140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2709 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  100 
 
 
376 aa  768    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  79.79 
 
 
376 aa  617  1e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  80.32 
 
 
376 aa  610  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  79.79 
 
 
376 aa  610  1e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  80.05 
 
 
375 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  80.78 
 
 
359 aa  587  1e-167  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  70.74 
 
 
380 aa  520  1e-146  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  70.32 
 
 
384 aa  516  1.0000000000000001e-145  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  65.51 
 
 
378 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  66.23 
 
 
379 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  64.44 
 
 
378 aa  501  1e-141  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  67.7 
 
 
355 aa  495  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  56.18 
 
 
380 aa  404  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  54.79 
 
 
379 aa  391  1e-108  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  52.77 
 
 
393 aa  373  1e-102  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  55.17 
 
 
383 aa  370  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  50 
 
 
380 aa  349  3e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  52.39 
 
 
393 aa  347  2e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  52.12 
 
 
393 aa  342  5e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  50.14 
 
 
364 aa  337  1.9999999999999998e-91  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1609  alanine racemase domain-containing protein  46.28 
 
 
388 aa  336  3.9999999999999995e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00354322  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2558  alanine racemase domain protein  49.2 
 
 
380 aa  335  5.999999999999999e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.442007  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  50.93 
 
 
382 aa  334  1e-90  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  50.53 
 
 
393 aa  311  1e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  34.28 
 
 
396 aa  159  7e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  32.08 
 
 
366 aa  157  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  32.58 
 
 
366 aa  155  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  30.89 
 
 
354 aa  147  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  31.62 
 
 
366 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  33.62 
 
 
349 aa  146  5e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  34.56 
 
 
371 aa  146  7.0000000000000006e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  30.77 
 
 
368 aa  145  9e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  34.56 
 
 
372 aa  144  3e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  35.06 
 
 
360 aa  139  6e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  31.08 
 
 
355 aa  139  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  31.08 
 
 
355 aa  139  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_35359  predicted protein  28.64 
 
 
424 aa  137  4e-31  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  31.91 
 
 
349 aa  135  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  28.12 
 
 
362 aa  132  1.0000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07140  conserved hypothetical protein  28.99 
 
 
414 aa  127  2.0000000000000002e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.20152 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  31.53 
 
 
360 aa  124  3e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  29.24 
 
 
359 aa  124  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  29.72 
 
 
386 aa  124  4e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63574  predicted protein  27.48 
 
 
424 aa  123  4e-27  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  28.69 
 
 
352 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00380  expressed protein  27.05 
 
 
419 aa  119  7e-26  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  28.05 
 
 
351 aa  115  8.999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  29.74 
 
 
381 aa  115  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  28.99 
 
 
360 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  30.94 
 
 
356 aa  112  9e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  28.99 
 
 
360 aa  112  9e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  30.16 
 
 
380 aa  108  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  28.32 
 
 
359 aa  107  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  27.86 
 
 
381 aa  106  7e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  26.82 
 
 
373 aa  102  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  27.53 
 
 
371 aa  102  2e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  29.52 
 
 
382 aa  100  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  24.47 
 
 
372 aa  99.4  8e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  26.89 
 
 
376 aa  97.4  3e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  24.87 
 
 
387 aa  95.9  9e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  24.74 
 
 
382 aa  95.5  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  29.59 
 
 
359 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  27.13 
 
 
387 aa  94.4  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  28.93 
 
 
371 aa  94  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.92 
 
 
387 aa  93.2  6e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  30.79 
 
 
383 aa  93.2  6e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  25.56 
 
 
376 aa  92.8  9e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  24.87 
 
 
387 aa  91.3  3e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  28.19 
 
 
368 aa  90.9  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  25.91 
 
 
388 aa  90.5  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  25.39 
 
 
387 aa  90.1  6e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  27.34 
 
 
392 aa  89.7  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  27.25 
 
 
380 aa  85.5  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  24.61 
 
 
384 aa  85.1  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  24.35 
 
 
383 aa  84.3  0.000000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  28.13 
 
 
392 aa  83.6  0.000000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  27.99 
 
 
386 aa  79.7  0.00000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  28.53 
 
 
381 aa  75.5  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  27.32 
 
 
396 aa  75.5  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  31.18 
 
 
372 aa  75.1  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  28.12 
 
 
383 aa  75.5  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  24.53 
 
 
370 aa  74.3  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  31.68 
 
 
413 aa  73.6  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4307  alanine racemase domain protein  31.43 
 
 
425 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.438666  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  32.67 
 
 
400 aa  71.6  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  24 
 
 
374 aa  71.6  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4197  putative D-serine deaminase (D-serine dehydratase) protein  31.43 
 
 
425 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0845  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  31.02 
 
 
424 aa  71.2  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  23.14 
 
 
375 aa  68.6  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  29.67 
 
 
393 aa  67.4  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  24.73 
 
 
371 aa  67.4  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  30 
 
 
422 aa  67  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1185  D-serine deaminase  31.58 
 
 
425 aa  66.6  0.0000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.867935 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  30.68 
 
 
393 aa  65.9  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0672  hypothetical protein  27.27 
 
 
426 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0656  hypothetical protein  27.27 
 
 
426 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17386  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0544  D-serine deaminase  28.77 
 
 
426 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  24.32 
 
 
401 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  30.5 
 
 
426 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0364  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  27.97 
 
 
425 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>