131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0845 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4307  alanine racemase domain protein  72.47 
 
 
425 aa  639    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.438666  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0845  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  100 
 
 
424 aa  853    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4197  putative D-serine deaminase (D-serine dehydratase) protein  72.47 
 
 
425 aa  639    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1185  D-serine deaminase  73.25 
 
 
425 aa  624  1e-177  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.867935 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  63.86 
 
 
422 aa  553  1e-156  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4770  hypothetical protein  62.8 
 
 
423 aa  522  1e-147  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0672  hypothetical protein  63.31 
 
 
426 aa  523  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0364  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  61.54 
 
 
425 aa  522  1e-147  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0834  D-serine deaminase  63.07 
 
 
426 aa  520  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0544  D-serine deaminase  62.35 
 
 
426 aa  518  1e-146  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0656  hypothetical protein  63.07 
 
 
426 aa  520  1e-146  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17386  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0176  D-serine deaminase, putative  62.83 
 
 
421 aa  510  1e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.783943  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  60.34 
 
 
425 aa  509  1e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2772  hypothetical protein  62.83 
 
 
421 aa  510  1e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2307  hypothetical protein  62.83 
 
 
421 aa  510  1e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2387  hypothetical protein  62.83 
 
 
421 aa  510  1e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  61.15 
 
 
426 aa  508  1e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  60.34 
 
 
425 aa  509  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  60.67 
 
 
426 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  61.15 
 
 
426 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  61.15 
 
 
426 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  61.15 
 
 
426 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2792  amino acid aldolase or racemase-like protein  60.43 
 
 
426 aa  502  1e-141  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2659  amino acid aldolase or racemase-like protein  60.43 
 
 
426 aa  503  1e-141  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  49.25 
 
 
411 aa  367  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  50 
 
 
401 aa  364  2e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  49.5 
 
 
406 aa  360  3e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  47.83 
 
 
413 aa  353  2.9999999999999997e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0093  hypothetical protein  49.1 
 
 
404 aa  353  4e-96  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  44.25 
 
 
406 aa  306  7e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  41.77 
 
 
444 aa  277  3e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1219  alanine racemase domain protein  41.53 
 
 
437 aa  272  7e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0929  D-serine deaminase  37.74 
 
 
432 aa  267  2e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.560521  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  42.48 
 
 
427 aa  268  2e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  38.57 
 
 
432 aa  266  7e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0964  D-serine deaminase  38.59 
 
 
423 aa  265  1e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000714853  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1425  amino acid aldolase or racemase-like protein  38.46 
 
 
425 aa  245  9.999999999999999e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.776677  normal  0.0200749 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5480  alanine racemase domain protein  42.53 
 
 
429 aa  238  1e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0577  alanine racemase domain protein  40.67 
 
 
417 aa  238  2e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.757715  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  38.46 
 
 
416 aa  229  5e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  38.46 
 
 
416 aa  229  5e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  38.24 
 
 
416 aa  226  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2485  alanine racemase domain protein  37.09 
 
 
418 aa  226  6e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1553  hypothetical protein  40.05 
 
 
369 aa  220  3.9999999999999997e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  38.04 
 
 
425 aa  211  1e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  37.63 
 
 
421 aa  210  5e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  38.24 
 
 
409 aa  208  1e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08300  predicted amino acid aldolase or racemase  37.09 
 
 
457 aa  206  6e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.711035  normal  0.0558619 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3106  alanine racemase domain protein  34.16 
 
 
423 aa  206  7e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06355  D-serine deaminase  42.64 
 
 
259 aa  200  3e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  36.05 
 
 
417 aa  199  7e-50  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  36.73 
 
 
419 aa  196  6e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  37.38 
 
 
444 aa  193  5e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  35.16 
 
 
399 aa  181  2e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0092  alanine racemase domain protein  36.45 
 
 
436 aa  180  2.9999999999999997e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  37.66 
 
 
379 aa  180  4e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2432  hypothetical protein  36.63 
 
 
405 aa  180  4.999999999999999e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000194149  hitchhiker  0.00860577 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  35.6 
 
 
447 aa  175  1.9999999999999998e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2983  D-amino acid deaminase  33.33 
 
 
414 aa  132  1.0000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.644238  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06354  D-serine deaminase  50.91 
 
 
148 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6379  hypothetical protein  31.87 
 
 
436 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.619709  normal  0.462883 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  23.8 
 
 
368 aa  86.3  9e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  24.55 
 
 
354 aa  84.3  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  27.89 
 
 
396 aa  83.6  0.000000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  26.6 
 
 
380 aa  77  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  34.09 
 
 
376 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  33.71 
 
 
376 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  32.96 
 
 
375 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  28.73 
 
 
381 aa  73.2  0.000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  23.12 
 
 
366 aa  72.8  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  22.7 
 
 
375 aa  72.8  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  25.54 
 
 
371 aa  72.4  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  30.59 
 
 
372 aa  71.6  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  23.39 
 
 
366 aa  72  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  31.02 
 
 
376 aa  71.2  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  22.83 
 
 
376 aa  70.5  0.00000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  22.83 
 
 
376 aa  70.1  0.00000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  31.15 
 
 
376 aa  70.1  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  23.58 
 
 
355 aa  69.7  0.00000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  23.58 
 
 
355 aa  69.7  0.00000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  26.17 
 
 
352 aa  69.3  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  26.48 
 
 
362 aa  68.6  0.0000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  31.9 
 
 
379 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  22.1 
 
 
366 aa  65.1  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  23.92 
 
 
359 aa  65.5  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  25.5 
 
 
349 aa  65.1  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  30.99 
 
 
359 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  27.3 
 
 
383 aa  64.7  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  33.9 
 
 
380 aa  64.3  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  37.63 
 
 
360 aa  61.6  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  26.58 
 
 
396 aa  62.4  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  31.03 
 
 
384 aa  61.6  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  37.89 
 
 
360 aa  60.8  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  28.24 
 
 
378 aa  60.5  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  29.71 
 
 
379 aa  59.7  0.00000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  24.53 
 
 
371 aa  59.7  0.00000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  31.21 
 
 
380 aa  59.3  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  22.7 
 
 
388 aa  59.3  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  25 
 
 
387 aa  59.7  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  23.64 
 
 
383 aa  58.5  0.0000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>