130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_2485 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_2485  alanine racemase domain protein  100 
 
 
418 aa  828    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5480  alanine racemase domain protein  47.76 
 
 
429 aa  320  3.9999999999999996e-86  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  43.51 
 
 
416 aa  282  7.000000000000001e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  43.51 
 
 
416 aa  282  7.000000000000001e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  43.75 
 
 
416 aa  282  7.000000000000001e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  43.1 
 
 
427 aa  282  9e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08300  predicted amino acid aldolase or racemase  44.32 
 
 
457 aa  278  1e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.711035  normal  0.0558619 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  44.19 
 
 
409 aa  275  9e-73  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  43.37 
 
 
417 aa  271  2e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3106  alanine racemase domain protein  43.04 
 
 
423 aa  269  8e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  44.62 
 
 
419 aa  264  2e-69  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  41.73 
 
 
425 aa  260  2e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0364  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  39.61 
 
 
425 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  39.53 
 
 
432 aa  259  8e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0577  alanine racemase domain protein  42.89 
 
 
417 aa  256  6e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.757715  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0092  alanine racemase domain protein  45.76 
 
 
436 aa  256  7e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  40.26 
 
 
401 aa  255  9e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  39.65 
 
 
411 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0929  D-serine deaminase  38.03 
 
 
432 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.560521  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  40.62 
 
 
421 aa  253  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  39.02 
 
 
425 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2432  hypothetical protein  42.12 
 
 
405 aa  253  6e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000194149  hitchhiker  0.00860577 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  39.02 
 
 
425 aa  252  7e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  39.71 
 
 
399 aa  251  1e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  39.66 
 
 
426 aa  251  1e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  40.69 
 
 
444 aa  251  2e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  38.76 
 
 
406 aa  249  4e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1425  amino acid aldolase or racemase-like protein  39.65 
 
 
425 aa  249  5e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.776677  normal  0.0200749 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0964  D-serine deaminase  37.76 
 
 
423 aa  248  2e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000714853  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2792  amino acid aldolase or racemase-like protein  39.42 
 
 
426 aa  246  4e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0544  D-serine deaminase  40.87 
 
 
426 aa  245  8e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2659  amino acid aldolase or racemase-like protein  38.94 
 
 
426 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0672  hypothetical protein  40.62 
 
 
426 aa  242  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  42.34 
 
 
447 aa  242  1e-62  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1553  hypothetical protein  41.71 
 
 
369 aa  241  1e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1185  D-serine deaminase  38.62 
 
 
425 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.867935 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0656  hypothetical protein  40.62 
 
 
426 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17386  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1219  alanine racemase domain protein  37.12 
 
 
437 aa  240  4e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4307  alanine racemase domain protein  37.08 
 
 
425 aa  239  5.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.438666  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4197  putative D-serine deaminase (D-serine dehydratase) protein  37.08 
 
 
425 aa  239  5.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0176  D-serine deaminase, putative  40 
 
 
421 aa  238  2e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.783943  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0834  D-serine deaminase  40.38 
 
 
426 aa  238  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2772  hypothetical protein  40 
 
 
421 aa  238  2e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2307  hypothetical protein  40 
 
 
421 aa  238  2e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2387  hypothetical protein  40 
 
 
421 aa  238  2e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  38.94 
 
 
426 aa  237  3e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  38.94 
 
 
426 aa  237  3e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  38.94 
 
 
426 aa  237  3e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  38.22 
 
 
426 aa  236  4e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  37.11 
 
 
422 aa  234  3e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  35.78 
 
 
444 aa  229  5e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0845  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  37.09 
 
 
424 aa  229  5e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  33.83 
 
 
413 aa  224  3e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4770  hypothetical protein  36.63 
 
 
423 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  40.05 
 
 
379 aa  221  1.9999999999999999e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0093  hypothetical protein  37.5 
 
 
404 aa  214  2.9999999999999995e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  34.68 
 
 
406 aa  211  2e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2983  D-amino acid deaminase  37.53 
 
 
414 aa  189  8e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.644238  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6379  hypothetical protein  34.72 
 
 
436 aa  162  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.619709  normal  0.462883 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06355  D-serine deaminase  34.46 
 
 
259 aa  158  1e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  28.73 
 
 
380 aa  101  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  30.13 
 
 
383 aa  100  4e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  26.75 
 
 
387 aa  97.1  5e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  25.95 
 
 
388 aa  96.7  7e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  27.52 
 
 
373 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  27.69 
 
 
392 aa  94.7  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  31.54 
 
 
381 aa  92  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  26.43 
 
 
387 aa  91.7  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  26.61 
 
 
387 aa  91.3  3e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  25.81 
 
 
372 aa  90.9  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  27.69 
 
 
387 aa  89.7  8e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  28.97 
 
 
396 aa  87  6e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  26.07 
 
 
382 aa  85.9  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.68 
 
 
387 aa  83.6  0.000000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  22.54 
 
 
362 aa  82.4  0.00000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25 
 
 
383 aa  80.9  0.00000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  24.87 
 
 
384 aa  80.1  0.00000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06354  D-serine deaminase  37.38 
 
 
148 aa  79.7  0.00000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  28.03 
 
 
396 aa  79.3  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  27.65 
 
 
366 aa  79  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  25.47 
 
 
359 aa  78.2  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  28.15 
 
 
371 aa  77.4  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  27.37 
 
 
360 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  26.82 
 
 
360 aa  75.5  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  28.12 
 
 
400 aa  73.2  0.000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  30.1 
 
 
392 aa  73.2  0.000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  26.67 
 
 
371 aa  72.4  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  26.68 
 
 
351 aa  72.8  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  27.19 
 
 
366 aa  72.8  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  22.88 
 
 
376 aa  71.2  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  25.41 
 
 
370 aa  70.1  0.00000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  27.2 
 
 
372 aa  69.7  0.00000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  22.7 
 
 
376 aa  69.7  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  24.93 
 
 
381 aa  68.6  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  27.58 
 
 
381 aa  67.4  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  27.23 
 
 
372 aa  66.6  0.0000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  35.29 
 
 
360 aa  65.9  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  27.35 
 
 
352 aa  64.3  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  26.42 
 
 
383 aa  63.9  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  21.88 
 
 
368 aa  63.5  0.000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>