136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2781 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  100 
 
 		 411 aa  843    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  91.02 
 
 		 401 aa  758    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  76.3 
 
 		 406 aa  644    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0093  hypothetical protein  54.39 
 
 		 404 aa  419  1e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0364  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  50 
 
 		 425 aa  390  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2659  amino acid aldolase or racemase-like protein  52.16 
 
 		 426 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1185  D-serine deaminase  50.13 
 
 		 425 aa  379  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.867935 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0544  D-serine deaminase  51.15 
 
 		 426 aa  381  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  50.64 
 
 		 426 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2792  amino acid aldolase or racemase-like protein  52.16 
 
 		 426 aa  381  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  50.64 
 
 		 426 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  51.65 
 
 		 426 aa  381  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  50.9 
 
 		 426 aa  381  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  50.77 
 
 		 426 aa  375  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0656  hypothetical protein  50.38 
 
 		 426 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17386  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0672  hypothetical protein  50.13 
 
 		 426 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0834  D-serine deaminase  50.13 
 
 		 426 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  48.34 
 
 		 425 aa  373  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4307  alanine racemase domain protein  49 
 
 		 425 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.438666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4197  putative D-serine deaminase (D-serine dehydratase) protein  49 
 
 		 425 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  48.59 
 
 		 425 aa  374  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0176  D-serine deaminase, putative  50.26 
 
 		 421 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.783943  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2772  hypothetical protein  50.26 
 
 		 421 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2307  hypothetical protein  50.26 
 
 		 421 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2387  hypothetical protein  50.26 
 
 		 421 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0845  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  49.25 
 
 		 424 aa  367  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  48.37 
 
 		 422 aa  362  5.0000000000000005e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  45.52 
 
 		 413 aa  350  4e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4770  hypothetical protein  48.24 
 
 		 423 aa  337  2.9999999999999997e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  45.82 
 
 		 406 aa  313  4.999999999999999e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  40.29 
 
 		 432 aa  273  6e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1219  alanine racemase domain protein  41.88 
 
 		 437 aa  264  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  40.97 
 
 		 444 aa  262  8e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  40.55 
 
 		 427 aa  261  1e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0929  D-serine deaminase  38.33 
 
 		 432 aa  259  8e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.560521  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0577  alanine racemase domain protein  40.1 
 
 		 417 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.757715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0964  D-serine deaminase  37.47 
 
 		 423 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000714853  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5480  alanine racemase domain protein  41.55 
 
 		 429 aa  244  1.9999999999999999e-63  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  41.34 
 
 		 409 aa  241  1e-62  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  39.36 
 
 		 419 aa  240  2.9999999999999997e-62  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06355  D-serine deaminase  47.55 
 
 		 259 aa  240  2.9999999999999997e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1553  hypothetical protein  40.61 
 
 		 369 aa  238  1e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2485  alanine racemase domain protein  39.65 
 
 		 418 aa  236  5.0000000000000005e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1425  amino acid aldolase or racemase-like protein  38.66 
 
 		 425 aa  236  5.0000000000000005e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.776677  normal  0.0200749 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  39.95 
 
 		 425 aa  232  1e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  38.22 
 
 		 421 aa  231  2e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3106  alanine racemase domain protein  37.28 
 
 		 423 aa  228  1e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2432  hypothetical protein  40.62 
 
 		 405 aa  224  3e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000194149  hitchhiker  0.00860577 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  38.4 
 
 		 416 aa  217  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  38.4 
 
 		 416 aa  217  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0092  alanine racemase domain protein  40.37 
 
 		 436 aa  216  5e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  38.66 
 
 		 416 aa  215  9e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  36.44 
 
 		 417 aa  215  9.999999999999999e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  37.63 
 
 		 379 aa  211  3e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  36.41 
 
 		 444 aa  207  4e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08300  predicted amino acid aldolase or racemase  36.24 
 
 		 457 aa  199  1.0000000000000001e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.711035  normal  0.0558619 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  35.51 
 
 		 447 aa  195  1e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  35.49 
 
 		 399 aa  181  2e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2983  D-amino acid deaminase  35.86 
 
 		 414 aa  146  7.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.644238  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6379  hypothetical protein  33.41 
 
 		 436 aa  140  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.619709  normal  0.462883 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06354  D-serine deaminase  47.17 
 
 		 148 aa  114  3e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  32.1 
 
 		 383 aa  107  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  28.83 
 
 		 396 aa  103  5e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  25.4 
 
 		 380 aa  97.8  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  27.12 
 
 		 388 aa  94.7  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  30.96 
 
 		 371 aa  93.6  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  21.87 
 
 		 362 aa  93.6  6e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  32.11 
 
 		 381 aa  91.3  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  27.12 
 
 		 366 aa  86.7  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  26.46 
 
 		 387 aa  85.9  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.2 
 
 		 387 aa  85.5  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  26.8 
 
 		 366 aa  84.3  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  26.89 
 
 		 366 aa  84.3  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  24.23 
 
 		 382 aa  82.4  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  25.97 
 
 		 352 aa  82  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.67 
 
 		 387 aa  80.9  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  25.07 
 
 		 378 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  26.49 
 
 		 372 aa  78.6  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  26.32 
 
 		 376 aa  77.8  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  25.81 
 
 		 387 aa  77.4  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.2 
 
 		 387 aa  76.6  0.0000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  23.08 
 
 		 359 aa  76.6  0.0000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  26.02 
 
 		 376 aa  75.5  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  25.32 
 
 		 372 aa  75.1  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  24.53 
 
 		 383 aa  74.3  0.000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  24.53 
 
 		 384 aa  74.7  0.000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  22.53 
 
 		 372 aa  74.3  0.000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  25.86 
 
 		 396 aa  73.9  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  27.22 
 
 		 349 aa  73.9  0.000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  24.93 
 
 		 375 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  26.05 
 
 		 392 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  24.17 
 
 		 351 aa  71.6  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  24.18 
 
 		 373 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  28.33 
 
 		 400 aa  71.2  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  29.97 
 
 		 381 aa  70.9  0.00000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  28.4 
 
 		 349 aa  70.1  0.00000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  21.61 
 
 		 355 aa  69.3  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  23.56 
 
 		 376 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  21.61 
 
 		 355 aa  69.3  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  23.84 
 
 		 370 aa  68.6  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>