More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1110 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1110  Outer membrane receptor protein mostly Fe transport-like protein  100 
 
 		 862 aa  1771    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1982  TonB-dependent receptor, plug  28.02 
 
 		 809 aa  281  5e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3067  TonB-dependent receptor  24.2 
 
 		 903 aa  149  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.171951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2405  TonB-dependent receptor, plug  24.29 
 
 		 786 aa  145  2e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0816065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2843  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 780 aa  144  8e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  34.88 
 
 		 783 aa  144  8e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  30.46 
 
 		 729 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1115  TonB-dependent receptor, plug  24.38 
 
 		 839 aa  142  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.339476  normal  0.267741 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  30.15 
 
 		 730 aa  139  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03368  putative TonB-dependent receptor  29.47 
 
 		 754 aa  137  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00133491  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1901  TonB-dependent receptor  30.07 
 
 		 744 aa  137  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2215  TonB-dependent receptor  36.15 
 
 		 971 aa  136  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.169336  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  28.38 
 
 		 764 aa  135  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2383  TonB-dependent receptor  24.41 
 
 		 926 aa  134  7.999999999999999e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  26.24 
 
 		 777 aa  132  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0808  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 733 aa  132  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  33.09 
 
 		 704 aa  131  5.0000000000000004e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  32.26 
 
 		 776 aa  131  7.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  26.27 
 
 		 720 aa  130  9.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0346  TonB-dependent receptor  28.4 
 
 		 836 aa  130  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5256  TonB-dependent receptor  27.7 
 
 		 731 aa  128  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.650389  hitchhiker  0.000349677 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  29.51 
 
 		 723 aa  127  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  27.18 
 
 		 732 aa  125  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0235  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 		 778 aa  125  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  25.31 
 
 		 759 aa  125  4e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03469  Outer membrane protein  24.46 
 
 		 760 aa  125  4e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  30.36 
 
 		 784 aa  124  7e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  32.3 
 
 		 762 aa  124  7e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4129  TonB-dependent receptor  25.96 
 
 		 767 aa  123  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.108935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  28.85 
 
 		 730 aa  123  9.999999999999999e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3795  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 880 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1656  TonB-dependent receptor  27.72 
 
 		 764 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  decreased coverage  0.00188078 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 		 803 aa  122  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  27.1 
 
 		 761 aa  122  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2865  TonB-dependent receptor  33.48 
 
 		 798 aa  122  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000308376  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  29.37 
 
 		 790 aa  122  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1080  TonB-dependent receptor  31.39 
 
 		 937 aa  122  3.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.72185  normal  0.584922 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  26.36 
 
 		 767 aa  121  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  27.18 
 
 		 734 aa  121  4.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01058  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 		 860 aa  120  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3282  TonB-dependent receptor  28.69 
 
 		 758 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.166859 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4179  TonB-dependent receptor  34.48 
 
 		 782 aa  120  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.130492 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2045  TonB-dependent receptor  32.62 
 
 		 787 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.785428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  28.62 
 
 		 739 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3027  TonB-dependent receptor  35.32 
 
 		 851 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4555  TonB-dependent receptor  32.71 
 
 		 803 aa  119  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00333953 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  27.55 
 
 		 759 aa  119  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  31.14 
 
 		 771 aa  119  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0899  TonB-dependent receptor  30.19 
 
 		 764 aa  118  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00548484  normal  0.114309 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2040  TonB-dependent receptor  22.7 
 
 		 815 aa  119  3.9999999999999997e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.862919  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4804  TonB-dependent receptor  35.54 
 
 		 773 aa  118  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.176822  normal  0.517997 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0516  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 		 773 aa  118  6e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1810  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 862 aa  118  6e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.397284  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0665  TonB-dependent receptor  28.13 
 
 		 758 aa  117  6e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2919  TonB-dependent receptor  26.51 
 
 		 763 aa  117  7.999999999999999e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.239028  normal  0.201579 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2319  TonB-dependent receptor  30.86 
 
 		 765 aa  117  7.999999999999999e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000203975  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0429  TonB-dependent receptor  32.28 
 
 		 738 aa  117  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  29.69 
 
 		 803 aa  116  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  32.17 
 
 		 758 aa  116  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1633  TonB-dependent receptor, plug  28.85 
 
 		 906 aa  116  2.0000000000000002e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.257863  normal  0.346647 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3458  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 		 758 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485472  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02410  putative TonB-dependent receptor  27.76 
 
 		 790 aa  115  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.363923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5001  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 		 778 aa  115  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2998  helix-turn-helix, AraC type  26.19 
 
 		 797 aa  115  4.0000000000000004e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000224907 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0872  TonB-dependent receptor  28.24 
 
 		 800 aa  115  4.0000000000000004e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00643359  normal  0.114745 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1016  TonB-dependent receptor  28.24 
 
 		 800 aa  115  4.0000000000000004e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0377724  normal  0.0225916 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0271  TonB-dependent receptor  27.76 
 
 		 790 aa  115  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0765  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 		 779 aa  115  5e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.305  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4100  TonB-dependent receptor  30.34 
 
 		 985 aa  114  7.000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0226  TonB-dependent receptor  27.9 
 
 		 745 aa  113  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.385209  normal  0.613725 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1980  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 		 774 aa  114  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.228726  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  27.35 
 
 		 758 aa  113  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 		 728 aa  112  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 		 710 aa  113  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0936  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 		 750 aa  112  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02261  putative TonB-dependent receptor  27.23 
 
 		 792 aa  112  3e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.895044  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  25.51 
 
 		 780 aa  112  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1912  TonB-dependent receptor  36.53 
 
 		 969 aa  112  3e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  32.09 
 
 		 766 aa  112  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0895  TonB-dependent receptor  27.43 
 
 		 769 aa  112  4.0000000000000004e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0618302  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2756  TonB-dependent receptor, plug  30.18 
 
 		 741 aa  112  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000284329  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 		 792 aa  112  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55050  TonB-dependent receptor  31.52 
 
 		 684 aa  112  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.04288e-20 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0414  TonB-dependent receptor  26.72 
 
 		 783 aa  111  5e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  29.13 
 
 		 765 aa  111  6e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0818  TonB-dependent receptor  31.58 
 
 		 789 aa  111  7.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2576  TonB-dependent receptor  30.77 
 
 		 783 aa  110  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.333669  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 722 aa  110  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3785  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 		 748 aa  110  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.440403  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2541  TonB-dependent receptor  31.85 
 
 		 896 aa  110  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.411805  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3635  TonB-dependent receptor, plug  26.98 
 
 		 751 aa  110  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000221173  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00767  TonB-dependent receptor  30.92 
 
 		 772 aa  110  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3344  TonB-dependent receptor  29.64 
 
 		 791 aa  109  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3758  TonB-dependent receptor  31.08 
 
 		 767 aa  109  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.626762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3281  TonB-dependent receptor, plug  28.63 
 
 		 797 aa  109  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.475296 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4114  TonB-dependent receptor  29.88 
 
 		 703 aa  109  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3871  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 		 832 aa  109  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.234106  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1169  TonB-dependent receptor  28.33 
 
 		 809 aa  110  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.149635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54960  hypothetical protein  30.61 
 
 		 322 aa  109  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000341506  unclonable  2.05856e-21 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0521  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 		 758 aa  110  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.466347  normal  0.153456 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>