135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4307 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RSp1185  D-serine deaminase  84.47 
 
 		 425 aa  752    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.867935 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4307  alanine racemase domain protein  100 
 
 		 425 aa  872    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.438666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0845  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  72.47 
 
 		 424 aa  639    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4197  putative D-serine deaminase (D-serine dehydratase) protein  100 
 
 		 425 aa  872    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  68.94 
 
 		 422 aa  610  1e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4770  hypothetical protein  66.9 
 
 		 423 aa  576  1.0000000000000001e-163  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0656  hypothetical protein  66.9 
 
 		 426 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17386  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0672  hypothetical protein  66.9 
 
 		 426 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0834  D-serine deaminase  66.67 
 
 		 426 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  65.5 
 
 		 426 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0544  D-serine deaminase  65.97 
 
 		 426 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2792  amino acid aldolase or racemase-like protein  66.2 
 
 		 426 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2659  amino acid aldolase or racemase-like protein  65.97 
 
 		 426 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0176  D-serine deaminase, putative  65.97 
 
 		 421 aa  565  1e-160  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.783943  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  64.72 
 
 		 425 aa  565  1e-160  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  65.27 
 
 		 426 aa  565  1e-160  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  65.27 
 
 		 426 aa  565  1e-160  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2772  hypothetical protein  65.97 
 
 		 421 aa  565  1e-160  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2307  hypothetical protein  65.97 
 
 		 421 aa  565  1e-160  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2387  hypothetical protein  65.97 
 
 		 421 aa  565  1e-160  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  65.27 
 
 		 426 aa  565  1e-160  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0364  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  63.79 
 
 		 425 aa  565  1e-160  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  64.8 
 
 		 426 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  64.25 
 
 		 425 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  49.87 
 
 		 401 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  49 
 
 		 411 aa  374  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  48.85 
 
 		 406 aa  368  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  47.83 
 
 		 413 aa  364  2e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0093  hypothetical protein  48.33 
 
 		 404 aa  354  2e-96  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  45.34 
 
 		 406 aa  318  1e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  38.88 
 
 		 432 aa  294  2e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  40.47 
 
 		 427 aa  284  2.0000000000000002e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  40.89 
 
 		 444 aa  283  5.000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0929  D-serine deaminase  38.55 
 
 		 432 aa  280  3e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.560521  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1219  alanine racemase domain protein  41.13 
 
 		 437 aa  278  1e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0964  D-serine deaminase  37.01 
 
 		 423 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000714853  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0577  alanine racemase domain protein  41.69 
 
 		 417 aa  263  6e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.757715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1425  amino acid aldolase or racemase-like protein  38.12 
 
 		 425 aa  252  1e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.776677  normal  0.0200749 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5480  alanine racemase domain protein  40.34 
 
 		 429 aa  250  3e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  37.91 
 
 		 416 aa  246  6e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  37.91 
 
 		 416 aa  246  6e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  38.06 
 
 		 416 aa  243  6e-63  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1553  hypothetical protein  40.36 
 
 		 369 aa  236  4e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2485  alanine racemase domain protein  36.6 
 
 		 418 aa  233  5e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  38.38 
 
 		 421 aa  230  4e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  36.73 
 
 		 425 aa  229  6e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3106  alanine racemase domain protein  34.85 
 
 		 423 aa  222  9.999999999999999e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06355  D-serine deaminase  44.36 
 
 		 259 aa  221  1.9999999999999999e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  36.67 
 
 		 419 aa  214  2.9999999999999995e-54  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08300  predicted amino acid aldolase or racemase  35.73 
 
 		 457 aa  212  7.999999999999999e-54  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.711035  normal  0.0558619 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  38.82 
 
 		 444 aa  211  2e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  37.19 
 
 		 409 aa  211  2e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  36.29 
 
 		 417 aa  193  6e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2432  hypothetical protein  35.48 
 
 		 405 aa  189  5.999999999999999e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000194149  hitchhiker  0.00860577 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  38.21 
 
 		 399 aa  189  7e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  35.52 
 
 		 447 aa  188  2e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0092  alanine racemase domain protein  37.23 
 
 		 436 aa  187  5e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  36.53 
 
 		 379 aa  186  7e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2983  D-amino acid deaminase  35.06 
 
 		 414 aa  161  2e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.644238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06354  D-serine deaminase  43.14 
 
 		 148 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6379  hypothetical protein  30.36 
 
 		 436 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.619709  normal  0.462883 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  26.72 
 
 		 380 aa  88.2  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  26.9 
 
 		 396 aa  86.3  9e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  21.93 
 
 		 376 aa  84.7  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  21.93 
 
 		 376 aa  83.2  0.000000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  26.57 
 
 		 372 aa  81.3  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  29.15 
 
 		 371 aa  79.3  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  33.33 
 
 		 376 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  23.93 
 
 		 387 aa  78.2  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  26.19 
 
 		 352 aa  77  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  25.72 
 
 		 373 aa  76.6  0.0000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  32.76 
 
 		 376 aa  76.6  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  33.33 
 
 		 375 aa  76.3  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  24.83 
 
 		 366 aa  76.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  22.51 
 
 		 388 aa  73.6  0.000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  23.16 
 
 		 383 aa  72.8  0.00000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  23.51 
 
 		 387 aa  72.4  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  22.88 
 
 		 384 aa  72  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  24.28 
 
 		 354 aa  72  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  31.43 
 
 		 376 aa  71.6  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  32.18 
 
 		 376 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  25.83 
 
 		 381 aa  70.9  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  24.25 
 
 		 349 aa  70.9  0.00000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  23.32 
 
 		 368 aa  70.9  0.00000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  31.58 
 
 		 378 aa  70.9  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  23.89 
 
 		 366 aa  70.1  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  22.47 
 
 		 382 aa  68.9  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  24.58 
 
 		 349 aa  68.6  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  29.65 
 
 		 378 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  27.6 
 
 		 383 aa  68.2  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  32.41 
 
 		 386 aa  67.4  0.0000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  23.95 
 
 		 355 aa  67  0.0000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  23.95 
 
 		 355 aa  67  0.0000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  25.13 
 
 		 362 aa  66.6  0.0000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  24.53 
 
 		 351 aa  65.1  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  31.14 
 
 		 359 aa  65.1  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  28.57 
 
 		 379 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  20.72 
 
 		 375 aa  63.9  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  27.85 
 
 		 383 aa  63.9  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  23.79 
 
 		 387 aa  63.5  0.000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>