136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2914 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  100 
 
 
374 aa  762    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  36.77 
 
 
375 aa  261  2e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  39.34 
 
 
370 aa  257  2e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  39.06 
 
 
368 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  34.79 
 
 
371 aa  233  3e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  38.27 
 
 
371 aa  232  8.000000000000001e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  31.4 
 
 
362 aa  164  2.0000000000000002e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  31.17 
 
 
394 aa  158  1e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  33.61 
 
 
371 aa  149  6e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  33.6 
 
 
386 aa  145  1e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  31.38 
 
 
372 aa  145  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  32.08 
 
 
371 aa  142  8e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  29.02 
 
 
368 aa  138  1e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  29.69 
 
 
373 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  32.14 
 
 
380 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  28.19 
 
 
359 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  30.83 
 
 
381 aa  123  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  28.32 
 
 
387 aa  123  4e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  28.61 
 
 
387 aa  123  5e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  26.83 
 
 
376 aa  122  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  27.87 
 
 
351 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  29.83 
 
 
349 aa  120  3e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  29.17 
 
 
387 aa  119  6e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  26.61 
 
 
376 aa  118  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  28.57 
 
 
388 aa  119  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  30.39 
 
 
349 aa  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  26.12 
 
 
372 aa  118  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  29.58 
 
 
372 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  29 
 
 
354 aa  117  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  28.02 
 
 
382 aa  117  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  30.77 
 
 
383 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  28.72 
 
 
381 aa  116  6e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  30.33 
 
 
392 aa  114  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  30 
 
 
396 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  28.44 
 
 
366 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  29.29 
 
 
366 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  28.49 
 
 
355 aa  111  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  28.49 
 
 
355 aa  111  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  28.05 
 
 
387 aa  110  3e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  31.18 
 
 
352 aa  110  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  27.27 
 
 
387 aa  109  6e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  30.21 
 
 
396 aa  108  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  26.49 
 
 
383 aa  108  2e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  26.49 
 
 
384 aa  108  2e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  29.81 
 
 
383 aa  107  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  27.39 
 
 
360 aa  107  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  31.56 
 
 
393 aa  105  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  27.32 
 
 
360 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  28.5 
 
 
382 aa  105  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  29.21 
 
 
392 aa  103  6e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  29.48 
 
 
400 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  28.42 
 
 
360 aa  100  4e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  29.78 
 
 
393 aa  99.8  8e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  28.88 
 
 
359 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  27.51 
 
 
366 aa  94.4  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  30.35 
 
 
380 aa  92.4  1e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  30.95 
 
 
359 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  29.4 
 
 
381 aa  90.9  3e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  25.96 
 
 
360 aa  90.9  3e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  27.01 
 
 
371 aa  89.4  1e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  26.6 
 
 
376 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  29.55 
 
 
386 aa  77.4  0.0000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  26.54 
 
 
380 aa  75.5  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  28.57 
 
 
376 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  24.55 
 
 
413 aa  74.7  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  25.8 
 
 
355 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  24 
 
 
376 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  26.12 
 
 
379 aa  72  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  27.32 
 
 
379 aa  70.9  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  25.14 
 
 
417 aa  67.8  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  23.91 
 
 
356 aa  66.6  0.0000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  26.39 
 
 
384 aa  64.7  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63574  predicted protein  27.73 
 
 
424 aa  64.3  0.000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  23.56 
 
 
376 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  25.94 
 
 
375 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  23.31 
 
 
406 aa  63.2  0.000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  26.56 
 
 
447 aa  62.4  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  27.31 
 
 
393 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  27.75 
 
 
393 aa  61.2  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  25.85 
 
 
419 aa  60.8  0.00000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  22.19 
 
 
378 aa  60.5  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  27.14 
 
 
359 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  28.11 
 
 
416 aa  60.1  0.00000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  28.11 
 
 
416 aa  60.1  0.00000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  26.7 
 
 
393 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  25.67 
 
 
380 aa  59.3  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  25.59 
 
 
364 aa  58.2  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_35359  predicted protein  25.31 
 
 
424 aa  58.2  0.0000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  28.32 
 
 
416 aa  58.5  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07140  conserved hypothetical protein  25.77 
 
 
414 aa  57.8  0.0000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.20152 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  25.81 
 
 
380 aa  57.8  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  26.12 
 
 
401 aa  56.2  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  27.74 
 
 
425 aa  55.8  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  27.3 
 
 
421 aa  54.7  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2659  amino acid aldolase or racemase-like protein  27.65 
 
 
426 aa  55.1  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4770  hypothetical protein  28.42 
 
 
423 aa  53.9  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  24.61 
 
 
393 aa  54.3  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  22.7 
 
 
378 aa  53.5  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2792  amino acid aldolase or racemase-like protein  27.27 
 
 
426 aa  53.1  0.000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0176  D-serine deaminase, putative  28.29 
 
 
421 aa  53.1  0.000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.783943  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>