176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4819 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  100 
 
 
371 aa  746    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  48.77 
 
 
372 aa  353  2.9999999999999997e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  51.63 
 
 
373 aa  352  5e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  52.97 
 
 
372 aa  336  3.9999999999999995e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  51.37 
 
 
380 aa  335  5e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  46.61 
 
 
387 aa  325  5e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  46.76 
 
 
387 aa  325  6e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  47.01 
 
 
388 aa  325  8.000000000000001e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  47.01 
 
 
387 aa  325  9e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  50.27 
 
 
382 aa  322  9.000000000000001e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  45.43 
 
 
387 aa  321  1.9999999999999998e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  46.17 
 
 
382 aa  320  3e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  47.37 
 
 
387 aa  319  3.9999999999999996e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  48.37 
 
 
392 aa  319  5e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  44.66 
 
 
383 aa  318  7.999999999999999e-86  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  44.38 
 
 
384 aa  318  7.999999999999999e-86  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  50.79 
 
 
392 aa  312  4.999999999999999e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  51.59 
 
 
393 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  51.46 
 
 
393 aa  301  1e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  45.57 
 
 
396 aa  296  3e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  48.43 
 
 
400 aa  288  8e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  43.85 
 
 
381 aa  245  9.999999999999999e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  43.21 
 
 
381 aa  244  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  41.89 
 
 
383 aa  234  2.0000000000000002e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  39.78 
 
 
383 aa  231  2e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  41.62 
 
 
381 aa  219  7e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  37.7 
 
 
349 aa  216  5.9999999999999996e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  37.47 
 
 
349 aa  210  4e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  35.44 
 
 
362 aa  209  9e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  36.31 
 
 
371 aa  198  1.0000000000000001e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  35.38 
 
 
354 aa  188  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  35.77 
 
 
366 aa  187  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  36.21 
 
 
359 aa  186  4e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  33.7 
 
 
352 aa  186  5e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  35.56 
 
 
355 aa  183  4.0000000000000006e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  35.56 
 
 
355 aa  183  4.0000000000000006e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  30.66 
 
 
376 aa  182  1e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  37.06 
 
 
356 aa  181  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  34.69 
 
 
366 aa  180  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  30.39 
 
 
376 aa  179  4.999999999999999e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  33.06 
 
 
351 aa  176  6e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  37.01 
 
 
372 aa  176  8e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  37.88 
 
 
359 aa  162  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  32.08 
 
 
366 aa  161  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  35.91 
 
 
360 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  36.19 
 
 
360 aa  159  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  33.61 
 
 
374 aa  154  2.9999999999999998e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  36.69 
 
 
359 aa  147  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  35.07 
 
 
360 aa  147  4.0000000000000006e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  30.42 
 
 
370 aa  142  9e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  29.2 
 
 
371 aa  140  3e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  29.35 
 
 
368 aa  140  3e-32  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  26.65 
 
 
375 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  31.01 
 
 
386 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  32.65 
 
 
386 aa  126  5e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  33.6 
 
 
371 aa  125  1e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  32.6 
 
 
360 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  28.34 
 
 
394 aa  115  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  31.27 
 
 
396 aa  114  3e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  30.9 
 
 
380 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  28.42 
 
 
368 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  28.72 
 
 
376 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  30.1 
 
 
378 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  26.93 
 
 
371 aa  107  4e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  28.98 
 
 
375 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  28.65 
 
 
376 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  28.61 
 
 
378 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  28.93 
 
 
376 aa  99.8  6e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  30.8 
 
 
384 aa  99.8  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  27.39 
 
 
376 aa  99  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  29.08 
 
 
380 aa  99  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  28.08 
 
 
380 aa  99  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  30.36 
 
 
379 aa  98.2  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  32.78 
 
 
379 aa  98.6  2e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  30.96 
 
 
411 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  30.25 
 
 
401 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  31.99 
 
 
421 aa  96.3  7e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  27.51 
 
 
379 aa  95.9  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  30.7 
 
 
425 aa  95.5  1e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  29.1 
 
 
393 aa  95.9  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  26.82 
 
 
359 aa  95.1  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  26.74 
 
 
413 aa  92.8  9e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  29.44 
 
 
393 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  30.67 
 
 
393 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  27.88 
 
 
406 aa  90.5  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  28.61 
 
 
355 aa  89.7  8e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  29.95 
 
 
416 aa  89.4  9e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  29.95 
 
 
416 aa  89.4  9e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  30.48 
 
 
416 aa  89  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4770  hypothetical protein  27.16 
 
 
423 aa  87  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  29.66 
 
 
444 aa  87  5e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  30.25 
 
 
447 aa  84.7  0.000000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  27.25 
 
 
399 aa  84.3  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5480  alanine racemase domain protein  27.59 
 
 
429 aa  83.6  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  27.81 
 
 
427 aa  83.6  0.000000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4307  alanine racemase domain protein  29.15 
 
 
425 aa  83.2  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.438666  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4197  putative D-serine deaminase (D-serine dehydratase) protein  29.15 
 
 
425 aa  83.2  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  28.09 
 
 
393 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0544  D-serine deaminase  26.63 
 
 
426 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2659  amino acid aldolase or racemase-like protein  26.8 
 
 
426 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>