122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0929 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0929  D-serine deaminase  100 
 
 		 432 aa  891    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.560521  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  86.34 
 
 		 432 aa  776    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1219  alanine racemase domain protein  62.59 
 
 		 437 aa  534  1e-150  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  60.98 
 
 		 444 aa  518  1e-146  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  58.1 
 
 		 427 aa  502  1e-141  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0964  D-serine deaminase  51.29 
 
 		 423 aa  437  1e-121  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000714853  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1185  D-serine deaminase  39.95 
 
 		 425 aa  291  1e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.867935 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0093  hypothetical protein  40.05 
 
 		 404 aa  285  2.0000000000000002e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4197  putative D-serine deaminase (D-serine dehydratase) protein  38.55 
 
 		 425 aa  284  3.0000000000000004e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4307  alanine racemase domain protein  38.55 
 
 		 425 aa  284  3.0000000000000004e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.438666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  38.05 
 
 		 422 aa  281  1e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0544  D-serine deaminase  39.68 
 
 		 426 aa  278  2e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0672  hypothetical protein  38.12 
 
 		 426 aa  276  6e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4770  hypothetical protein  37.59 
 
 		 423 aa  276  7e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  39.65 
 
 		 406 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0656  hypothetical protein  38.12 
 
 		 426 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17386  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0364  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  37.5 
 
 		 425 aa  273  6e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0176  D-serine deaminase, putative  38.06 
 
 		 421 aa  272  7e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.783943  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2772  hypothetical protein  38.06 
 
 		 421 aa  272  7e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2307  hypothetical protein  38.06 
 
 		 421 aa  272  7e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2387  hypothetical protein  38.06 
 
 		 421 aa  272  7e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0834  D-serine deaminase  37.89 
 
 		 426 aa  272  1e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0845  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  37.74 
 
 		 424 aa  268  1e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  37.5 
 
 		 425 aa  268  2e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  38.63 
 
 		 425 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  39.9 
 
 		 401 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  38.97 
 
 		 411 aa  265  1e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  40.32 
 
 		 421 aa  255  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5480  alanine racemase domain protein  40.05 
 
 		 429 aa  255  1.0000000000000001e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  36.18 
 
 		 426 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  35.96 
 
 		 426 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  39.12 
 
 		 416 aa  250  3e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  35.75 
 
 		 426 aa  250  4e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  35.75 
 
 		 426 aa  250  4e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1425  amino acid aldolase or racemase-like protein  35.89 
 
 		 425 aa  249  5e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.776677  normal  0.0200749 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  36.28 
 
 		 426 aa  249  6e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  38.89 
 
 		 416 aa  248  1e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  38.89 
 
 		 416 aa  248  1e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  40.45 
 
 		 425 aa  248  1e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08300  predicted amino acid aldolase or racemase  38.12 
 
 		 457 aa  248  2e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.711035  normal  0.0558619 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3106  alanine racemase domain protein  39.8 
 
 		 423 aa  247  3e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2485  alanine racemase domain protein  38.03 
 
 		 418 aa  247  4e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  35.31 
 
 		 413 aa  246  6e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2659  amino acid aldolase or racemase-like protein  36.67 
 
 		 426 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2792  amino acid aldolase or racemase-like protein  36.67 
 
 		 426 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  38.31 
 
 		 409 aa  227  3e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0577  alanine racemase domain protein  36.45 
 
 		 417 aa  227  3e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.757715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  34.51 
 
 		 406 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  36.26 
 
 		 417 aa  222  9.999999999999999e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1553  hypothetical protein  37.89 
 
 		 369 aa  218  2e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  37.73 
 
 		 419 aa  216  7e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  36.46 
 
 		 447 aa  212  1e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0092  alanine racemase domain protein  38.16 
 
 		 436 aa  209  7e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2432  hypothetical protein  35.5 
 
 		 405 aa  208  1e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000194149  hitchhiker  0.00860577 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  35.4 
 
 		 399 aa  208  2e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  36.69 
 
 		 379 aa  199  7e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  34.91 
 
 		 444 aa  197  2.0000000000000003e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6379  hypothetical protein  33.49 
 
 		 436 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.619709  normal  0.462883 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06355  D-serine deaminase  36.43 
 
 		 259 aa  160  5e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2983  D-amino acid deaminase  32.55 
 
 		 414 aa  142  9.999999999999999e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.644238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06354  D-serine deaminase  36.94 
 
 		 148 aa  92.4  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  25.4 
 
 		 366 aa  91.7  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  27.75 
 
 		 396 aa  90.9  4e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  26.78 
 
 		 380 aa  89.7  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  23.5 
 
 		 362 aa  89.7  9e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  28.35 
 
 		 396 aa  79.3  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  25.24 
 
 		 388 aa  79  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  26.05 
 
 		 383 aa  77  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  24.15 
 
 		 366 aa  75.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  27.11 
 
 		 356 aa  75.1  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  25.07 
 
 		 366 aa  74.7  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  22.91 
 
 		 351 aa  73.6  0.000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  24.67 
 
 		 368 aa  73.2  0.00000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  27.71 
 
 		 381 aa  70.5  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  25.78 
 
 		 372 aa  70.5  0.00000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  24.68 
 
 		 373 aa  70.1  0.00000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  27.37 
 
 		 400 aa  68.9  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  24.28 
 
 		 371 aa  69.3  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  24.03 
 
 		 352 aa  66.2  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.72 
 
 		 387 aa  65.5  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  26.38 
 
 		 372 aa  65.5  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  32.5 
 
 		 371 aa  65.1  0.000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  24.13 
 
 		 387 aa  65.1  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  22.84 
 
 		 376 aa  64.3  0.000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  22.31 
 
 		 376 aa  64.3  0.000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  22.85 
 
 		 359 aa  63.5  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.24 
 
 		 387 aa  63.2  0.000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  21.93 
 
 		 355 aa  63.2  0.000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  21.93 
 
 		 355 aa  63.2  0.000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  25.48 
 
 		 392 aa  63.2  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  24.71 
 
 		 349 aa  60.5  0.00000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  20.89 
 
 		 354 aa  60.5  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  22.76 
 
 		 387 aa  58.9  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  23.12 
 
 		 387 aa  58.2  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  23 
 
 		 382 aa  56.6  0.0000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  22.36 
 
 		 384 aa  56.2  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  29.05 
 
 		 378 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  22.04 
 
 		 383 aa  55.8  0.000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  27.22 
 
 		 380 aa  53.1  0.000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  27.93 
 
 		 378 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>