205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_2681 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_2681  alanine racemase domain-containing protein  100 
 
 
383 aa  770    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3175  threonine aldolase family protein  60.73 
 
 
381 aa  411  1e-114  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0614  alanine racemase domain-containing protein  52.99 
 
 
381 aa  355  7.999999999999999e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605452  normal  0.988857 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  47.26 
 
 
381 aa  311  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  43.73 
 
 
383 aa  282  7.000000000000001e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  39.89 
 
 
388 aa  260  3e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  40 
 
 
387 aa  255  9e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0889  alanine racemase domain protein  39.56 
 
 
387 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  39.73 
 
 
383 aa  254  2.0000000000000002e-66  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  39.18 
 
 
384 aa  253  5.000000000000001e-66  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  39.07 
 
 
387 aa  249  6e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  38.63 
 
 
387 aa  248  9e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3378  alanine racemase domain-containing protein  39.78 
 
 
372 aa  248  9e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0725175  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  37.98 
 
 
387 aa  243  6e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4887  putative threonine aldolase  38.25 
 
 
382 aa  239  6.999999999999999e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  40 
 
 
373 aa  238  9e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  35.77 
 
 
376 aa  235  8e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  35.23 
 
 
376 aa  233  4.0000000000000004e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  39.34 
 
 
392 aa  231  1e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4819  D-3-hydroxyaspartate aldolase  41.89 
 
 
371 aa  226  4e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4362  alanine racemase domain-containing protein  38.38 
 
 
380 aa  209  8e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0513  putative threonine aldolase  37.34 
 
 
396 aa  208  1e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  38.67 
 
 
372 aa  204  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4194  amino acid processing enzyme (aldolase or racemase)  38.34 
 
 
382 aa  195  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485088  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4092  putative threonine aldolase  36.59 
 
 
400 aa  191  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4234  putative threonine aldolase  39.04 
 
 
392 aa  188  1e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.201076 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0501  alanine racemase domain protein  40.38 
 
 
393 aa  187  2e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0490  alanine racemase domain-containing protein  40.11 
 
 
393 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502402  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3590  putative amino acid processing enzyme-related protein (aldolase or racemase)  33.96 
 
 
359 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954952 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  37 
 
 
372 aa  166  6.9999999999999995e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  33.15 
 
 
349 aa  164  3e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  32.88 
 
 
349 aa  157  4e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5683  alanine racemase domain protein  32.98 
 
 
366 aa  152  8e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  29.28 
 
 
362 aa  150  3e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  30.19 
 
 
371 aa  147  3e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0743  amino acid processing enzyme-related protein  31.9 
 
 
355 aa  147  4.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44305  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0694  amino acid processing enzyme-related protein  31.9 
 
 
355 aa  147  4.0000000000000006e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.296447  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3891  alanine racemase domain-containing protein  31.17 
 
 
354 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704618  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6626  alanine racemase domain protein  32.71 
 
 
366 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0759064  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1026  alanine racemase domain protein  30.33 
 
 
370 aa  140  3e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.129179  normal  0.48219 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0463  alanine racemase-like  32.17 
 
 
356 aa  138  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2252  alanine racemase-like  34.14 
 
 
360 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0874636 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2689  alanine racemase domain-containing protein  35.48 
 
 
360 aa  139  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0778571  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4545  alanine racemase domain-containing protein  29.52 
 
 
352 aa  138  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322135  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2752  alanine racemase-like  30.59 
 
 
351 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0421965  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3203  alanine racemase-like  33.87 
 
 
360 aa  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6243  hypothetical protein  32.1 
 
 
366 aa  130  4.0000000000000003e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04740  predicted amino acid aldolase or racemase  34.92 
 
 
371 aa  129  7.000000000000001e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.17439  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7240  alanine racemase domain protein  33.87 
 
 
359 aa  125  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1749  alanine racemase domain protein  33.69 
 
 
360 aa  123  5e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  33.96 
 
 
386 aa  122  9.999999999999999e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4878  alanine racemase domain protein  32.49 
 
 
386 aa  120  4.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.437822  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0070  alanine racemase domain protein  32.38 
 
 
396 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0405  putative GlnD family protein  28.69 
 
 
368 aa  117  3.9999999999999997e-25  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6044  alanine racemase domain-containing protein  34.96 
 
 
359 aa  116  7.999999999999999e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2781  hypothetical protein  32.1 
 
 
411 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  29.81 
 
 
374 aa  107  3e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3086  hypothetical protein  29.63 
 
 
406 aa  103  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7000  alanine racemase domain protein  27.64 
 
 
368 aa  102  8e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.786712 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0671  alanine racemase domain-containing protein  26.16 
 
 
371 aa  101  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2509  hypothetical protein  31.13 
 
 
401 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.517635  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1233  alanine racemase domain protein  28.92 
 
 
371 aa  99  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0422  alanine racemase domain protein  26.95 
 
 
375 aa  99.4  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.25144 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0964  D-serine deaminase  28.31 
 
 
423 aa  96.7  5e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000714853  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3698  alanine racemase domain-containing protein  30.61 
 
 
393 aa  96.3  8e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.836905  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0971  alanine racemase domain-containing protein  29.59 
 
 
380 aa  94.7  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5303  alanine racemase domain-containing protein  28.2 
 
 
376 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728063  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3640  hypothetical protein  27.18 
 
 
378 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2026  metal-activated pyridoxal protein  30 
 
 
379 aa  93.2  6e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0507095 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2709  hypothetical protein  30.79 
 
 
376 aa  93.2  7e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0920937 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4817  alanine racemase-like  28.92 
 
 
380 aa  90.9  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5969  alanine racemase domain-containing protein  30.33 
 
 
393 aa  90.5  5e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.463458  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2485  alanine racemase domain protein  30.13 
 
 
418 aa  87.4  4e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6194  alanine racemase domain protein  28.46 
 
 
384 aa  87  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3484  alanine racemase domain-containing protein  27.39 
 
 
376 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.230259  normal  0.0513878 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2770  amino acid aldolase or racemase-like  27.78 
 
 
394 aa  84.7  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.873448  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3569  alanine racemase domain-containing protein  29.11 
 
 
375 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.463825  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0086  D-serine deaminase  28.34 
 
 
427 aa  84.3  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01292 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3125  alanine racemase domain protein  28.27 
 
 
393 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.682983  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0549  hypothetical protein  26.58 
 
 
413 aa  83.2  0.000000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3007  D-amino acid deaminase  28.27 
 
 
417 aa  83.6  0.000000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.675457  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0364  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  27.86 
 
 
425 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3951  alanine racemase domain-containing protein  28.77 
 
 
376 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274833 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0404  alanine racemase domain protein  28.23 
 
 
380 aa  82.8  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3398  alanine racemase, N-terminal  25.26 
 
 
378 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000409999  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2011  hypothetical protein  32.45 
 
 
379 aa  79.7  0.00000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51846  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1031  putative D-amino acid deaminase  29.55 
 
 
447 aa  79  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.710542  normal  0.88619 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0661  D-serine deaminase  25.5 
 
 
432 aa  78.2  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0977  alanine racemase-like  25.26 
 
 
379 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.785974  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2109  hypothetical protein  27.3 
 
 
383 aa  77.4  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.456028  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5822  alanine racemase domain protein  29.34 
 
 
355 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.608678 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04610  predicted amino acid aldolase or racemase  26.01 
 
 
419 aa  77.4  0.0000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0462  alanine racemase-like  29.37 
 
 
393 aa  76.6  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0092  alanine racemase domain protein  29.52 
 
 
436 aa  75.5  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  28.34 
 
 
426 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0721  alanine racemase domain protein  28.75 
 
 
444 aa  75.1  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  28.38 
 
 
425 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63574  predicted protein  26.42 
 
 
424 aa  73.9  0.000000000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1219  alanine racemase domain protein  28.14 
 
 
437 aa  73.2  0.000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0929  D-serine deaminase  25.56 
 
 
432 aa  72  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.560521  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>