168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4887 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  100 
 
 		 382 aa  786    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  80.16 
 
 		 387 aa  644    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  77.37 
 
 		 387 aa  618  1e-176  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  77.63 
 
 		 387 aa  611  9.999999999999999e-175  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  74.67 
 
 		 387 aa  602  1.0000000000000001e-171  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  73.96 
 
 		 384 aa  590  1e-167  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  74.6 
 
 		 388 aa  590  1e-167  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  74.14 
 
 		 383 aa  587  1e-166  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  72.58 
 
 		 387 aa  583  1.0000000000000001e-165  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  71.02 
 
 		 392 aa  565  1e-160  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  65.22 
 
 		 373 aa  505  9.999999999999999e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  49.19 
 
 		 372 aa  359  4e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  46.17 
 
 		 371 aa  311  1e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  42.63 
 
 		 396 aa  293  4e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  43.75 
 
 		 382 aa  284  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  43.12 
 
 		 400 aa  283  3.0000000000000004e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  42.74 
 
 		 392 aa  279  6e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  40.87 
 
 		 380 aa  275  7e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  42.42 
 
 		 372 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  44.35 
 
 		 393 aa  259  4e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  44.24 
 
 		 393 aa  259  6e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  38.25 
 
 		 383 aa  239  6.999999999999999e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  37.95 
 
 		 381 aa  237  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  38.19 
 
 		 381 aa  219  5e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  35.91 
 
 		 383 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  33.7 
 
 		 371 aa  203  4e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  38.15 
 
 		 381 aa  202  9.999999999999999e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  34.06 
 
 		 362 aa  197  3e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  31.54 
 
 		 376 aa  190  4e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  31.54 
 
 		 376 aa  186  6e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  31.96 
 
 		 349 aa  176  4e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  33.25 
 
 		 366 aa  171  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  31.87 
 
 		 349 aa  170  4e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  32.98 
 
 		 366 aa  170  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  31.96 
 
 		 354 aa  168  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  32.07 
 
 		 352 aa  155  8e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  31.77 
 
 		 355 aa  148  2.0000000000000003e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  31.77 
 
 		 355 aa  148  2.0000000000000003e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  30.79 
 
 		 366 aa  145  9e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  30.39 
 
 		 359 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  29.38 
 
 		 372 aa  140  4.999999999999999e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  28.46 
 
 		 351 aa  139  1e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  30.19 
 
 		 356 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  30.87 
 
 		 360 aa  133  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  27.92 
 
 		 386 aa  130  4.0000000000000003e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  30.38 
 
 		 360 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  28.19 
 
 		 368 aa  124  2e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  28.85 
 
 		 386 aa  122  9.999999999999999e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  28.02 
 
 		 374 aa  117  3.9999999999999997e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  30.93 
 
 		 371 aa  115  1.0000000000000001e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  28.49 
 
 		 380 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  28.76 
 
 		 360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  25.91 
 
 		 393 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  26.56 
 
 		 378 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  30.14 
 
 		 359 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  28.8 
 
 		 360 aa  108  1e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  29.86 
 
 		 359 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  26.15 
 
 		 370 aa  105  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  24.8 
 
 		 393 aa  103  5e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  25.93 
 
 		 376 aa  103  7e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  26.06 
 
 		 375 aa  102  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  27.85 
 
 		 396 aa  102  1e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  25 
 
 		 378 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  26.86 
 
 		 384 aa  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  26.52 
 
 		 394 aa  102  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  25 
 
 		 375 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  26.19 
 
 		 382 aa  100  4e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  25.54 
 
 		 393 aa  100  5e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  24.8 
 
 		 376 aa  99.8  8e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  24.8 
 
 		 376 aa  99  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  25.19 
 
 		 379 aa  98.2  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  24.74 
 
 		 376 aa  95.5  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  26.8 
 
 		 383 aa  93.6  5e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  25.66 
 
 		 380 aa  93.6  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  24.66 
 
 		 371 aa  93.2  6e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  25.75 
 
 		 368 aa  92  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  25.4 
 
 		 371 aa  92.4  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1609  alanine racemase domain-containing protein  23.64 
 
 		 388 aa  90.9  4e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00354322  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  25 
 
 		 364 aa  89  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  24.46 
 
 		 406 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  24.43 
 
 		 399 aa  84.3  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  23.72 
 
 		 379 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  26.11 
 
 		 413 aa  83.2  0.000000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  26.77 
 
 		 447 aa  82.8  0.000000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  24.23 
 
 		 411 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  25 
 
 		 393 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  23.37 
 
 		 380 aa  82.4  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  25.43 
 
 		 421 aa  82.4  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  23.76 
 
 		 359 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  23.68 
 
 		 401 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  26.1 
 
 		 444 aa  79  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  25 
 
 		 417 aa  78.2  0.0000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  24.45 
 
 		 406 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  24.93 
 
 		 419 aa  75.9  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3106  alanine racemase domain protein  24.93 
 
 		 423 aa  75.9  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  23.77 
 
 		 416 aa  73.9  0.000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  23.77 
 
 		 416 aa  73.9  0.000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  23.41 
 
 		 355 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  24.51 
 
 		 425 aa  73.2  0.000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  23.65 
 
 		 416 aa  70.5  0.00000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>