178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3864 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  100 
 
 
349 aa  707    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  83.95 
 
 
349 aa  616  1e-175  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  55.46 
 
 
366 aa  369  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  54.83 
 
 
366 aa  361  8e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  51.71 
 
 
354 aa  356  2.9999999999999997e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  53.56 
 
 
355 aa  355  3.9999999999999996e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  53.56 
 
 
355 aa  355  3.9999999999999996e-97  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  53.12 
 
 
366 aa  355  5.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  51.01 
 
 
359 aa  348  7e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  49.71 
 
 
352 aa  333  3e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  48.86 
 
 
351 aa  329  4e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  52.72 
 
 
360 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  52.15 
 
 
360 aa  317  1e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  49.86 
 
 
356 aa  299  4e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  51.45 
 
 
359 aa  281  1e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  51.45 
 
 
359 aa  268  8e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  41.71 
 
 
372 aa  233  4.0000000000000004e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  38.75 
 
 
371 aa  231  2e-59  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  38.9 
 
 
386 aa  214  1.9999999999999998e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  37.7 
 
 
371 aa  210  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  36.59 
 
 
380 aa  210  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  36.54 
 
 
386 aa  201  9.999999999999999e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  34.25 
 
 
362 aa  200  1.9999999999999998e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  34.33 
 
 
373 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  35.07 
 
 
388 aa  194  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  33.79 
 
 
372 aa  189  5.999999999999999e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  33.97 
 
 
387 aa  186  5e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  33.79 
 
 
387 aa  185  8e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  34.15 
 
 
387 aa  185  1.0000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  35.95 
 
 
392 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  35.53 
 
 
396 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  33.88 
 
 
384 aa  184  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  32.79 
 
 
387 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  36.8 
 
 
360 aa  183  4.0000000000000006e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  33.33 
 
 
383 aa  182  5.0000000000000004e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  32.52 
 
 
387 aa  180  2.9999999999999997e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  37.26 
 
 
371 aa  179  9e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  31.96 
 
 
382 aa  176  4e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  36.13 
 
 
382 aa  176  5e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  38.33 
 
 
360 aa  175  9e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  32.16 
 
 
368 aa  169  5e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  32.79 
 
 
372 aa  167  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  33.42 
 
 
396 aa  166  5e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  33.15 
 
 
383 aa  164  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  36.24 
 
 
392 aa  162  7e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  34.86 
 
 
381 aa  162  9e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  34.74 
 
 
400 aa  159  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  32.8 
 
 
383 aa  155  1e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  34.38 
 
 
393 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  33.95 
 
 
393 aa  145  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  31.03 
 
 
379 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  33.52 
 
 
381 aa  139  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  31.56 
 
 
378 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  31.91 
 
 
376 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  32.3 
 
 
378 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  33.88 
 
 
381 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  32.4 
 
 
376 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  31.25 
 
 
375 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  27.32 
 
 
375 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  29.4 
 
 
380 aa  126  5e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  28.65 
 
 
376 aa  124  2e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  28.73 
 
 
393 aa  125  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  28.11 
 
 
376 aa  123  5e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  31.94 
 
 
376 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  30.35 
 
 
393 aa  122  6e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  30.03 
 
 
376 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  29.83 
 
 
374 aa  120  3e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  32.5 
 
 
380 aa  120  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  30.97 
 
 
379 aa  117  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  31.56 
 
 
380 aa  116  6e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  30.03 
 
 
393 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  29.46 
 
 
355 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  26.37 
 
 
371 aa  109  7.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  28.57 
 
 
370 aa  108  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  31.09 
 
 
384 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  31.34 
 
 
364 aa  107  3e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  27.52 
 
 
382 aa  107  3e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  29.1 
 
 
393 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  30.56 
 
 
359 aa  103  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0964  D-serine deaminase  27.15 
 
 
423 aa  96.3  6e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000714853  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  28.77 
 
 
383 aa  96.3  7e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  27.5 
 
 
371 aa  94.7  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  26.14 
 
 
380 aa  90.1  5e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  26.09 
 
 
394 aa  90.1  5e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  28.3 
 
 
417 aa  86.7  6e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11443  hypothetical protein  40.77 
 
 
133 aa  86.3  7e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.483884 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  27.15 
 
 
413 aa  85.1  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  28.27 
 
 
447 aa  84  0.000000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2558  alanine racemase domain protein  26.01 
 
 
380 aa  83.2  0.000000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.442007  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  26.58 
 
 
426 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  25.27 
 
 
368 aa  81.3  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  27.76 
 
 
406 aa  79.7  0.00000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  26.4 
 
 
425 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0364  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  25.25 
 
 
425 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  26.18 
 
 
444 aa  77.8  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  26.73 
 
 
425 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1609  alanine racemase domain-containing protein  24.6 
 
 
388 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00354322  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  27.6 
 
 
426 aa  76.3  0.0000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  23.31 
 
 
425 aa  75.9  0.0000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  27.08 
 
 
426 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>