155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_0501 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  96.69 
 
 
393 aa  683    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  100 
 
 
393 aa  782    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  80.15 
 
 
392 aa  603  1.0000000000000001e-171  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  65.54 
 
 
400 aa  471  1.0000000000000001e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  61.01 
 
 
396 aa  469  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  57.56 
 
 
372 aa  382  1e-105  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  51.59 
 
 
371 aa  326  5e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  44.44 
 
 
373 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  45.85 
 
 
387 aa  298  9e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  45.31 
 
 
382 aa  291  1e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  44.65 
 
 
388 aa  284  2.0000000000000002e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  44.65 
 
 
387 aa  282  6.000000000000001e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  43.16 
 
 
387 aa  282  8.000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  44.21 
 
 
387 aa  281  1e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  41.3 
 
 
383 aa  280  3e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  45.41 
 
 
372 aa  280  5e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  45.53 
 
 
392 aa  279  8e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  40.78 
 
 
384 aa  277  2e-73  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  46.26 
 
 
380 aa  276  3e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  42.78 
 
 
387 aa  265  7e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  47.49 
 
 
382 aa  262  8e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  41.4 
 
 
381 aa  214  2.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  41.13 
 
 
383 aa  213  4.9999999999999996e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  39.36 
 
 
383 aa  210  3e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  39.09 
 
 
381 aa  193  5e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  42.9 
 
 
381 aa  192  1e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  33.94 
 
 
371 aa  178  1e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  35.17 
 
 
349 aa  169  1e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  32.64 
 
 
376 aa  164  3e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  31.05 
 
 
376 aa  163  6e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  35.43 
 
 
349 aa  163  6e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  30.63 
 
 
362 aa  155  1e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  32.99 
 
 
366 aa  150  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  34.03 
 
 
366 aa  150  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  36.26 
 
 
372 aa  142  9.999999999999999e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  36.44 
 
 
356 aa  133  6e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  29.14 
 
 
366 aa  129  9.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  34.32 
 
 
386 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  30.62 
 
 
368 aa  127  3e-28  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  32.68 
 
 
374 aa  127  5e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  32.69 
 
 
352 aa  125  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  30.62 
 
 
351 aa  123  4e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  30.05 
 
 
354 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  34.53 
 
 
380 aa  119  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  33.04 
 
 
360 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  33.62 
 
 
360 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  29.66 
 
 
359 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  33.09 
 
 
386 aa  114  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  30.06 
 
 
355 aa  114  4.0000000000000004e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  30.06 
 
 
355 aa  114  4.0000000000000004e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  33.99 
 
 
359 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  30.51 
 
 
368 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  35.23 
 
 
360 aa  105  1e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  29.16 
 
 
370 aa  103  7e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  26.29 
 
 
375 aa  98.6  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  30.77 
 
 
360 aa  98.2  3e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  32.87 
 
 
371 aa  96.7  7e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  32.68 
 
 
384 aa  95.5  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  29.35 
 
 
394 aa  95.1  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  33.61 
 
 
359 aa  94  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  25.28 
 
 
371 aa  93.6  6e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  31.45 
 
 
371 aa  92  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  28.91 
 
 
396 aa  88.2  2e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  31.42 
 
 
382 aa  87.8  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  28.34 
 
 
378 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  27.79 
 
 
378 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  26.29 
 
 
393 aa  84.3  0.000000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  31.71 
 
 
376 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  30.23 
 
 
425 aa  82.8  0.000000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  31.73 
 
 
379 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  31.62 
 
 
376 aa  81.3  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  32.67 
 
 
375 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  33.2 
 
 
380 aa  79.3  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  28.4 
 
 
376 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  31.87 
 
 
376 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  26.49 
 
 
379 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  27.08 
 
 
411 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0092  alanine racemase domain protein  29.08 
 
 
436 aa  73.2  0.000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  27.18 
 
 
401 aa  72.8  0.000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  26.69 
 
 
399 aa  72.4  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  29.18 
 
 
416 aa  71.2  0.00000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  29.18 
 
 
416 aa  71.2  0.00000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  28.81 
 
 
380 aa  71.2  0.00000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  28.1 
 
 
444 aa  70.9  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  29.17 
 
 
416 aa  70.5  0.00000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  29.27 
 
 
393 aa  68.9  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  25.88 
 
 
406 aa  68.9  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  28.67 
 
 
379 aa  68.9  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  26.75 
 
 
417 aa  67  0.0000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  30.13 
 
 
383 aa  67  0.0000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  24.25 
 
 
425 aa  66.2  0.0000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  28.25 
 
 
393 aa  66.2  0.0000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  30.9 
 
 
359 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  23.51 
 
 
425 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  29.63 
 
 
409 aa  63.9  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  26.92 
 
 
426 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  26.92 
 
 
426 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  27.35 
 
 
426 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  26.35 
 
 
432 aa  63.9  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  28.16 
 
 
406 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>