163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4362 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  100 
 
 
380 aa  767    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  53.81 
 
 
382 aa  352  7e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  51.37 
 
 
371 aa  336  2.9999999999999997e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  46.05 
 
 
372 aa  317  3e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  46.79 
 
 
372 aa  293  4e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  41.87 
 
 
387 aa  288  9e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  41.07 
 
 
387 aa  285  1.0000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  42.39 
 
 
373 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  43.05 
 
 
387 aa  284  2.0000000000000002e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  41.87 
 
 
387 aa  281  2e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  41.65 
 
 
387 aa  281  2e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  41.11 
 
 
384 aa  278  1e-73  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  40.87 
 
 
382 aa  277  2e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  40.85 
 
 
383 aa  276  5e-73  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  42.13 
 
 
388 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  44.17 
 
 
392 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  41.1 
 
 
396 aa  260  2e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  45.15 
 
 
393 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  45.15 
 
 
393 aa  253  5.000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  42.58 
 
 
392 aa  249  5e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  41.95 
 
 
400 aa  247  2e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  38.21 
 
 
383 aa  218  2e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  34.43 
 
 
376 aa  214  1.9999999999999998e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  37.64 
 
 
349 aa  214  1.9999999999999998e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  38.38 
 
 
383 aa  211  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  32.79 
 
 
362 aa  208  1e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  37.67 
 
 
381 aa  208  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  37.91 
 
 
349 aa  208  1e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  32.88 
 
 
376 aa  204  3e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  33.15 
 
 
368 aa  190  4e-47  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  36.11 
 
 
381 aa  181  2e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  33.43 
 
 
352 aa  177  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  34.17 
 
 
354 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  38.86 
 
 
381 aa  172  6.999999999999999e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  34.9 
 
 
355 aa  170  3e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  34.9 
 
 
355 aa  170  3e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  32.61 
 
 
366 aa  168  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  32.13 
 
 
359 aa  166  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  31.95 
 
 
366 aa  166  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  33.33 
 
 
351 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  31.69 
 
 
366 aa  164  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  36.46 
 
 
372 aa  162  1e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  33.76 
 
 
386 aa  160  3e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  30.6 
 
 
371 aa  159  5e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  36.34 
 
 
360 aa  155  1e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  33.24 
 
 
360 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  33.42 
 
 
356 aa  146  5e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  33.24 
 
 
360 aa  146  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  32.98 
 
 
371 aa  135  9.999999999999999e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  32.14 
 
 
374 aa  133  3.9999999999999996e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  28.93 
 
 
370 aa  130  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  33.61 
 
 
359 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  35.05 
 
 
360 aa  129  6e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  33.06 
 
 
359 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  28.3 
 
 
386 aa  127  3e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  30.08 
 
 
396 aa  123  4e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  27.82 
 
 
375 aa  122  8e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  27.6 
 
 
413 aa  120  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  28.38 
 
 
394 aa  117  3e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  30.11 
 
 
380 aa  114  4.0000000000000004e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  27.35 
 
 
406 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  24.8 
 
 
371 aa  110  6e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  27.76 
 
 
426 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  29.66 
 
 
416 aa  107  4e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  29.66 
 
 
416 aa  107  4e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  27.64 
 
 
406 aa  105  9e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  27.82 
 
 
368 aa  105  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  27.98 
 
 
371 aa  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  28.73 
 
 
379 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  31.36 
 
 
447 aa  105  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  30.03 
 
 
425 aa  104  3e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  29.66 
 
 
416 aa  104  3e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  25.85 
 
 
401 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  25.4 
 
 
411 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  30.75 
 
 
421 aa  100  6e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0964  D-serine deaminase  28.77 
 
 
423 aa  99.4  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000714853  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0364  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  26.84 
 
 
425 aa  95.1  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0093  hypothetical protein  26.01 
 
 
404 aa  94  4e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  27.81 
 
 
376 aa  93.2  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  30.45 
 
 
380 aa  93.2  7e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0092  alanine racemase domain protein  29.31 
 
 
436 aa  92  1e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  27.39 
 
 
425 aa  91.7  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  26.33 
 
 
425 aa  91.7  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2792  amino acid aldolase or racemase-like protein  26.05 
 
 
426 aa  91.3  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2659  amino acid aldolase or racemase-like protein  26.05 
 
 
426 aa  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  28.38 
 
 
444 aa  91.3  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  27.3 
 
 
426 aa  91.3  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  27.3 
 
 
426 aa  91.3  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  27.3 
 
 
426 aa  91.3  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0929  D-serine deaminase  27.37 
 
 
432 aa  90.9  4e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.560521  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0176  D-serine deaminase, putative  26.65 
 
 
421 aa  90.5  5e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.783943  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  26.83 
 
 
376 aa  90.1  5e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2772  hypothetical protein  26.65 
 
 
421 aa  90.5  5e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2307  hypothetical protein  26.65 
 
 
421 aa  90.5  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2387  hypothetical protein  26.65 
 
 
421 aa  90.5  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4197  putative D-serine deaminase (D-serine dehydratase) protein  26.72 
 
 
425 aa  90.1  6e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0544  D-serine deaminase  25.98 
 
 
426 aa  90.1  6e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4307  alanine racemase domain protein  26.72 
 
 
425 aa  90.1  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.438666  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  26.65 
 
 
422 aa  89.7  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  28.96 
 
 
355 aa  89.7  7e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>