141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6194 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  100 
 
 
384 aa  783    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  74.27 
 
 
380 aa  547  1e-154  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  70.13 
 
 
376 aa  533  1e-150  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  69.87 
 
 
376 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  69.87 
 
 
375 aa  528  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  68.44 
 
 
376 aa  524  1e-148  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  68.25 
 
 
379 aa  522  1e-147  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  67.64 
 
 
376 aa  523  1e-147  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  70.19 
 
 
359 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  64 
 
 
378 aa  497  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  64.17 
 
 
378 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  68.17 
 
 
355 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  57.85 
 
 
380 aa  433  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  56.12 
 
 
379 aa  414  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  53.11 
 
 
393 aa  379  1e-104  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  54.52 
 
 
383 aa  367  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  48.82 
 
 
380 aa  346  5e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  52.22 
 
 
393 aa  345  1e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  52.09 
 
 
382 aa  344  1e-93  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2558  alanine racemase domain protein  49.47 
 
 
380 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.442007  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  51.05 
 
 
393 aa  334  2e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1609  alanine racemase domain-containing protein  44.39 
 
 
388 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00354322  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  51.1 
 
 
364 aa  327  2.0000000000000001e-88  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  50.25 
 
 
393 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  35.06 
 
 
396 aa  176  9e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  32.39 
 
 
366 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  36.34 
 
 
372 aa  164  3e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  32.12 
 
 
366 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  36.22 
 
 
371 aa  155  2e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  31.75 
 
 
354 aa  150  4e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  33.14 
 
 
386 aa  145  1e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  34.37 
 
 
360 aa  144  3e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63574  predicted protein  31.06 
 
 
424 aa  142  9.999999999999999e-33  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  34.09 
 
 
360 aa  141  1.9999999999999998e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  30.62 
 
 
366 aa  140  4.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  32.41 
 
 
349 aa  134  3e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  28.18 
 
 
355 aa  132  7.999999999999999e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  28.18 
 
 
355 aa  132  7.999999999999999e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  30.27 
 
 
352 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_35359  predicted protein  28.33 
 
 
424 aa  126  8.000000000000001e-28  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  29.18 
 
 
368 aa  125  1e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  31.09 
 
 
349 aa  122  9.999999999999999e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  31.23 
 
 
380 aa  121  3e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00380  expressed protein  28.36 
 
 
419 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  28.94 
 
 
359 aa  119  7e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  29.02 
 
 
351 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07140  conserved hypothetical protein  27.34 
 
 
414 aa  117  3.9999999999999997e-25  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.20152 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  29.89 
 
 
360 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  29.02 
 
 
381 aa  114  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  26.08 
 
 
362 aa  113  7.000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  29.89 
 
 
360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  27.39 
 
 
382 aa  108  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  32.28 
 
 
382 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  31.46 
 
 
356 aa  107  3e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  26.82 
 
 
371 aa  107  4e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  27.37 
 
 
387 aa  106  6e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  31.45 
 
 
359 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  30.8 
 
 
371 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  25.9 
 
 
372 aa  104  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  26.55 
 
 
376 aa  103  5e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  24.39 
 
 
376 aa  102  1e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  28.01 
 
 
387 aa  101  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  33.89 
 
 
372 aa  100  3e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  31.49 
 
 
359 aa  100  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  29.17 
 
 
381 aa  100  6e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  26.56 
 
 
373 aa  100  6e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  30.25 
 
 
392 aa  99.8  7e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  28.46 
 
 
383 aa  99.8  8e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  27.58 
 
 
388 aa  99.4  9e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  30.47 
 
 
396 aa  99  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  27.15 
 
 
387 aa  97.4  4e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  31.01 
 
 
393 aa  95.1  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  26.89 
 
 
392 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  25.73 
 
 
387 aa  93.2  8e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  26.6 
 
 
387 aa  92.4  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  28.49 
 
 
380 aa  92.4  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  26.44 
 
 
383 aa  92  2e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  30.17 
 
 
393 aa  90.9  3e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  30.36 
 
 
386 aa  90.9  3e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  26.44 
 
 
384 aa  90.5  4e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  27.25 
 
 
368 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  29.43 
 
 
400 aa  85.5  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  22.59 
 
 
371 aa  81.6  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  26.29 
 
 
381 aa  80.9  0.00000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  29.67 
 
 
383 aa  79  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  23.08 
 
 
375 aa  73.6  0.000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  31.02 
 
 
413 aa  72  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  24.86 
 
 
370 aa  72.8  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  26.75 
 
 
371 aa  72  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0845  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  31.03 
 
 
424 aa  72  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  25.15 
 
 
401 aa  70.5  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  25.75 
 
 
425 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  26.5 
 
 
444 aa  69.7  0.00000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  26.39 
 
 
374 aa  69.7  0.00000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  25.38 
 
 
411 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0176  D-serine deaminase, putative  30.06 
 
 
421 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.783943  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  29.55 
 
 
422 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2772  hypothetical protein  30.06 
 
 
421 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2307  hypothetical protein  30.06 
 
 
421 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2387  hypothetical protein  30.06 
 
 
421 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>