113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0462 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  100 
 
 		 393 aa  782    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  75.06 
 
 		 393 aa  550  1e-155  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  77.48 
 
 		 393 aa  535  1e-151  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  60.25 
 
 		 393 aa  454  1.0000000000000001e-126  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  56.38 
 
 		 379 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  60.42 
 
 		 382 aa  402  1e-111  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  57.94 
 
 		 383 aa  396  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  54.07 
 
 		 380 aa  379  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  54.35 
 
 		 376 aa  373  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  53.48 
 
 		 376 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  54.23 
 
 		 375 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  53.7 
 
 		 376 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  51.33 
 
 		 380 aa  367  1e-100  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  51.18 
 
 		 379 aa  363  2e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  53.37 
 
 		 364 aa  361  1e-98  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  52.12 
 
 		 376 aa  359  4e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  54.08 
 
 		 359 aa  359  5e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  51.99 
 
 		 378 aa  358  7e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  51.05 
 
 		 384 aa  355  5.999999999999999e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2558  alanine racemase domain protein  51.33 
 
 		 380 aa  355  8.999999999999999e-97  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.442007  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  50.4 
 
 		 378 aa  354  2e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  52.12 
 
 		 380 aa  352  5.9999999999999994e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1609  alanine racemase domain-containing protein  46.92 
 
 		 388 aa  338  8e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00354322  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  49.72 
 
 		 355 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  34.29 
 
 		 396 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  36.07 
 
 		 372 aa  153  5e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  36.57 
 
 		 360 aa  150  3e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  34.38 
 
 		 360 aa  149  1.0000000000000001e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  35.26 
 
 		 371 aa  148  2.0000000000000003e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  32.78 
 
 		 366 aa  145  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  30.93 
 
 		 366 aa  138  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  31.59 
 
 		 366 aa  134  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_35359  predicted protein  27.23 
 
 		 424 aa  131  2.0000000000000002e-29  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63574  predicted protein  27.92 
 
 		 424 aa  131  2.0000000000000002e-29  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07140  conserved hypothetical protein  27.9 
 
 		 414 aa  129  9.000000000000001e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.20152 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00380  expressed protein  27.87 
 
 		 419 aa  120  3e-26  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  30.06 
 
 		 386 aa  120  3e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  30.48 
 
 		 349 aa  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  29.67 
 
 		 354 aa  114  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  31.35 
 
 		 380 aa  108  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  29.1 
 
 		 349 aa  107  3e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  29.92 
 
 		 355 aa  105  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  27.92 
 
 		 359 aa  105  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  29.92 
 
 		 355 aa  105  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  27.73 
 
 		 351 aa  104  3e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  26.65 
 
 		 372 aa  103  5e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  26.92 
 
 		 368 aa  100  4e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  25.79 
 
 		 362 aa  100  4e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  28.29 
 
 		 360 aa  99.4  9e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  24.67 
 
 		 376 aa  99  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  27.66 
 
 		 381 aa  97.4  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  27.43 
 
 		 360 aa  97.1  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  24.14 
 
 		 376 aa  95.9  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  28.42 
 
 		 352 aa  95.9  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  27.06 
 
 		 381 aa  92.8  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  28.39 
 
 		 387 aa  90.9  4e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  26.58 
 
 		 387 aa  90.5  5e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  29.31 
 
 		 380 aa  88.2  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  27.86 
 
 		 387 aa  85.5  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  29.28 
 
 		 359 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  25.76 
 
 		 382 aa  84.7  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  25.07 
 
 		 371 aa  84.7  0.000000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  27.03 
 
 		 383 aa  82  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  26.68 
 
 		 384 aa  80.9  0.00000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  29.37 
 
 		 383 aa  80.1  0.00000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.52 
 
 		 387 aa  79.7  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  28.54 
 
 		 371 aa  78.6  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  26.49 
 
 		 373 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  28.41 
 
 		 359 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  25.9 
 
 		 392 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  26.21 
 
 		 387 aa  75.5  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  33.47 
 
 		 392 aa  74.7  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  29.08 
 
 		 386 aa  74.3  0.000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  24.74 
 
 		 368 aa  73.9  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  27.54 
 
 		 381 aa  73.2  0.000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  22.46 
 
 		 371 aa  73.2  0.000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  24.22 
 
 		 375 aa  72.8  0.000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  25.7 
 
 		 388 aa  71.6  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  27.18 
 
 		 382 aa  70.1  0.00000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  28.69 
 
 		 356 aa  68.9  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  25.95 
 
 		 370 aa  67.8  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  23.86 
 
 		 371 aa  66.6  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  26.67 
 
 		 372 aa  66.6  0.0000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  28.27 
 
 		 396 aa  59.7  0.00000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  28.73 
 
 		 393 aa  59.7  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  26.7 
 
 		 374 aa  58.9  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  29.59 
 
 		 400 aa  56.6  0.0000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  26.4 
 
 		 383 aa  56.2  0.0000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11442  hypothetical protein  34.16 
 
 		 171 aa  55.1  0.000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.491 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11443  hypothetical protein  34.33 
 
 		 133 aa  55.5  0.000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.483884 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  26.34 
 
 		 426 aa  52.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  26.34 
 
 		 426 aa  52.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  26.34 
 
 		 426 aa  52.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  28.18 
 
 		 393 aa  52.4  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0845  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  26.24 
 
 		 424 aa  50.1  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  26.28 
 
 		 426 aa  50.1  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  24.87 
 
 		 394 aa  48.9  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  25.19 
 
 		 426 aa  49.3  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  25.64 
 
 		 422 aa  47.8  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  22.84 
 
 		 444 aa  47.4  0.0005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0918503 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>