183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0889 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  80.16 
 
 
382 aa  644    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  82.43 
 
 
387 aa  667    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  77.81 
 
 
384 aa  634    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  81.65 
 
 
387 aa  659    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  79.33 
 
 
387 aa  652    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  78.55 
 
 
388 aa  640    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  100 
 
 
387 aa  791    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  77.84 
 
 
383 aa  631  1e-180  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  76.74 
 
 
387 aa  622  1e-177  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  75.97 
 
 
392 aa  615  1e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  65.5 
 
 
373 aa  496  1e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  49.19 
 
 
372 aa  356  5e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  47.37 
 
 
371 aa  311  7.999999999999999e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  43.07 
 
 
396 aa  289  7e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  43.05 
 
 
380 aa  284  2.0000000000000002e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  44.07 
 
 
382 aa  276  4e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  45.33 
 
 
372 aa  275  8e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  43.08 
 
 
392 aa  275  1.0000000000000001e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  43.26 
 
 
400 aa  270  2e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  44.82 
 
 
393 aa  268  1e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  44.82 
 
 
393 aa  268  1e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  39.56 
 
 
383 aa  254  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  37.33 
 
 
381 aa  234  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  39.18 
 
 
381 aa  221  1.9999999999999999e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  37.06 
 
 
381 aa  205  1e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  33.96 
 
 
371 aa  203  4e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  33.15 
 
 
362 aa  200  3e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  33.42 
 
 
376 aa  197  3e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  34.15 
 
 
383 aa  196  7e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  33.15 
 
 
376 aa  193  5e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  32.79 
 
 
349 aa  184  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  32.23 
 
 
354 aa  176  5e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  31.23 
 
 
349 aa  172  1e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  33.79 
 
 
352 aa  171  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  33.51 
 
 
366 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  32.35 
 
 
366 aa  161  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  32.51 
 
 
359 aa  157  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  31.99 
 
 
351 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  30.3 
 
 
355 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  33.07 
 
 
372 aa  147  2.0000000000000003e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  30.3 
 
 
355 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  30.35 
 
 
366 aa  146  6e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  34.13 
 
 
356 aa  144  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  31.4 
 
 
386 aa  145  2e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  29.75 
 
 
386 aa  136  5e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  31.34 
 
 
360 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  31.1 
 
 
360 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  28.04 
 
 
378 aa  123  5e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  28.61 
 
 
374 aa  123  6e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  30.08 
 
 
380 aa  122  7e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  28.38 
 
 
368 aa  122  9e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  30.45 
 
 
360 aa  119  9e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  27.03 
 
 
370 aa  117  3e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  31.52 
 
 
359 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  26.92 
 
 
375 aa  117  5e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  30.05 
 
 
360 aa  114  4.0000000000000004e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  31.51 
 
 
359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  26.12 
 
 
378 aa  110  6e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  29.09 
 
 
393 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  29.74 
 
 
371 aa  109  9.000000000000001e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  29.41 
 
 
396 aa  108  1e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  27.56 
 
 
393 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  26.67 
 
 
379 aa  107  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  29.56 
 
 
383 aa  107  5e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  28.09 
 
 
380 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  26.39 
 
 
376 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  26.65 
 
 
382 aa  103  6e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  26.74 
 
 
393 aa  102  1e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  26.29 
 
 
371 aa  101  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  25.27 
 
 
376 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  24.67 
 
 
375 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  25.59 
 
 
406 aa  100  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  27.59 
 
 
421 aa  99.4  9e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  24.93 
 
 
376 aa  99.4  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  26.39 
 
 
379 aa  97.8  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  24.87 
 
 
376 aa  95.9  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  27.08 
 
 
364 aa  95.5  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  27.45 
 
 
384 aa  95.9  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  26.01 
 
 
399 aa  94  4e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  26.29 
 
 
394 aa  92.8  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  25.47 
 
 
447 aa  91.7  2e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  23.27 
 
 
413 aa  91.3  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  26.03 
 
 
368 aa  90.9  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  27.7 
 
 
416 aa  90.1  6e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  27.7 
 
 
416 aa  90.1  6e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  26.2 
 
 
425 aa  89  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  22.89 
 
 
371 aa  88.6  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  26.58 
 
 
393 aa  87.4  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  26.94 
 
 
416 aa  87.4  4e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1553  hypothetical protein  25.72 
 
 
369 aa  86.3  9e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  26.46 
 
 
411 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  25.77 
 
 
444 aa  85.5  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  24.18 
 
 
359 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  25.73 
 
 
401 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1609  alanine racemase domain-containing protein  24.18 
 
 
388 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00354322  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  23.9 
 
 
380 aa  84  0.000000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  25.5 
 
 
355 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  26.38 
 
 
406 aa  83.2  0.000000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5480  alanine racemase domain protein  26.56 
 
 
429 aa  81.6  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3106  alanine racemase domain protein  26.11 
 
 
423 aa  81.6  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>