 aa  145  8.000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  30.29 
 
 
387 aa  144  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  30.97 
 
 
372 aa  140  3e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  34.31 
 
 
371 aa  140  3.9999999999999997e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  28.46 
 
 
382 aa  139  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  30.59 
 
 
383 aa  137  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  31.72 
 
 
392 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  32.75 
 
 
380 aa  129  7.000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  30.87 
 
 
382 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  28.41 
 
 
376 aa  124  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  30.48 
 
 
380 aa  123  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  29.46 
 
 
381 aa  122  7e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  27.87 
 
 
374 aa  121  1.9999999999999998e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  28.42 
 
 
383 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  28.49 
 
 
376 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  27.55 
 
 
375 aa  120  3e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  29.06 
 
 
376 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  38.64 
 
 
400 aa  119  9e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  29.55 
 
 
379 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  28.9 
 
 
375 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  31.15 
 
 
381 aa  116  5e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  28.05 
 
 
376 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  25.88 
 
 
376 aa  112  7.000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  27.59 
 
 
378 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  25.34 
 
 
376 aa  109  7.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  28.93 
 
 
393 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  28.37 
 
 
392 aa  108  9.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  29.34 
 
 
380 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  29.18 
 
 
378 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  28.57 
 
 
379 aa  107  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  28.24 
 
 
393 aa  107  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  28.57 
 
 
359 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  29.02 
 
 
384 aa  107  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  30.51 
 
 
396 aa  105  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  28.73 
 
 
393 aa  102  7e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  28.8 
 
 
382 aa  101  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  27.09 
 
 
370 aa  101  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  27.17 
 
 
393 aa  99.8  7e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  28.4 
 
 
355 aa  99.4  8e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  30.83 
 
 
393 aa  97.4  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  25 
 
 
371 aa  97.4  3e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  30.28 
 
 
393 aa  96.7  5e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  27.84 
 
 
380 aa  96.7  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  30.14 
 
 
381 aa  95.1  2e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  26.61 
 
 
394 aa  92  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  29.06 
 
 
383 aa  90.5  4e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2558  alanine racemase domain protein  27.75 
 
 
380 aa  88.6  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.442007  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  26.72 
 
 
416 aa  87  4e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  26.44 
 
 
416 aa  86.7  6e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  26.44 
 
 
416 aa  86.7  6e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  26.68 
 
 
432 aa  84.3  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  27.27 
 
 
364 aa  84  0.000000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  29.92 
 
 
447 aa  83.2  0.000000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  27.2 
 
 
409 aa  82.8  0.000000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1609  alanine racemase domain-containing protein  26.2 
 
 
388 aa  82  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00354322  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  26.18 
 
 
371 aa  81.6  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  27.01 
 
 
421 aa  80.9  0.00000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07140  conserved hypothetical protein  22.19 
 
 
414 aa  78.2  0.0000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.20152 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  25.14 
 
 
399 aa  77.8  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  23.1 
 
 
413 aa  76.6  0.0000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  27.55 
 
 
368 aa  75.9  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  28.61 
 
 
427 aa  75.5  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  27.93 
 
 
379 aa  75.5  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1425  amino acid aldolase or racemase-like protein  24.54 
 
 
425 aa  74.7  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.776677  normal  0.0200749 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  25.26 
 
 
406 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>