141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3398 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  88.89 
 
 		 378 aa  693    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  100 
 
 		 378 aa  775    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  65.24 
 
 		 376 aa  508  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  65.51 
 
 		 375 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  64.44 
 
 		 376 aa  501  1e-141  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  64.71 
 
 		 376 aa  501  1e-141  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  64.44 
 
 		 376 aa  499  1e-140  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  67.63 
 
 		 380 aa  500  1e-140  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  64.62 
 
 		 359 aa  483  1e-135  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  64 
 
 		 384 aa  480  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  62.17 
 
 		 379 aa  475  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  63.38 
 
 		 355 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  56.61 
 
 		 380 aa  418  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  52 
 
 		 379 aa  382  1e-105  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  55.05 
 
 		 383 aa  367  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  50.4 
 
 		 393 aa  348  8e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  49.07 
 
 		 393 aa  336  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1609  alanine racemase domain-containing protein  45.72 
 
 		 388 aa  335  5e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00354322  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  47.48 
 
 		 380 aa  334  2e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  50.4 
 
 		 393 aa  333  3e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  48.51 
 
 		 364 aa  328  1.0000000000000001e-88  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  50 
 
 		 382 aa  323  4e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2558  alanine racemase domain protein  47.47 
 
 		 380 aa  322  6e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.442007  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  48.8 
 
 		 393 aa  322  7e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  33.08 
 
 		 396 aa  169  9e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  34.04 
 
 		 360 aa  156  7e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  33.98 
 
 		 371 aa  151  2e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  34.83 
 
 		 372 aa  144  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  29.78 
 
 		 366 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  29.81 
 
 		 354 aa  140  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  32.4 
 
 		 349 aa  139  8.999999999999999e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  33.33 
 
 		 360 aa  137  2e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  30.34 
 
 		 366 aa  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  31.56 
 
 		 349 aa  136  7.000000000000001e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_35359  predicted protein  28.81 
 
 		 424 aa  134  1.9999999999999998e-30  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63574  predicted protein  29.19 
 
 		 424 aa  134  3.9999999999999996e-30  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  30.7 
 
 		 368 aa  134  3.9999999999999996e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  30.43 
 
 		 386 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  31.04 
 
 		 380 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  29.38 
 
 		 355 aa  130  5.0000000000000004e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  29.38 
 
 		 355 aa  130  5.0000000000000004e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  29.21 
 
 		 366 aa  127  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  29.36 
 
 		 362 aa  125  1e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00380  expressed protein  26 
 
 		 419 aa  123  5e-27  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  28.24 
 
 		 360 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  27.59 
 
 		 351 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  26.94 
 
 		 371 aa  110  4.0000000000000004e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  26.12 
 
 		 387 aa  110  6e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  28.24 
 
 		 359 aa  109  7.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07140  conserved hypothetical protein  25.78 
 
 		 414 aa  109  8.000000000000001e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.20152 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  26.67 
 
 		 360 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  29.55 
 
 		 356 aa  106  7e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  26.19 
 
 		 387 aa  106  8e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  26.56 
 
 		 352 aa  106  8e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  25 
 
 		 372 aa  102  8e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  24.73 
 
 		 387 aa  102  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  25 
 
 		 382 aa  101  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  30.1 
 
 		 371 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  26.91 
 
 		 387 aa  99.8  8e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  28.42 
 
 		 381 aa  99.4  9e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  25.65 
 
 		 381 aa  98.6  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  25.72 
 
 		 392 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  25 
 
 		 388 aa  96.3  8e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.72 
 
 		 387 aa  95.9  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  30.17 
 
 		 382 aa  94.7  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  25.07 
 
 		 384 aa  92  1e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  24.8 
 
 		 383 aa  91.7  2e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  24.39 
 
 		 376 aa  90.1  5e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  27.91 
 
 		 359 aa  89.7  7e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  28.17 
 
 		 392 aa  89.4  9e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  23.69 
 
 		 376 aa  88.6  2e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  25.59 
 
 		 359 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  27.92 
 
 		 372 aa  82  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  26.1 
 
 		 368 aa  81.6  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  25.26 
 
 		 383 aa  81.6  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  23.14 
 
 		 373 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  25.07 
 
 		 411 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  23.87 
 
 		 375 aa  78.2  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  27.21 
 
 		 381 aa  77.8  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  24.46 
 
 		 401 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  28.07 
 
 		 393 aa  77.4  0.0000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  26.21 
 
 		 419 aa  76.6  0.0000000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  24.93 
 
 		 380 aa  76.3  0.0000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  26.98 
 
 		 393 aa  72.4  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  33.12 
 
 		 400 aa  70.9  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  26.8 
 
 		 383 aa  71.2  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4197  putative D-serine deaminase (D-serine dehydratase) protein  31.58 
 
 		 425 aa  70.9  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4307  alanine racemase domain protein  31.58 
 
 		 425 aa  70.9  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.438666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  24.35 
 
 		 444 aa  70.1  0.00000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  25.74 
 
 		 396 aa  70.1  0.00000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  20.22 
 
 		 371 aa  67.4  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11442  hypothetical protein  36.88 
 
 		 171 aa  66.6  0.0000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.491 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  27.66 
 
 		 422 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  23.25 
 
 		 371 aa  64.7  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1185  D-serine deaminase  25.56 
 
 		 425 aa  63.9  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.867935 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0176  D-serine deaminase, putative  26.69 
 
 		 421 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.783943  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2772  hypothetical protein  26.69 
 
 		 421 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2307  hypothetical protein  26.69 
 
 		 421 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2387  hypothetical protein  26.69 
 
 		 421 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  25.4 
 
 		 427 aa  62.8  0.000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>