129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSp1185 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RSp1185  D-serine deaminase  100 
 
 
425 aa  864    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.867935 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4307  alanine racemase domain protein  84.47 
 
 
425 aa  752    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.438666  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4197  putative D-serine deaminase (D-serine dehydratase) protein  84.47 
 
 
425 aa  752    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0845  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  73.25 
 
 
424 aa  624  1e-177  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4022  D-serine deaminase  69.18 
 
 
422 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635439  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0656  hypothetical protein  66.9 
 
 
426 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17386  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0672  hypothetical protein  66.9 
 
 
426 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0834  D-serine deaminase  66.9 
 
 
426 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0544  D-serine deaminase  66.43 
 
 
426 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4770  hypothetical protein  67.84 
 
 
423 aa  573  1.0000000000000001e-162  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0176  D-serine deaminase, putative  65.97 
 
 
421 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.783943  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2772  hypothetical protein  65.97 
 
 
421 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2307  hypothetical protein  65.97 
 
 
421 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2387  hypothetical protein  65.97 
 
 
421 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0364  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  64.02 
 
 
425 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  65.03 
 
 
426 aa  555  1e-157  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  64.49 
 
 
425 aa  557  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2792  amino acid aldolase or racemase-like protein  65.5 
 
 
426 aa  556  1e-157  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  64.8 
 
 
426 aa  556  1e-157  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2659  amino acid aldolase or racemase-like protein  65.5 
 
 
426 aa  557  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2130  amino acid aldolase or racemase-like  65.27 
 
 
426 aa  552  1e-156  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2742  amino acid aldolase or racemase-like protein  65.27 
 
 
426 aa  552  1e-156  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2768  amino acid aldolase or racemase-like protein  65.5 
 
 
426 aa  554  1e-156  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  64.1 
 
 
425 aa  554  1e-156  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  50.13 
 
 
411 aa  379  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  50.13 
 
 
401 aa  381  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  50.38 
 
 
406 aa  370  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0093  hypothetical protein  49.87 
 
 
404 aa  363  4e-99  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  48.73 
 
 
413 aa  361  1e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4895  putative D-serine ammonia-lyase  46.17 
 
 
406 aa  318  1e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.333429  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  39.49 
 
 
432 aa  293  4e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0929  D-serine deaminase  39.95 
 
 
432 aa  290  3e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.560521  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3329  D-serine deaminase  42.26 
 
 
444 aa  285  9e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1219  alanine racemase domain protein  42.51 
 
 
437 aa  278  1e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  41.4 
 
 
427 aa  278  1e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0964  D-serine deaminase  38.88 
 
 
423 aa  271  2e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000714853  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0577  alanine racemase domain protein  42.62 
 
 
417 aa  263  3e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.757715  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5480  alanine racemase domain protein  41.13 
 
 
429 aa  257  3e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1425  amino acid aldolase or racemase-like protein  38.61 
 
 
425 aa  252  9.000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.776677  normal  0.0200749 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4759  hypothetical protein  39.35 
 
 
416 aa  248  2e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117836  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4845  hypothetical protein  39.35 
 
 
416 aa  248  2e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.44588  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5145  hypothetical protein  39.35 
 
 
416 aa  245  9e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1553  hypothetical protein  42.56 
 
 
369 aa  244  1.9999999999999999e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1427  hypothetical protein  39.29 
 
 
421 aa  234  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.520703  normal  0.295822 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2485  alanine racemase domain protein  38.11 
 
 
418 aa  233  4.0000000000000004e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5361  hypothetical protein  38.24 
 
 
425 aa  226  7e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0887235 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06355  D-serine deaminase  44.74 
 
 
259 aa  219  5e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  37.63 
 
 
419 aa  214  1.9999999999999998e-54  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0666  alanine racemase domain protein  37.79 
 
 
409 aa  214  2.9999999999999995e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3106  alanine racemase domain protein  35.26 
 
 
423 aa  212  1e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  38.37 
 
 
444 aa  209  7e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08300  predicted amino acid aldolase or racemase  37.53 
 
 
457 aa  207  3e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.711035  normal  0.0558619 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  38.07 
 
 
417 aa  207  3e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1815  D-serine deaminase  39.43 
 
 
399 aa  197  3e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  36.18 
 
 
447 aa  192  8e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  37.98 
 
 
379 aa  186  7e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2432  hypothetical protein  37.53 
 
 
405 aa  185  2.0000000000000003e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000194149  hitchhiker  0.00860577 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0092  alanine racemase domain protein  37.44 
 
 
436 aa  185  2.0000000000000003e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2983  D-amino acid deaminase  35.42 
 
 
414 aa  155  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.644238  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06354  D-serine deaminase  44.9 
 
 
148 aa  132  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6379  hypothetical protein  31.22 
 
 
436 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.619709  normal  0.462883 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  28.86 
 
 
396 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  27.27 
 
 
380 aa  81.6  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  21.76 
 
 
376 aa  80.9  0.00000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  21.88 
 
 
376 aa  80.1  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  26.19 
 
 
352 aa  77  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  28.52 
 
 
372 aa  77  0.0000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  26.37 
 
 
381 aa  72  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  29.3 
 
 
376 aa  72  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  32.28 
 
 
366 aa  71.6  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  22.74 
 
 
355 aa  70.5  0.00000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  22.74 
 
 
355 aa  70.5  0.00000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  24.6 
 
 
387 aa  70.1  0.00000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  23.95 
 
 
388 aa  70.1  0.00000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  24.16 
 
 
354 aa  70.1  0.00000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  25.74 
 
 
349 aa  69.7  0.00000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  28.66 
 
 
371 aa  68.6  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  24.08 
 
 
349 aa  68.9  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  28.12 
 
 
383 aa  68.2  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  31.18 
 
 
376 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  31.91 
 
 
366 aa  67.4  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  25.73 
 
 
368 aa  67.4  0.0000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  30.99 
 
 
375 aa  67  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  26.51 
 
 
387 aa  67  0.0000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  31.58 
 
 
376 aa  66.6  0.0000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  23.79 
 
 
384 aa  65.1  0.000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  24.08 
 
 
366 aa  65.5  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  23.95 
 
 
383 aa  64.7  0.000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  24.6 
 
 
373 aa  64.3  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  27.21 
 
 
376 aa  65.1  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  26.74 
 
 
386 aa  63.9  0.000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  23.85 
 
 
359 aa  64.3  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  25.56 
 
 
378 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  21.9 
 
 
382 aa  62.8  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  23.47 
 
 
387 aa  62.4  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  32.35 
 
 
383 aa  62.4  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  27.01 
 
 
362 aa  62  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  23.64 
 
 
392 aa  61.6  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  29.07 
 
 
379 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  25.72 
 
 
372 aa  60.5  0.00000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>