133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3007 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  100 
 
 
417 aa  821    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  53.26 
 
 
419 aa  349  5e-95  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  50.6 
 
 
444 aa  347  3e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  52.05 
 
 
447 aa  340  2e-92  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2432  hypothetical protein  51.6 
 
 
405 aa  331  2e-89  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000194149  hitchhiker  0.00860577 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0092  alanine racemase domain protein  51.95 
 
 
436 aa  318  9e-86  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5480  alanine racemase domain protein  48.99 
 
 
429 aa  317  3e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  44.85 
 
 
416 aa  286  5.999999999999999e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  44.39 
 
 
399 aa  285  1.0000000000000001e-75  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  44.36 
 
 
416 aa  283  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  44.36 
 
 
416 aa  283  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  43.98 
 
 
421 aa  270  2.9999999999999997e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  43.17 
 
 
425 aa  270  5e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2485  alanine racemase domain protein  43.19 
 
 
418 aa  258  1e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  41.2 
 
 
427 aa  243  3e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1219  alanine racemase domain protein  40.05 
 
 
437 aa  241  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0577  alanine racemase domain protein  40.3 
 
 
417 aa  240  4e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.757715  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1553  hypothetical protein  44.3 
 
 
369 aa  238  2e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  38.54 
 
 
444 aa  234  2.0000000000000002e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3106  alanine racemase domain protein  37.43 
 
 
423 aa  232  9e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  36.52 
 
 
432 aa  223  4e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0964  D-serine deaminase  36.56 
 
 
423 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000714853  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0929  D-serine deaminase  36.26 
 
 
432 aa  219  7.999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.560521  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  41.53 
 
 
409 aa  216  5e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  36.44 
 
 
411 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1185  D-serine deaminase  38.07 
 
 
425 aa  207  3e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.867935 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  34.52 
 
 
401 aa  206  4e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08300  predicted amino acid aldolase or racemase  39.86 
 
 
457 aa  200  5e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.711035  normal  0.0558619 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0845  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  36.05 
 
 
424 aa  199  7e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  35.47 
 
 
425 aa  199  9e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2983  D-amino acid deaminase  40.49 
 
 
414 aa  198  1.0000000000000001e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.644238  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  34.62 
 
 
425 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0364  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  33.26 
 
 
425 aa  196  7e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  33.42 
 
 
406 aa  195  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  32.32 
 
 
413 aa  193  4e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4307  alanine racemase domain protein  36.29 
 
 
425 aa  193  5e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.438666  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4197  putative D-serine deaminase (D-serine dehydratase) protein  36.29 
 
 
425 aa  193  5e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1425  amino acid aldolase or racemase-like protein  35.41 
 
 
425 aa  190  5e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.776677  normal  0.0200749 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  34.45 
 
 
379 aa  189  1e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  34.49 
 
 
422 aa  188  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  34.62 
 
 
426 aa  186  9e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0834  D-serine deaminase  36.3 
 
 
426 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0176  D-serine deaminase, putative  36.36 
 
 
421 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.783943  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2772  hypothetical protein  36.36 
 
 
421 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2307  hypothetical protein  36.36 
 
 
421 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2387  hypothetical protein  36.36 
 
 
421 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0656  hypothetical protein  36.3 
 
 
426 aa  184  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17386  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0672  hypothetical protein  36.05 
 
 
426 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0544  D-serine deaminase  35.8 
 
 
426 aa  183  6e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  34.24 
 
 
426 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  34.24 
 
 
426 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  34.24 
 
 
426 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  34.41 
 
 
426 aa  180  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2659  amino acid aldolase or racemase-like protein  33.75 
 
 
426 aa  178  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2792  amino acid aldolase or racemase-like protein  34 
 
 
426 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4770  hypothetical protein  33.25 
 
 
423 aa  177  4e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0093  hypothetical protein  34.43 
 
 
404 aa  171  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  32.18 
 
 
406 aa  171  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06355  D-serine deaminase  35.74 
 
 
259 aa  151  3e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6379  hypothetical protein  33.07 
 
 
436 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.619709  normal  0.462883 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  26.23 
 
 
362 aa  116  7.999999999999999e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  29.51 
 
 
366 aa  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  28.69 
 
 
366 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  29.49 
 
 
366 aa  107  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  26.11 
 
 
384 aa  106  9e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.97 
 
 
383 aa  105  1e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  27.63 
 
 
388 aa  100  7e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.34 
 
 
387 aa  96.3  8e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  26.06 
 
 
387 aa  94.7  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.41 
 
 
387 aa  94.7  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  27.3 
 
 
372 aa  91.3  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  27.45 
 
 
359 aa  91.3  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  26.69 
 
 
373 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  28.3 
 
 
349 aa  86.7  8e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  27.95 
 
 
396 aa  84.3  0.000000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  25 
 
 
387 aa  83.6  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  28.27 
 
 
383 aa  83.6  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  30.03 
 
 
349 aa  83.2  0.000000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  25.14 
 
 
372 aa  82  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  23.66 
 
 
396 aa  80.5  0.00000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  26.27 
 
 
380 aa  80.5  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  26.21 
 
 
392 aa  80.1  0.00000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  24.42 
 
 
387 aa  79.7  0.00000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  25 
 
 
382 aa  78.2  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  28.57 
 
 
360 aa  78.2  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  24.58 
 
 
381 aa  75.9  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  29.53 
 
 
359 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  23.24 
 
 
376 aa  74.7  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  28.65 
 
 
359 aa  74.7  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  27.71 
 
 
360 aa  74.3  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  26.63 
 
 
381 aa  73.9  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  24.78 
 
 
382 aa  70.1  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  26.62 
 
 
371 aa  69.3  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  30.39 
 
 
356 aa  68.6  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  27.76 
 
 
381 aa  68.6  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  22.58 
 
 
400 aa  68.2  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  25.14 
 
 
374 aa  67.8  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  22.66 
 
 
376 aa  67.4  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  21.95 
 
 
368 aa  66.6  0.0000000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  24.65 
 
 
351 aa  65.9  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>