93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_2558 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2252  alanine racemase domain protein  90.79 
 
 		 380 aa  692    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0726647  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2558  alanine racemase domain protein  100 
 
 		 380 aa  785    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.442007  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1609  alanine racemase domain-containing protein  53.23 
 
 		 388 aa  409  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00354322  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  53.48 
 
 		 379 aa  397  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  51.33 
 
 		 393 aa  385  1e-106  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  51.33 
 
 		 393 aa  364  1e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  49.08 
 
 		 380 aa  362  7.0000000000000005e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  50.13 
 
 		 393 aa  360  2e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2565  alanine racemase domain protein  52.28 
 
 		 364 aa  360  3e-98  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  49.47 
 
 		 379 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1147  alanine racemase domain protein  52.7 
 
 		 382 aa  355  5e-97  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  49.47 
 
 		 384 aa  355  6.999999999999999e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  53.33 
 
 		 383 aa  354  1e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  49.2 
 
 		 376 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  49.74 
 
 		 380 aa  351  8.999999999999999e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  49.47 
 
 		 375 aa  350  3e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  49.2 
 
 		 376 aa  349  4e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2554  alanine racemase-like  49.86 
 
 		 359 aa  346  5e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.686236 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  47.88 
 
 		 378 aa  342  7e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  47.86 
 
 		 376 aa  338  7e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  47.47 
 
 		 378 aa  338  8e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  49.2 
 
 		 393 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  47.86 
 
 		 376 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  49.01 
 
 		 355 aa  333  2e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_35359  predicted protein  28.68 
 
 		 424 aa  161  1e-38  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  32.72 
 
 		 396 aa  152  1e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63574  predicted protein  30.65 
 
 		 424 aa  152  1e-35  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07140  conserved hypothetical protein  29.74 
 
 		 414 aa  150  5e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.20152 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  31.73 
 
 		 372 aa  150  5e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  31.71 
 
 		 360 aa  141  1.9999999999999998e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  31.64 
 
 		 371 aa  139  1e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  30.43 
 
 		 386 aa  127  3e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00380  expressed protein  27.25 
 
 		 419 aa  125  1e-27  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  27.9 
 
 		 366 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  30.19 
 
 		 366 aa  124  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  30.17 
 
 		 360 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  29.69 
 
 		 359 aa  116  6.9999999999999995e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  28.73 
 
 		 366 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  27.87 
 
 		 354 aa  110  5e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  28.8 
 
 		 380 aa  106  7e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  27.93 
 
 		 355 aa  104  3e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  27.93 
 
 		 355 aa  104  3e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  28.49 
 
 		 360 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  25.42 
 
 		 368 aa  99.4  9e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  27.75 
 
 		 351 aa  99.4  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  23.45 
 
 		 362 aa  97.8  3e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  25.27 
 
 		 372 aa  95.5  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  27.62 
 
 		 360 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  26.54 
 
 		 349 aa  95.1  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  26.2 
 
 		 349 aa  94.4  3e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  26.74 
 
 		 352 aa  90.1  6e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal  1 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  27.58 
 
 		 371 aa  88.6  2e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  28.03 
 
 		 359 aa  87  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  22.79 
 
 		 387 aa  85.9  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  24.83 
 
 		 376 aa  85.1  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  23.08 
 
 		 387 aa  84  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  23.53 
 
 		 387 aa  82.4  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  22.99 
 
 		 382 aa  82  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  24.21 
 
 		 376 aa  80.9  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  23.56 
 
 		 387 aa  80.5  0.00000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  22.64 
 
 		 388 aa  80.5  0.00000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  30.71 
 
 		 396 aa  78.2  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  25.75 
 
 		 368 aa  77.8  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  29.36 
 
 		 359 aa  77  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  22.16 
 
 		 384 aa  76.3  0.0000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  22.87 
 
 		 392 aa  76.3  0.0000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  22.16 
 
 		 383 aa  76.3  0.0000000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  22.93 
 
 		 387 aa  75.9  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  23.82 
 
 		 381 aa  75.5  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  27.6 
 
 		 356 aa  75.5  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  22.92 
 
 		 375 aa  73.6  0.000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.07 
 
 		 371 aa  72.4  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  24.93 
 
 		 371 aa  71.6  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  23.4 
 
 		 373 aa  70.5  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  26.1 
 
 		 381 aa  70.1  0.00000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  21.83 
 
 		 371 aa  67.8  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  26.88 
 
 		 392 aa  67.8  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  25.07 
 
 		 382 aa  66.2  0.0000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  28.38 
 
 		 383 aa  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  24.86 
 
 		 372 aa  65.9  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  28.43 
 
 		 381 aa  64.3  0.000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  28.57 
 
 		 400 aa  63.2  0.000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  24.05 
 
 		 380 aa  62.4  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  25.35 
 
 		 374 aa  60.5  0.00000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  27.22 
 
 		 393 aa  59.7  0.00000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  25.41 
 
 		 393 aa  55.5  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  28.4 
 
 		 383 aa  54.7  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  29.5 
 
 		 386 aa  51.6  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11443  hypothetical protein  28.93 
 
 		 133 aa  49.3  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.483884 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1219  alanine racemase domain protein  26.06 
 
 		 437 aa  47  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  21.92 
 
 		 370 aa  46.6  0.0007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  25.58 
 
 		 444 aa  45.1  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  26.6 
 
 		 401 aa  43.1  0.007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>