129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0964 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0964  D-serine deaminase  100 
 
 
423 aa  870    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000714853  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1219  alanine racemase domain protein  57.65 
 
 
437 aa  486  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  55.76 
 
 
444 aa  469  1.0000000000000001e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  53.08 
 
 
427 aa  441  9.999999999999999e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0929  D-serine deaminase  51.29 
 
 
432 aa  432  1e-120  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.560521  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  50.82 
 
 
432 aa  432  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4307  alanine racemase domain protein  37.01 
 
 
425 aa  273  5.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.438666  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4197  putative D-serine deaminase (D-serine dehydratase) protein  37.01 
 
 
425 aa  273  5.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1185  D-serine deaminase  38.88 
 
 
425 aa  271  2e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.867935 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  36.78 
 
 
413 aa  265  1e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0845  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  38.59 
 
 
424 aa  265  1e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0093  hypothetical protein  38.58 
 
 
404 aa  263  3e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  38.23 
 
 
406 aa  261  1e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4770  hypothetical protein  37.32 
 
 
423 aa  261  2e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  37.5 
 
 
401 aa  257  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0672  hypothetical protein  37.81 
 
 
426 aa  258  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  37.62 
 
 
425 aa  256  4e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  38.27 
 
 
425 aa  256  4e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0544  D-serine deaminase  37.78 
 
 
426 aa  256  5e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  36.41 
 
 
422 aa  256  6e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0656  hypothetical protein  37.56 
 
 
426 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17386  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0176  D-serine deaminase, putative  37.56 
 
 
421 aa  254  3e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.783943  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2772  hypothetical protein  37.56 
 
 
421 aa  254  3e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2307  hypothetical protein  37.56 
 
 
421 aa  254  3e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2387  hypothetical protein  37.56 
 
 
421 aa  254  3e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  37.47 
 
 
411 aa  253  6e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0834  D-serine deaminase  37.31 
 
 
426 aa  253  7e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  36.95 
 
 
426 aa  251  2e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1425  amino acid aldolase or racemase-like protein  39.57 
 
 
425 aa  250  4e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.776677  normal  0.0200749 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  36.45 
 
 
426 aa  248  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0364  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  35 
 
 
425 aa  246  4e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  36.21 
 
 
426 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  36.21 
 
 
426 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  36.21 
 
 
426 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2659  amino acid aldolase or racemase-like protein  36.36 
 
 
426 aa  239  8e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2792  amino acid aldolase or racemase-like protein  36.43 
 
 
426 aa  239  9e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2485  alanine racemase domain protein  38 
 
 
418 aa  238  1e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3106  alanine racemase domain protein  36.19 
 
 
423 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0577  alanine racemase domain protein  37.03 
 
 
417 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.757715  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5480  alanine racemase domain protein  38.77 
 
 
429 aa  233  5e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  38.59 
 
 
416 aa  226  6e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  36.04 
 
 
406 aa  226  8e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  39.05 
 
 
421 aa  225  1e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  39.11 
 
 
416 aa  224  2e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  39.11 
 
 
416 aa  224  2e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  37.85 
 
 
425 aa  224  3e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08300  predicted amino acid aldolase or racemase  35.52 
 
 
457 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.711035  normal  0.0558619 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  36.56 
 
 
417 aa  221  1.9999999999999999e-56  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  37.53 
 
 
399 aa  218  1e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  38.27 
 
 
419 aa  216  5.9999999999999996e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1553  hypothetical protein  39.09 
 
 
369 aa  213  4.9999999999999996e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0092  alanine racemase domain protein  38.13 
 
 
436 aa  209  6e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  36.15 
 
 
409 aa  209  1e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  37.38 
 
 
447 aa  205  1e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  35.01 
 
 
444 aa  202  6e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2432  hypothetical protein  35.17 
 
 
405 aa  197  3e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000194149  hitchhiker  0.00860577 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  35.15 
 
 
379 aa  174  2.9999999999999996e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6379  hypothetical protein  35.6 
 
 
436 aa  172  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.619709  normal  0.462883 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2983  D-amino acid deaminase  33.25 
 
 
414 aa  155  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.644238  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06355  D-serine deaminase  31.99 
 
 
259 aa  143  5e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  27.7 
 
 
380 aa  99  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06354  D-serine deaminase  40.54 
 
 
148 aa  97.8  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  23.31 
 
 
362 aa  97.8  3e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  28.31 
 
 
383 aa  96.7  6e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  27.15 
 
 
349 aa  96.3  8e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  27.11 
 
 
396 aa  88.6  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  27.27 
 
 
366 aa  86.7  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  27.73 
 
 
372 aa  85.9  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  25.45 
 
 
366 aa  84.3  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  26.43 
 
 
366 aa  82.4  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  23.45 
 
 
388 aa  80.1  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  23.65 
 
 
359 aa  77.8  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  26.43 
 
 
376 aa  77.4  0.0000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  25.55 
 
 
376 aa  77  0.0000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  24.46 
 
 
381 aa  77  0.0000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.66 
 
 
371 aa  77  0.0000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  24 
 
 
368 aa  74.3  0.000000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  24.19 
 
 
372 aa  73.6  0.000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  26.58 
 
 
396 aa  73.6  0.000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  24.73 
 
 
349 aa  73.6  0.000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  23.86 
 
 
387 aa  73.2  0.000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  23.73 
 
 
387 aa  72.8  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  22.64 
 
 
387 aa  71.2  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  23.91 
 
 
383 aa  70.9  0.00000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  25.19 
 
 
371 aa  68.9  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  25.2 
 
 
360 aa  67.8  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  23.6 
 
 
384 aa  68.2  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  27.54 
 
 
376 aa  67  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07140  conserved hypothetical protein  24.62 
 
 
414 aa  66.2  0.0000000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.20152 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  24.55 
 
 
354 aa  66.2  0.0000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  25.21 
 
 
351 aa  65.9  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  26.74 
 
 
376 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  26.34 
 
 
392 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  23.12 
 
 
355 aa  63.2  0.000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  23.12 
 
 
355 aa  63.2  0.000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  27.08 
 
 
375 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  23.71 
 
 
360 aa  62.4  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  24.11 
 
 
352 aa  62  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  24.88 
 
 
400 aa  60.8  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  21.61 
 
 
387 aa  60.5  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>