118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06354 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06354  D-serine deaminase  100 
 
 
148 aa  312  9e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  52.73 
 
 
426 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  53.64 
 
 
425 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1185  D-serine deaminase  44.9 
 
 
425 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.867935 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0845  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  50.91 
 
 
424 aa  131  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  44.76 
 
 
426 aa  130  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  44.76 
 
 
426 aa  130  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  44.76 
 
 
426 aa  130  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  50.91 
 
 
426 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0093  hypothetical protein  51.2 
 
 
404 aa  130  9e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  50.91 
 
 
425 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0364  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  50 
 
 
425 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4197  putative D-serine deaminase (D-serine dehydratase) protein  43.14 
 
 
425 aa  129  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4307  alanine racemase domain protein  43.14 
 
 
425 aa  129  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.438666  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0544  D-serine deaminase  50.91 
 
 
426 aa  128  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2659  amino acid aldolase or racemase-like protein  50 
 
 
426 aa  128  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2792  amino acid aldolase or racemase-like protein  50 
 
 
426 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0672  hypothetical protein  50 
 
 
426 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0176  D-serine deaminase, putative  50 
 
 
421 aa  127  6e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.783943  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2772  hypothetical protein  50 
 
 
421 aa  127  6e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2307  hypothetical protein  50 
 
 
421 aa  127  6e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0656  hypothetical protein  50 
 
 
426 aa  127  6e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17386  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2387  hypothetical protein  50 
 
 
421 aa  127  6e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  47.66 
 
 
422 aa  126  8.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  50.86 
 
 
413 aa  125  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0834  D-serine deaminase  49.09 
 
 
426 aa  123  9e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  48.15 
 
 
406 aa  118  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  47.17 
 
 
411 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  45.28 
 
 
401 aa  114  5e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4770  hypothetical protein  50.45 
 
 
423 aa  110  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  48.65 
 
 
406 aa  100  9e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0964  D-serine deaminase  40.54 
 
 
423 aa  97.8  4e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000714853  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  39.64 
 
 
432 aa  96.3  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0929  D-serine deaminase  36.94 
 
 
432 aa  92  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.560521  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1219  alanine racemase domain protein  41.24 
 
 
437 aa  90.1  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  36.94 
 
 
444 aa  89  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  40.21 
 
 
427 aa  84  7e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2485  alanine racemase domain protein  37.38 
 
 
418 aa  79.7  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0092  alanine racemase domain protein  40.22 
 
 
436 aa  79.7  0.00000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5480  alanine racemase domain protein  38.83 
 
 
429 aa  78.6  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1425  amino acid aldolase or racemase-like protein  31.71 
 
 
425 aa  78.6  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.776677  normal  0.0200749 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3106  alanine racemase domain protein  36.7 
 
 
423 aa  77.4  0.00000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0577  alanine racemase domain protein  34.23 
 
 
417 aa  75.1  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.757715  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  37.86 
 
 
421 aa  73.2  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1553  hypothetical protein  40.7 
 
 
369 aa  72.4  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  36.89 
 
 
425 aa  71.6  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  34.31 
 
 
399 aa  71.6  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  37.74 
 
 
368 aa  71.2  0.000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2983  D-amino acid deaminase  37.21 
 
 
414 aa  70.9  0.000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.644238  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  39.77 
 
 
409 aa  70.5  0.000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2432  hypothetical protein  36.45 
 
 
405 aa  69.7  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000194149  hitchhiker  0.00860577 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08300  predicted amino acid aldolase or racemase  31 
 
 
457 aa  67.8  0.00000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.711035  normal  0.0558619 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  34.74 
 
 
396 aa  64.3  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  36.26 
 
 
444 aa  64.3  0.0000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  29.06 
 
 
400 aa  62  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  33.33 
 
 
417 aa  61.6  0.000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  38.32 
 
 
396 aa  61.2  0.000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  33.98 
 
 
379 aa  60.5  0.000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  32.98 
 
 
372 aa  58.2  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  30.77 
 
 
419 aa  58.2  0.00000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  35.23 
 
 
416 aa  57  0.00000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  30.85 
 
 
372 aa  56.6  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  32.04 
 
 
416 aa  55.5  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  32.04 
 
 
416 aa  55.5  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  33.68 
 
 
447 aa  55.8  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  28.16 
 
 
362 aa  56.2  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  30.1 
 
 
392 aa  55.1  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  35.63 
 
 
354 aa  54.7  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  27.83 
 
 
387 aa  53.5  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  39.19 
 
 
371 aa  52.8  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  31.37 
 
 
360 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  27.19 
 
 
388 aa  52  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  31 
 
 
360 aa  51.6  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  28.72 
 
 
349 aa  51.2  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  28.42 
 
 
366 aa  51.2  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  27.36 
 
 
372 aa  51.2  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  30.21 
 
 
352 aa  51.2  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  30.84 
 
 
387 aa  50.8  0.000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  29.47 
 
 
366 aa  50.8  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  27.83 
 
 
382 aa  50.4  0.000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  31.03 
 
 
355 aa  50.4  0.000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  31.03 
 
 
355 aa  50.4  0.000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  29.81 
 
 
376 aa  50.4  0.000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  32.69 
 
 
376 aa  50.4  0.000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  24.04 
 
 
386 aa  50.4  0.000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  29.81 
 
 
376 aa  50.1  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  35.9 
 
 
376 aa  49.7  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  28.7 
 
 
387 aa  49.3  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  28.68 
 
 
360 aa  49.7  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  32 
 
 
359 aa  49.3  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  29.79 
 
 
349 aa  48.9  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  26.32 
 
 
392 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  30.49 
 
 
393 aa  48.5  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  27.78 
 
 
384 aa  47.8  0.00005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  30.49 
 
 
393 aa  47.8  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  27.78 
 
 
383 aa  47.8  0.00006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  35.44 
 
 
379 aa  47.8  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  27.66 
 
 
366 aa  47.4  0.00006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  36.49 
 
 
376 aa  46.6  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  33.33 
 
 
383 aa  47  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>