147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4817 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  100 
 
 
380 aa  780    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  64.83 
 
 
379 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  57.85 
 
 
384 aa  423  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  56.61 
 
 
378 aa  418  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  57.91 
 
 
376 aa  419  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  57.11 
 
 
379 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  57.1 
 
 
376 aa  414  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  56.61 
 
 
378 aa  408  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  57.07 
 
 
375 aa  411  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  57.22 
 
 
393 aa  410  1e-113  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  56.8 
 
 
376 aa  411  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  58.02 
 
 
380 aa  405  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  56.18 
 
 
376 aa  404  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  57.5 
 
 
359 aa  397  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  56.38 
 
 
393 aa  390  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  57.26 
 
 
355 aa  388  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  54.33 
 
 
383 aa  377  1e-103  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  55.59 
 
 
393 aa  369  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  54.72 
 
 
382 aa  367  1e-100  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  54.07 
 
 
393 aa  355  8.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  49.34 
 
 
380 aa  352  7e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  52.7 
 
 
364 aa  350  2e-95  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2558  alanine racemase domain protein  49.08 
 
 
380 aa  341  1e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.442007  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1609  alanine racemase domain-containing protein  43.73 
 
 
388 aa  322  8e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00354322  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  35.13 
 
 
366 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  36.16 
 
 
371 aa  160  2e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  36.61 
 
 
372 aa  159  1e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  33.68 
 
 
396 aa  159  1e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  34.08 
 
 
366 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  33.43 
 
 
366 aa  149  8e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  36.41 
 
 
360 aa  146  7.0000000000000006e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  33.9 
 
 
360 aa  140  3.9999999999999997e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00380  expressed protein  30.52 
 
 
419 aa  140  4.999999999999999e-32  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  31.41 
 
 
386 aa  139  6e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  32.5 
 
 
349 aa  138  1e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63574  predicted protein  29.48 
 
 
424 aa  134  3.9999999999999996e-30  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07140  conserved hypothetical protein  28.16 
 
 
414 aa  130  4.0000000000000003e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.20152 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  30.75 
 
 
354 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  29.4 
 
 
349 aa  126  6e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  31.08 
 
 
380 aa  124  2e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  28.26 
 
 
368 aa  124  4e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  31.12 
 
 
355 aa  123  6e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  30.48 
 
 
351 aa  123  6e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  31.12 
 
 
355 aa  123  6e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  30.08 
 
 
387 aa  122  7e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_35359  predicted protein  28.68 
 
 
424 aa  122  9.999999999999999e-27  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  29.36 
 
 
387 aa  120  3.9999999999999996e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  30.96 
 
 
387 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  30 
 
 
388 aa  117  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  30.03 
 
 
352 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  27.76 
 
 
362 aa  114  2.0000000000000002e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  29.13 
 
 
387 aa  114  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  29.72 
 
 
387 aa  113  5e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  29.17 
 
 
384 aa  113  6e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  28.49 
 
 
382 aa  112  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  29.17 
 
 
383 aa  112  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  28.78 
 
 
359 aa  110  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  29.74 
 
 
360 aa  110  6e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  30.11 
 
 
380 aa  109  7.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  27.91 
 
 
373 aa  105  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  28.65 
 
 
392 aa  104  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  29.4 
 
 
360 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  29.43 
 
 
382 aa  103  7e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  32.08 
 
 
381 aa  103  7e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  29.55 
 
 
359 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  30.75 
 
 
392 aa  101  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  29.55 
 
 
356 aa  100  3e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  28.38 
 
 
381 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  28.08 
 
 
371 aa  97.8  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  30.79 
 
 
393 aa  98.6  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  27.5 
 
 
371 aa  96.3  8e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  25.83 
 
 
372 aa  94.4  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  30.56 
 
 
359 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  30.23 
 
 
393 aa  94  4e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  26.39 
 
 
381 aa  93.2  6e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  28.92 
 
 
383 aa  90.9  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  28.43 
 
 
400 aa  88.2  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  25.17 
 
 
376 aa  84.7  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  24.83 
 
 
376 aa  84.7  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  26.99 
 
 
372 aa  85.1  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  27.03 
 
 
396 aa  84.3  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  25.46 
 
 
375 aa  82.8  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  28.5 
 
 
386 aa  81.3  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  22.25 
 
 
371 aa  79.7  0.00000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  25.07 
 
 
383 aa  76.6  0.0000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  26.54 
 
 
374 aa  75.5  0.000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  26.43 
 
 
394 aa  74.3  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  25.8 
 
 
371 aa  71.2  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  25.63 
 
 
368 aa  69.7  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  25.63 
 
 
370 aa  66.6  0.0000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  31 
 
 
422 aa  64.7  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  30.73 
 
 
426 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  30.73 
 
 
426 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  27.8 
 
 
411 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  32.39 
 
 
426 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  31.69 
 
 
426 aa  62  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  30.8 
 
 
419 aa  62  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  30.99 
 
 
425 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11442  hypothetical protein  34.71 
 
 
171 aa  60.8  0.00000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.491 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0364  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  30.64 
 
 
425 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>