181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2236 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  100 
 
 
381 aa  770    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  47.26 
 
 
383 aa  311  1e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  48.39 
 
 
383 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  49.61 
 
 
381 aa  302  5.000000000000001e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  46.54 
 
 
381 aa  296  4e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  40.6 
 
 
376 aa  266  4e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  40.87 
 
 
376 aa  263  4e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  41.71 
 
 
373 aa  246  4e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  43.21 
 
 
371 aa  238  1e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  36.26 
 
 
387 aa  238  2e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  37.95 
 
 
382 aa  237  3e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  37.33 
 
 
387 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  36.68 
 
 
387 aa  228  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  40.68 
 
 
396 aa  228  2e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  38.63 
 
 
372 aa  228  2e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  36.36 
 
 
388 aa  227  3e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  36.09 
 
 
383 aa  226  4e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  35.54 
 
 
384 aa  224  1e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  36.64 
 
 
387 aa  225  1e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  37.64 
 
 
387 aa  224  2e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  36.81 
 
 
392 aa  216  5e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  39.35 
 
 
372 aa  213  5.999999999999999e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  40.8 
 
 
400 aa  212  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  37.67 
 
 
380 aa  208  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  40.16 
 
 
392 aa  207  3e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  38.96 
 
 
382 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  40.59 
 
 
393 aa  182  1e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  41.38 
 
 
393 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  32.51 
 
 
362 aa  178  1e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  35.45 
 
 
372 aa  164  3e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  34.86 
 
 
349 aa  162  1e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  35.25 
 
 
349 aa  160  5e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  33.33 
 
 
359 aa  159  6e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  33.24 
 
 
355 aa  159  1e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  33.24 
 
 
355 aa  159  1e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  31.55 
 
 
371 aa  156  5.0000000000000005e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  32.97 
 
 
354 aa  156  7e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  35.15 
 
 
360 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  32.33 
 
 
352 aa  143  5e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  34.88 
 
 
360 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  31.06 
 
 
386 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  30.5 
 
 
366 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  30.33 
 
 
366 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  31.36 
 
 
396 aa  134  3e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  33.69 
 
 
360 aa  133  5e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  32.7 
 
 
356 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  33.96 
 
 
359 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  33.42 
 
 
359 aa  125  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  30.83 
 
 
374 aa  123  5e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  29.46 
 
 
351 aa  122  8e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  28.38 
 
 
368 aa  122  9.999999999999999e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  29.9 
 
 
386 aa  119  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  28.22 
 
 
366 aa  117  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  33.25 
 
 
360 aa  117  5e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  33.33 
 
 
380 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  28.37 
 
 
370 aa  114  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  32.54 
 
 
371 aa  114  4.0000000000000004e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  28.61 
 
 
379 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  29.02 
 
 
376 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  28.42 
 
 
375 aa  110  6e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  30.87 
 
 
378 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  27.86 
 
 
376 aa  106  7e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  27.52 
 
 
371 aa  104  3e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  27.97 
 
 
376 aa  102  8e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  32.58 
 
 
419 aa  102  9e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  28.57 
 
 
375 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  28.38 
 
 
380 aa  100  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  30.05 
 
 
393 aa  100  5e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  29.35 
 
 
368 aa  100  6e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  30.73 
 
 
393 aa  99.8  7e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  28.35 
 
 
376 aa  99.8  7e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  28.42 
 
 
378 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  27.32 
 
 
413 aa  97.4  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  28.45 
 
 
421 aa  96.7  6e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  29.12 
 
 
425 aa  96.3  8e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  30.31 
 
 
447 aa  95.9  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  28.34 
 
 
393 aa  94.7  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  27.49 
 
 
406 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  29.5 
 
 
383 aa  94  4e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  26.95 
 
 
371 aa  93.6  5e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  29.5 
 
 
355 aa  92.8  9e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  28.12 
 
 
382 aa  92  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  32.11 
 
 
411 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  27.08 
 
 
394 aa  90.1  6e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  30 
 
 
364 aa  89  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  33.74 
 
 
401 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  29.17 
 
 
384 aa  88.2  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0092  alanine racemase domain protein  29.67 
 
 
436 aa  88.2  2e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  27.06 
 
 
393 aa  87.8  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  31.03 
 
 
380 aa  87.4  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  30.71 
 
 
444 aa  86.7  6e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  26.28 
 
 
379 aa  86.3  7e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  29.51 
 
 
416 aa  86.3  8e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  29.51 
 
 
416 aa  86.3  8e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  27.2 
 
 
359 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  29.23 
 
 
416 aa  85.5  0.000000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  30.67 
 
 
409 aa  83.6  0.000000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0964  D-serine deaminase  24.46 
 
 
423 aa  77  0.0000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000714853  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  28.39 
 
 
432 aa  76.3  0.0000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  26.13 
 
 
444 aa  76.3  0.0000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0918503 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>