More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1663 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  88.83 
 
 
402 aa  704    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
398 aa  808    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  70.24 
 
 
395 aa  555  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  62.02 
 
 
395 aa  494  1e-139  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  61.76 
 
 
395 aa  491  9.999999999999999e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  59.15 
 
 
401 aa  484  1e-136  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  60.9 
 
 
401 aa  483  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  58.48 
 
 
402 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  58.12 
 
 
402 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  57.18 
 
 
411 aa  456  1e-127  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  55.36 
 
 
411 aa  453  1.0000000000000001e-126  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  58.71 
 
 
405 aa  454  1.0000000000000001e-126  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  56.52 
 
 
406 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  57.26 
 
 
421 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  52.7 
 
 
402 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  48.72 
 
 
406 aa  386  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  48.47 
 
 
406 aa  386  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  30.28 
 
 
415 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  28.83 
 
 
408 aa  147  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 
410 aa  119  7e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  29.23 
 
 
384 aa  118  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  29.48 
 
 
417 aa  113  5e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  26.83 
 
 
415 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3427  ABC transporter substrate-binding protein  28.79 
 
 
422 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  26.43 
 
 
415 aa  107  5e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  25.96 
 
 
411 aa  107  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  26.06 
 
 
391 aa  104  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1352  extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 
432 aa  104  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.533055  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  25.83 
 
 
415 aa  103  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  25.83 
 
 
415 aa  103  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  28.46 
 
 
410 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 
395 aa  102  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0229  Extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 
441 aa  101  2e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  decreased coverage  0.00108704  normal  0.192891 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  27.55 
 
 
390 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  27.22 
 
 
438 aa  100  5e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  27.57 
 
 
417 aa  99.8  8e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  26.43 
 
 
437 aa  97.8  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1495  Extracellular ligand-binding receptor  26.99 
 
 
418 aa  97.4  4e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1454  putative Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  26.99 
 
 
418 aa  97.4  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.689269  hitchhiker  0.00017453 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3622  Extracellular ligand-binding receptor  26.79 
 
 
418 aa  95.1  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4420  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.48 
 
 
411 aa  95.1  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4699  Extracellular ligand-binding receptor  26.79 
 
 
418 aa  95.1  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.143461  hitchhiker  0.00661341 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  24.62 
 
 
413 aa  94.7  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1750  Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  28.02 
 
 
417 aa  94.4  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.175864  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1399  extracellular ligand-binding receptor  26.77 
 
 
416 aa  94  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861522  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  25.42 
 
 
399 aa  93.6  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.42 
 
 
399 aa  93.6  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  24.33 
 
 
415 aa  93.2  6e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  24.15 
 
 
402 aa  93.2  8e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0757  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.09 
 
 
401 aa  92  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.07 
 
 
397 aa  92.8  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25.93 
 
 
392 aa  92.4  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25.13 
 
 
397 aa  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  22.13 
 
 
414 aa  92  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4994  extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
400 aa  91.7  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  23.5 
 
 
395 aa  90.5  4e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7682  putative branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.23 
 
 
397 aa  90.1  6e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.540186  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  24.51 
 
 
407 aa  90.1  7e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  24.51 
 
 
407 aa  90.1  7e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3322  twin-arginine translocation pathway signal  26.6 
 
 
423 aa  89.7  9e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.204494  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0331  extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 
403 aa  89  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  25.83 
 
 
390 aa  89  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  24.71 
 
 
415 aa  89  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  22.54 
 
 
396 aa  89.4  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  24.51 
 
 
402 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3458  Extracellular ligand-binding receptor  24.65 
 
 
401 aa  88.6  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 
389 aa  88.2  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1862  extracellular ligand-binding receptor  27.96 
 
 
416 aa  87.8  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485563  normal  0.350266 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2578  extracellular ligand-binding receptor  31.01 
 
 
411 aa  87.4  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.436298  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 
390 aa  86.7  7e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 
381 aa  85.9  0.000000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.36 
 
 
401 aa  85.9  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  24.61 
 
 
394 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  31.47 
 
 
397 aa  85.9  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.36 
 
 
401 aa  86.3  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  24.14 
 
 
396 aa  85.1  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0074  ABC branched-chain amino acid transporter substrate-binding protein  26.41 
 
 
394 aa  85.1  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
394 aa  84.7  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1581  Extracellular ligand-binding receptor  24.05 
 
 
401 aa  84.7  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  27.53 
 
 
382 aa  84.3  0.000000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  29.66 
 
 
387 aa  83.6  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  27.73 
 
 
390 aa  83.2  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  27.12 
 
 
387 aa  83.2  0.000000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7912  Extracellular ligand-binding receptor  27.41 
 
 
407 aa  82.8  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0332  extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 
399 aa  82  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0417  extracellular ligand-binding receptor  31.2 
 
 
393 aa  82.4  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.852036 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3308  extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 
411 aa  82.4  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.663851  normal  0.0340537 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  27.44 
 
 
405 aa  82  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  27.44 
 
 
405 aa  82  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2391  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
411 aa  82  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0276546  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3910  Extracellular ligand-binding receptor  25.3 
 
 
420 aa  81.6  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.420808  normal  0.127498 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  24.46 
 
 
451 aa  82  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
392 aa  81.3  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2416  Extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 
397 aa  81.3  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.672056  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1235  extracellular ligand-binding receptor  24.11 
 
 
445 aa  80.9  0.00000000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  25.61 
 
 
389 aa  81.3  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 
393 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 
392 aa  80.9  0.00000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 
417 aa  80.5  0.00000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  25.46 
 
 
386 aa  80.5  0.00000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>