81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06355 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06355  D-serine deaminase  100 
 
 		 259 aa  539  9.999999999999999e-153  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  48.3 
 
 		 406 aa  245  6e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  46.95 
 
 		 406 aa  244  6.999999999999999e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  47.55 
 
 		 411 aa  240  1e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  47.15 
 
 		 413 aa  239  4e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  46.79 
 
 		 401 aa  237  1e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4770  hypothetical protein  44.91 
 
 		 423 aa  225  6e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0656  hypothetical protein  45.93 
 
 		 426 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17386  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4307  alanine racemase domain protein  44.36 
 
 		 425 aa  221  9e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.438666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0544  D-serine deaminase  45.56 
 
 		 426 aa  221  9e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4197  putative D-serine deaminase (D-serine dehydratase) protein  44.36 
 
 		 425 aa  221  9e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0834  D-serine deaminase  45.56 
 
 		 426 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1185  D-serine deaminase  44.74 
 
 		 425 aa  219  3e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.867935 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  45.69 
 
 		 422 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0672  hypothetical protein  45.19 
 
 		 426 aa  219  5e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  43.07 
 
 		 425 aa  218  7e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0364  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  45.32 
 
 		 425 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  44.07 
 
 		 426 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2772  hypothetical protein  44.4 
 
 		 421 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  43.07 
 
 		 425 aa  216  4e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2307  hypothetical protein  44.4 
 
 		 421 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2387  hypothetical protein  44.4 
 
 		 421 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0176  D-serine deaminase, putative  44.4 
 
 		 421 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.783943  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  44.24 
 
 		 426 aa  214  8e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  44.24 
 
 		 426 aa  214  8e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  44.24 
 
 		 426 aa  214  8e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  44.78 
 
 		 426 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2792  amino acid aldolase or racemase-like protein  43.28 
 
 		 426 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2659  amino acid aldolase or racemase-like protein  43.28 
 
 		 426 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0093  hypothetical protein  42.7 
 
 		 404 aa  209  3e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0845  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  42.64 
 
 		 424 aa  200  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  37.36 
 
 		 409 aa  167  1e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1425  amino acid aldolase or racemase-like protein  34.72 
 
 		 425 aa  160  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.776677  normal  0.0200749 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0577  alanine racemase domain protein  34.75 
 
 		 417 aa  159  3e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.757715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0929  D-serine deaminase  35.69 
 
 		 432 aa  158  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.560521  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  36.19 
 
 		 427 aa  156  3e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  36.16 
 
 		 416 aa  153  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  36.16 
 
 		 416 aa  153  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  35.38 
 
 		 447 aa  152  4e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  36.03 
 
 		 444 aa  152  5.9999999999999996e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1219  alanine racemase domain protein  34.56 
 
 		 437 aa  151  8e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  35.74 
 
 		 417 aa  151  1e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  35.79 
 
 		 416 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  34.94 
 
 		 432 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3106  alanine racemase domain protein  34.69 
 
 		 423 aa  149  5e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2485  alanine racemase domain protein  34.46 
 
 		 418 aa  145  5e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0964  D-serine deaminase  31.99 
 
 		 423 aa  143  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000714853  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1553  hypothetical protein  34.88 
 
 		 369 aa  143  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  33.6 
 
 		 419 aa  142  7e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  33.21 
 
 		 421 aa  138  8.999999999999999e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5480  alanine racemase domain protein  33.71 
 
 		 429 aa  134  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  30.37 
 
 		 425 aa  132  6e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2432  hypothetical protein  34.47 
 
 		 405 aa  126  4.0000000000000003e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000194149  hitchhiker  0.00860577 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  34.12 
 
 		 379 aa  123  3e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08300  predicted amino acid aldolase or racemase  31.1 
 
 		 457 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.711035  normal  0.0558619 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  31.15 
 
 		 399 aa  117  3e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0092  alanine racemase domain protein  31.51 
 
 		 436 aa  115  8.999999999999998e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  31.99 
 
 		 444 aa  111  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6379  hypothetical protein  34.88 
 
 		 436 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.619709  normal  0.462883 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2983  D-amino acid deaminase  30.52 
 
 		 414 aa  82  0.000000000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.644238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  26.78 
 
 		 388 aa  55.5  0.0000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  25.9 
 
 		 396 aa  53.9  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  26.2 
 
 		 387 aa  54.7  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  25 
 
 		 355 aa  51.6  0.00001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  25 
 
 		 355 aa  51.6  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.95 
 
 		 387 aa  51.2  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  23.35 
 
 		 381 aa  50.4  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  23.66 
 
 		 382 aa  48.5  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  24.73 
 
 		 387 aa  47.8  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  21.58 
 
 		 362 aa  47.4  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  27.27 
 
 		 384 aa  47  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.53 
 
 		 387 aa  47  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  27.03 
 
 		 383 aa  46.6  0.0004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  23.64 
 
 		 380 aa  46.2  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  22.83 
 
 		 382 aa  44.7  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  23.43 
 
 		 371 aa  45.4  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  22.53 
 
 		 371 aa  45.4  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  25.13 
 
 		 387 aa  45.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  22.73 
 
 		 366 aa  43.5  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  21.19 
 
 		 366 aa  42.7  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  24.89 
 
 		 366 aa  42.7  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>