More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3601 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3601  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 1090 aa  2241    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000169408  hitchhiker  0.00028286 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0830  TonB-dependent receptor  34.59 
 
 		 933 aa  532  1e-149  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.926876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1716  TonB-dependent receptor  31.12 
 
 		 1051 aa  513  1e-144  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.854404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0176  TonB-dependent receptor  31.65 
 
 		 924 aa  426  1e-118  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3857  TonB-dependent receptor  29.49 
 
 		 1077 aa  427  1e-118  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5439  TonB-dependent receptor plug  30.32 
 
 		 962 aa  352  2e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.648524  normal  0.961509 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4228  TonB-dependent receptor plug  27.85 
 
 		 931 aa  294  7e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2560  TonB-dependent receptor  27.35 
 
 		 957 aa  286  2.0000000000000002e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.184362  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0089  TonB-dependent receptor  27.35 
 
 		 957 aa  281  5e-74  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.012532 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1988  TonB-dependent receptor plug  27.4 
 
 		 1003 aa  272  2e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.485528  normal  0.175493 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3580  TonB-dependent receptor, plug  24.09 
 
 		 894 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0553281  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0379  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 888 aa  207  9e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0418446  normal  0.660962 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0637  TonB-dependent receptor  24.15 
 
 		 916 aa  203  1.9999999999999998e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0978738  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6376  TonB-dependent receptor  24.18 
 
 		 920 aa  200  1.0000000000000001e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2575  TonB-dependent receptor  27.74 
 
 		 897 aa  198  5.000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.118608 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1493  outer membrane protein  24.92 
 
 		 929 aa  193  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.684854  normal  0.108065 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03436  TonB-dependent receptor  25.5 
 
 		 856 aa  190  1e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2438  TonB-dependent receptor  25.27 
 
 		 892 aa  180  1e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.615124  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4721  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 917 aa  179  4e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1056  TonB-dependent receptor  23.16 
 
 		 888 aa  175  3.9999999999999995e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0268559  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3993  TonB-dependent receptor  23.87 
 
 		 897 aa  166  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.494791  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01815  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 		 927 aa  164  6e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0545  TonB-dependent receptor  25.12 
 
 		 922 aa  159  3e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1070  TonB-dependent receptor  22.82 
 
 		 991 aa  130  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1034  TonB-dependent receptor  31.13 
 
 		 938 aa  124  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1368  TonB-dependent receptor  33.47 
 
 		 962 aa  123  1.9999999999999998e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0425757  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2398  TonB-dependent receptor plug  32.11 
 
 		 932 aa  122  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2472  TonB-dependent receptor  32.35 
 
 		 1004 aa  120  9.999999999999999e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0313  TonB-dependent receptor  45.07 
 
 		 897 aa  120  1.9999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.552035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0532  TonB-dependent receptor  32.72 
 
 		 936 aa  118  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0904706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1535  TonB-dependent receptor  30.9 
 
 		 972 aa  119  5e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.39302  normal  0.5632 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3988  TonB-dependent receptor  22.79 
 
 		 945 aa  115  6e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.647159  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  31.34 
 
 		 917 aa  109  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3110  TonB-dependent receptor  29.97 
 
 		 943 aa  104  7e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.183565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1121  TonB-dependent receptor plug  28.57 
 
 		 919 aa  104  1e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  31.91 
 
 		 901 aa  103  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2444  TonB-dependent receptor  29.15 
 
 		 1001 aa  102  3e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  29.49 
 
 		 943 aa  101  8e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  29.03 
 
 		 944 aa  101  8e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  29.1 
 
 		 972 aa  100  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  29.22 
 
 		 941 aa  100  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2445  TonB-dependent receptor plug  31.9 
 
 		 1094 aa  100  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.896331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  29.22 
 
 		 942 aa  100  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0102  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 		 946 aa  99  5e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.436886  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3960  TonB-dependent receptor plug  28.03 
 
 		 1142 aa  97.1  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4146  TonB-dependent receptor  28.63 
 
 		 961 aa  95.9  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960595  normal  0.432652 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4497  TonB-dependent receptor plug  28.92 
 
 		 1198 aa  90.1  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0452901  normal  0.421044 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2219  TonB-dependent receptor plug  27.24 
 
 		 1106 aa  89  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.136302 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2369  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 		 935 aa  88.6  6e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.415062 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  34.43 
 
 		 838 aa  85.1  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1791  TonB-dependent receptor plug  25.08 
 
 		 1177 aa  83.2  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.132082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2764  TonB-dependent receptor plug  28.32 
 
 		 1103 aa  83.2  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.533832  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1702  TonB-dependent receptor plug  26.94 
 
 		 1176 aa  82.8  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.456283  normal  0.767755 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2451  TonB-dependent receptor plug  25.18 
 
 		 1153 aa  81.3  0.00000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.117099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  35.25 
 
 		 836 aa  81.3  0.00000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1565  TonB-dependent receptor plug  25.35 
 
 		 1142 aa  81.3  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1103  TonB-dependent receptor plug  27.14 
 
 		 1138 aa  80.5  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.240572  normal  0.101301 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  32.79 
 
 		 842 aa  80.5  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1077  TonB-dependent receptor plug  26.64 
 
 		 1147 aa  78.6  0.0000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.139666  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2710  TonB-dependent receptor plug  24.75 
 
 		 1127 aa  77.8  0.0000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.302213  normal  0.762273 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4782  TonB-dependent receptor  27.48 
 
 		 1144 aa  77.8  0.0000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0679  TonB-dependent receptor plug  25.58 
 
 		 1148 aa  77.4  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0517707  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6567  TonB-dependent receptor plug  24.68 
 
 		 1155 aa  76.6  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  31.03 
 
 		 931 aa  76.3  0.000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5798  TonB-dependent receptor plug  25.78 
 
 		 1202 aa  76.6  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.887115  normal  0.170321 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2139  TonB-dependent receptor plug  24.39 
 
 		 1131 aa  75.9  0.000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0246116  normal  0.23403 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1460  TonB-dependent receptor  24.43 
 
 		 1189 aa  75.5  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.198313 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1413  TonB-dependent receptor plug  24.64 
 
 		 1165 aa  75.5  0.000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177661  normal  0.496706 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5419  TonB-dependent receptor plug  24.4 
 
 		 1102 aa  75.1  0.000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  35.77 
 
 		 919 aa  75.5  0.000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  36.45 
 
 		 853 aa  75.1  0.000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3384  TonB-dependent receptor  22.2 
 
 		 1166 aa  74.7  0.000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.880161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1862  TonB-dependent receptor plug  26.42 
 
 		 947 aa  74.7  0.000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.248067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  37.4 
 
 		 951 aa  74.7  0.000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  37.4 
 
 		 951 aa  74.7  0.000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  37.4 
 
 		 951 aa  74.7  0.000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0714  TonB-dependent receptor plug  22.55 
 
 		 1124 aa  74.3  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.232472  normal  0.99116 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4169  TonB-dependent receptor  20.93 
 
 		 1094 aa  74.3  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2435  TonB-dependent receptor  27.75 
 
 		 1175 aa  73.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00485426  normal  0.906508 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6733  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 		 1098 aa  73.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00154569  normal  0.0819442 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1342  TonB-dependent receptor plug  28.14 
 
 		 1047 aa  72.8  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00542277  normal  0.165874 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0150  TonB-dependent receptor, plug  22.47 
 
 		 872 aa  73.2  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.755251  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2262  TonB-dependent receptor plug  23.51 
 
 		 1087 aa  72  0.00000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.418018  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3052  TonB-dependent receptor plug  29.09 
 
 		 753 aa  72  0.00000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.129578 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1657  TonB-dependent receptor plug  27.07 
 
 		 1122 aa  72  0.00000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.653698 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3418  TonB-dependent receptor plug  28.12 
 
 		 1076 aa  71.6  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1421  TonB-dependent receptor  24.72 
 
 		 1144 aa  71.6  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0101171 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  32.37 
 
 		 929 aa  71.6  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3420  TonB-dependent receptor plug  27.93 
 
 		 1076 aa  71.6  0.00000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0439065  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1453  TonB-dependent receptor  27 
 
 		 798 aa  71.2  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.545362  normal  0.722557 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5278  TonB-dependent receptor plug  24.13 
 
 		 1163 aa  70.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.054683  normal  0.154876 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0868  TonB-dependent receptor plug  23.41 
 
 		 1117 aa  70.9  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.503541  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2438  TonB-dependent receptor plug  30.15 
 
 		 1129 aa  70.9  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2739  TonB-dependent receptor plug  27.23 
 
 		 1074 aa  70.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.84904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5521  TonB-dependent receptor plug  22.35 
 
 		 1130 aa  70.1  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000129215  normal  0.0524869 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  32.88 
 
 		 948 aa  70.1  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1220  TonB-dependent receptor plug  25.96 
 
 		 1137 aa  70.5  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  30.88 
 
 		 957 aa  70.5  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2602  TonB-dependent receptor plug  31.25 
 
 		 1008 aa  70.1  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1983  TonB-dependent receptor plug  26.01 
 
 		 1101 aa  70.5  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.445269  hitchhiker  0.00000345601 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>