More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_1976 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  92.12 
 
 
406 aa  767    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
406 aa  815    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  56.46 
 
 
401 aa  434  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  56.16 
 
 
421 aa  422  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  54.35 
 
 
401 aa  422  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  56.35 
 
 
395 aa  412  1e-114  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  56.35 
 
 
395 aa  412  1e-114  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  54.26 
 
 
395 aa  413  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  55.73 
 
 
411 aa  414  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  53.16 
 
 
406 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  54.21 
 
 
402 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  53.33 
 
 
402 aa  402  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  53.48 
 
 
405 aa  399  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  50.91 
 
 
402 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  48.72 
 
 
398 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  49.38 
 
 
411 aa  388  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  50 
 
 
402 aa  378  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  32.75 
 
 
415 aa  189  5e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  30.08 
 
 
408 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
417 aa  123  7e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  31.74 
 
 
421 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  27.56 
 
 
437 aa  122  9.999999999999999e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  31.74 
 
 
421 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  31.66 
 
 
415 aa  120  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  29.49 
 
 
417 aa  120  4.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 
390 aa  120  6e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  28.95 
 
 
396 aa  117  5e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  30.31 
 
 
402 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4994  extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 
400 aa  114  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 
417 aa  114  3e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 
402 aa  114  3e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  30.43 
 
 
384 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  30.34 
 
 
421 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  27.07 
 
 
391 aa  109  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  27.41 
 
 
396 aa  108  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  29.92 
 
 
415 aa  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  30.18 
 
 
415 aa  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  30.18 
 
 
415 aa  105  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 
395 aa  103  4e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  30.64 
 
 
413 aa  101  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 
399 aa  100  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.38 
 
 
399 aa  100  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3980  histidine kinase  28.88 
 
 
659 aa  100  4e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  26.57 
 
 
463 aa  100  5e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  30.19 
 
 
415 aa  100  6e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1970  extracellular ligand-binding receptor  30.95 
 
 
372 aa  99.8  7e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  28.66 
 
 
392 aa  99  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25.82 
 
 
397 aa  98.2  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3322  twin-arginine translocation pathway signal  25.86 
 
 
423 aa  98.2  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.204494  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3427  ABC transporter substrate-binding protein  26.79 
 
 
422 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 
411 aa  98.2  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
389 aa  97.8  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  27.22 
 
 
419 aa  97.1  5e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  25.42 
 
 
414 aa  97.1  5e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.51 
 
 
401 aa  96.3  9e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  26.6 
 
 
399 aa  95.9  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
413 aa  95.1  2e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1826  extracellular ligand-binding receptor  26.54 
 
 
416 aa  94.4  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 
410 aa  93.6  5e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  26.98 
 
 
412 aa  93.6  6e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 
411 aa  93.2  7e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
388 aa  93.2  7e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3458  Extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 
401 aa  93.2  7e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1012  extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 
438 aa  92.8  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0303063  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.22 
 
 
401 aa  91.3  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3968  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.84 
 
 
417 aa  90.9  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 
407 aa  91.3  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.61 
 
 
376 aa  91.3  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 
395 aa  90.9  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.77 
 
 
397 aa  90.1  6e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 
394 aa  89.7  9e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  25.69 
 
 
381 aa  88.2  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  26.01 
 
 
438 aa  87.8  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  24.53 
 
 
402 aa  87  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 
415 aa  87  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 
389 aa  87  6e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1581  Extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 
401 aa  86.3  8e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4420  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.7 
 
 
411 aa  86.7  8e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3212  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.09 
 
 
396 aa  85.9  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.978444  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  34.76 
 
 
396 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  28.02 
 
 
415 aa  85.9  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  25.85 
 
 
402 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  30.09 
 
 
421 aa  85.5  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  26.26 
 
 
419 aa  85.9  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  34.33 
 
 
396 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 
391 aa  85.1  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  34.33 
 
 
396 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  25.85 
 
 
407 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  25.85 
 
 
407 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  26.48 
 
 
397 aa  84.7  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  27.12 
 
 
405 aa  84.3  0.000000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1235  extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 
445 aa  84.3  0.000000000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  27.12 
 
 
405 aa  84  0.000000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  26.78 
 
 
410 aa  83.6  0.000000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 
390 aa  83.6  0.000000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 
419 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
386 aa  83.6  0.000000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 
412 aa  83.6  0.000000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.85 
 
 
405 aa  83.2  0.000000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.85 
 
 
405 aa  83.2  0.000000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>